Homolog 5 mejotske diobe jedra 5 (S. cerevisiae), znan i kao RMND5B, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom RMND5B sa hromosoma 5. Ima domen cinkovog prsta i visoko je konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima.
Aminokiselinska sekvenca
Ovaj protein je bogat leucinom (14,0%) i može pripadati porodici proteina ponavljanja bogata leucinom.
Dužina polipeptidnog lanca je 393 aminokiseline, а molekulska težina 44.414 Da.
1020304050 MEQCACVERELDKVLQKFLTYGQHCERSLEELLHYVGQLRAELASAALQG TPLSATLSLVMSQCCRKIKDTVQKLASDHKDIHSSVSRVGKAIDRNFDSE ICGVVSDAVWDAREQQQQILQMAIVEHLYQQGMLSVAEELCQESTLNVDL DFKQPFLELNRILEALHEQDLGPALEWAVSHRQRLLELNSSLEFKLHRLH FIRLLAGGPAKQLEALSYARHFQPFARLHQREIQVMMGSLVYLRLGLEKS PYCHLLDSSHWAEICETFTRDACSLLGLSVESPLSVSFASGCVALPVLMN IKAVIEQRQCTGVWNHKDELPIEIELGMKCWYHSVFACPILRQQTSDSNP PIKLICGHVISRDALNKLINGGKLKCPYCPMEQNPADGKRIIF
Homologija
thumb|right|text shaded Poravnavanje višestrukih sekvenci CAD28476; osjenćene kiseline su konzervirane CAD28476 je visoko konzerviran u mnogim eukariotskim organizmima, što sugerira da ima primarnu ulogu u mejozi tj. u transgeneracijskom nasljeđivanju.
Ortolozi Taksonomsko imeUobičajeno imePristup bazi NCBIPostotak sličnosti sekvenceDužina (A–A)Komentar Homo sapiensČovjek100%393 Pretpostavljeni protein za mejozu Pan troglodytesObični čimpanza99,7%393 Homolog B potreban za mejotsku diobu fedra izoforma 5 Macaca mulattaRezus-makak 98,5%393Sličan izoformi 11 CG3295-PA Rattus norvegicusSmeđi pacov98,2%393Sličan RIKEN cDNK 0610039K22 Mus musculusKućni miš97,7%393 Homolog B potreban za mejotsku diobu jedra Requ 5 Equus caballusKonj97,7%273PREDICTED: Sličan homologu B Bos taurusGovedo Danio rerioZebrica72,8%391 Homolog B potrebnom za mejotsku diobu jedra 5 Xenopus laevisAfrička kandžasta žaba70%391 Protein MGC84431 Canis lupus familiarisPas70%391Predviđanje: sličan izoformi A CG3295-PA Tetraodon nigroviridisPjegava zelena pufer-riba68,5%417Neimenovani proteinski proizvod Ornithorhynchus anatinusKljunar64,5%389 Branchiostoma floridaeFloridska kopljača57%491Pretpostavljeni protein BRAFLDRAFT_126901 Nematostella vectensisMorska sasa 50,1%389 Culex quinquefasciatusJužni kućni komarac48,5%392Pretpostavljeni konzervirani protein Aedes aegyptiKomarfac žute groznice48,2%392Pretpostavljeni protein AaeL_AAEL009407 Strongylocentrotus purpuratus Ljubičasti morski jež 48,2405Predviđanje: Sličan proteinu MGC88921 Drosophila virilisVinska mušica41,5%437GJ20343 Drosophila melanogasterVinska mušica 40,3%431CG3295 Acyrthosiphon pisum Akritosifon39,5%366Predviđanje: Homolog A potreban za mejotsku diobu jedra 5 Oryza sativaRiža32,2%386Membranski proteinoliki protein
Domen cinkovog prsta thumb|right| Lokaciju dva predviđena proteinska domena. thumb|right| Rezultat lokalnog poravnanja sekvence: aminokiseline pronađene u domenu cinkovih prstiju označene su drugom bojom thumb|right| Tri aminokiseline koje su koordinirane s cinkovim ionima.
Program [BLIMPS] je predvidio da u proteinu postoje dva domena,Jorja Henikoff, Fred Hutchinson Cancer Research Center, 1100 Fairview AV N, A1-162, PO Box 19024 Seattle, WA 98109-1024 FAX: 206-667-5889 od kojih jedan sadrži domen cinkovog prsta.
Cinkoprstni domen pomažu vezivanje proteina za nukleinske kiseline. Ovo ukazuje na direktnu interakciju CAD28476 sa DNK tokom mejoze. Poređenjem CAD28476 sa srodnim proteinom cinkovog prsta u lokalnom poravnanju sekvence pomoću LALIGN,© 1997 by William R. Pearson and the University of Virginia (This is from distribution "fasta20u66", version 2.0u66, Sep., 1998, sale or incorporation into a commercial product expressly forbidden without permission) aminokiselina His359, Cys381 i Cys384 mogu se pripisati domenu cinkovih prstiju. Ova struktura cinkovih prstiju nije uobičajena jer uključuje jedan histidin umjesto dva.
Ekspresija Podaci mikročipova pokazuju da je CAD28476 visoko eksprimiran u tkivu gdje se javlja mejoza kao u testisima i jajnicima. Štaviše, također je visoko eksprimiran u mozgu oko hipotalamusa.
Transkripcijska regulacija
thumb|right| Navedena mjesta vezanja za različite transkripcijske faktore, faktori transkripcije vjerojatno će biti podebljani kada su uključeni u regulaciju. Analiza regije promotora (alati na stranici rVista. ) pokazuje da postoji nekoliko mjesto vezivanja transkripcijskog faktora lokalizirano u očuvanim regijama.
Vrlo je vjerovatno da su transkripcijski faktori Ets-1 koji pripada porodici transkripcijskih faktora EST i njegov faktor vezanja jezgra CBF uključeni u regulaciju transkripcije budući da oba imaju nezavisna mjesta vezanja.
Interaktivni poteini Predviđena su dva proteina u interakciji sa CAD28476. Protein Pristup bazui Uniprot Podaci o genu Regija preloma Ewingovog sarkoma 1, izoforma CRA_a Gen kodira pretpostavljeni protein koji veže RNK. Poznato je da mutacije ovog gena, posebno translokacija t (11; 22) (q24; q12), uzrokuju Ewingov, kao i neuroektodermne i razne druge tumore. Homolog 4 majke protiv dekapentaplegije h SMAD4
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 5 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika