RefSeq

Referentna sekvenca (RefSeq) baza podataka je otvorenog pristupa, označena i kurirana kolekcija javno dostupnih nukleotidnih sekvenci (DNK, RNK) i njihovih proteinskih proizvoda. RefSeq je prvi put predstavljen 2000. Ovu bazu podataka napravio je Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI) i, za razliku od GenBank, pruža samo jedan zapis za svaku prirodnu biološku molekulu (tj. DNK, RNK ili protein) za glavne organizme u rasponu od virusa i bakterija do eukariota.

Za svaki modelni organizam, RefSeq ima za cilj da obezbijedi zasebne i povezane zapise za genomsku DNK, transkripte gena i proteine koji proizlaze iz tih transkripata. RefSeq ograničen je na glavne organizme za koje je dostupno dovoljno podataka (više od 66.000 različitih „imenovanih“ organizama od septembra 2011.), dok GenBank uključuje sekvence za bilo koji podneseni organizam (približno 250.000 različitih imenovanih organizama).

Kategorije RefSeq + Kategorija Opis NC Kompletne genomske molekule NG Nompletne genomske regije NM iRNK NR ncRNK NP Protein XM Predviđeni model iRNK XR Predviđeni model ncRNK XP Predviđeni model proteina (eukariotske sekvence) WP Predviđeni model [protein]]a (prokariotske sekvence)

Za više detalja i više kategorija, pogledajte Table 1 in Chapter 18 of the book The Reference Sequence (RefSeq) Database.

Također pogledajte GenBank Analiza sekvence Alat za profiliranje sekvenci Motiv sekvence UniProt Lista sekvenciranih eukariotskih genoma Lista sekvenciranih arhejskih genoma

Reference

Izvori NCBI-priručnik

Vanjski linkovi RefSeq GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What’s in a Name?

Kategorija:Genetičke baze podataka Kategorija:Nacionalni instituti za zdravlje