thumb|Inicijacijski faktor 5 Eukariotski inicijacijski faktori (eIF-ovi) su proteini ili proteinski kompleksi uključeni u inicijacijsku fazu eukariotske translacije. Ovi proteini pomažu u stabilizaciji formiranja ribosomskih preinicijacijskih kompleksa oko početnog kodonaa i važan su ulaz za regulaciju gena nakon transkripcije. Nekoliko inicijacijskih faktora formira kompleks s malom 40S ribosomskom podjedinicom i Met-tRNKiMet koji se naziva 43S preinicijacijski kompleks (43S PIC). Dodatni faktori eIF4F kompleksa (eIF4A, E i G) regrutuju 43S PIC na 5' cap strukturu iRNK, odakle 43S čestica skenira 5'-->3' duž iRNK, kako bi došla do AUG početnog kodona. Prepoznavanje početnog kodona od strane Met-tRNKiMet podstiče oslobađanje zatvorenog fosfata i eIF1 da bi se formirao 48S preinicijacijski kompleks (48S PIC), nakon čega slijedi veliko regrutovanje ribosomskih podjedinica 60S, da bi se formirao ribosom 80S. Postoji mnogo više eukariotskih inicijacijskih faktora nego prokariotskih inicijacijskih faktora, što odražava veću biološku složenost eukariotske translacije. Postoji najmanje dvanaest eukariotskih inicijacijskih faktora, sastavljenih od mnogo više polipeptida, a oni su opisani u nastavku.
eIF1 and eIF1A eIF1 i eIF1A vežu se za kompleks ribosomske podjedinice 40S i iRNK. Zajedno induciraju "otvorenu" konformaciju kanala za vezivanje iRNK, što je ključno za skeniranje, isporuku tRNK i početak prepoznavanja kodona. Posebno, disocijacija eIF1 od podjedinice 40S se smatra ključnim korakom u prepoznavanju početnog kodona.
eIF1 i eIF1A su mali proteini (13, odnosno kod ljudi 16 kDa) i oba su komponente 43S PIC. eIF1 se veže blizu ribosomskog P-mjesta, dok se eIF1A veže blizu A-mjesta, na način sličan strukturno i funkcionalno srodnim bakterijskim ekvivalentima IF3 i IF1. right|300px|thumb|Tkivna ekspresija
eIF2
eIF2 je glavni proteinski kompleks odgovoran za isporuku inicijacijske tRNK do P-mjesta preinicijacijskog kompleksa, kao ternarni kompleks koji sadrži Met-tRNKiMet i GTP (eIF2-TC). eIF2 ima specifičnost za metioninom nabijenu inicijacijsku tRNK, što se razlikuje od drugih metioninom nabijenih tRNK, koje se koriste za elongaciju polipeptidnog lanca. Ternarni kompleks eIF2 ostaje vezan za P-mjesto dok se iRNK veže za 40s ribosom i kompleks počinje skenirati iRNK. Nakon što se početni kodon AUG prepozna i locira na P-mjestu, eIF5 stimulira hidrolizu eIF2-GTP, efektivno ga prebacujući u oblik vezan za GDP putem kontroliranog oslobađanja fosfata. Hidroliza eIF2-GTP omogućava konformacijsku promjenu kako bi se skenirajući kompleks promijenio u 48S inicijacijski kompleks s inicijatorskom tRNK-Met antikodon bazom uparenom s AUG-om. Nakon što se inicijacijski kompleks formira, podjedinica 60S se spaja i eIF2, zajedno s većinom inicijacijskih faktora, disocira se iz kompleksa, omogućavajući podjedinici 60S da se veže. eIF1A i eIF5B-GTP ostaju vezani jedan za drugi na A-mjestu i moraju se hidrolizirati da bi se oslobodili i pravilno pokrenuli elongaciju. eIF2 ima tri podjedinice, eIF2-α, β i γ. Bivša α-podjedinica je meta regulatorne fosforilacije i od posebnog je značaja za ćelije koje možda trebaju globalno isključiti sintezu proteina kao odgovor na događaje ćelijske signalizacije. Kada se fosforilira, sekvestrira eIF2B (ne treba ga miješati sa eIF2β), GEF. Bez ovog GEF-a, GDP se ne može zamijeniti za GTP, a translacija je potisnuta. Jedan primjer za to je represija translacije izazvana eIF2α koja se javlja u retikulocitima kada im nedostaje željeza. U slučaju virusne infekcije, protein-kinaza R (PKR) fosforilira eIF2α kada se dsRNK detektuje u mnogim višećelijskim organizmima, što dovodi do ćelijske smrti.
Proteini eIF2A i eIF2D se tehnički nazivaju 'eIF2', ali nijedan nije dio eIF2 heterotrimera i čini se da igraju jedinstvene funkcije u translaciji. Umjesto toga, čini se da su uključeni u specijalizirane puteve, kao što su 'eIF2-nezavisna' inicijacija ili ponovna inicijacija translacije.
eIF3
thumb|Protein EIF5 iz PDB. eIF3 se nezavisno veže za ribosomsku podjedinicu 40S, višestruke inicijacijske faktore i ćelijsku i virusnu iRNA..
Kod sisara, eIF3 je najveći faktor inicijacije, sastavljen od 13 podjedinica (a-m). Ima molekularnu težinu od ~800 kDa i kontroliše sastavljanje ribosomske podjedinice 40S na iRNK koja ima 5' kapu ili IRES. eIF3 može koristiti eIF4F kompleks, ili alternativno tokom interne inicijacije, IRES, da pozicionira lanac iRNK blizu mjesta izlaska ribosomske podjedinice 40S, čime se promovira sastavljanje funkcionalnog pre-inicijacijskog kompleksa.
Kod mnogih ljudskih karcinoma, eIF3 podjedinice su prekomjerno eksprimirane (podjedinice a, b, c, h, i i m) i nedovoljno eksprimirane (podjedinice e i f).). Kod sisara, eIF3 je najveći faktor inicijacije, sastavljen od 13 podjedinica (a-m). Ima molekularnu težinu od ~800 kDa i kontroliše sastavljanje 40S ribosomske podjedinice na mRNA koja ima 5' kapu ili IRES. eIF3 može koristiti eIF4F kompleks, ili alternativno tokom interne inicijacije, IRES, da pozicionira lanac mRNA blizu mjesta izlaska 40S ribosomske podjedinice, čime se promovira sastavljanje funkcionalnog pre-inicijacijskog kompleksa.
Kod mnogih ljudskih karcinoma, eIF3 podjedinice su prekomjerno eksprimirane (podjedinice a, b, c, h, i i m) i nedovoljno eksprimirane (podjedinice e i f). eIF3 također posreduje u elijskoj signalizaciji putem S6K1 i mTOR/Raptor kako bi se ostvarila translacijska regulacija.
eIF4
Kompleks eIF4F sastoji se od tri podjedinice: eIF4A, eIF4E i eIF4G. Svaka podjedinica ima više ljudskih izoformi, a postoje i dodatni eIF4 proteini: eIF4B i eIF4H.
eIF4G je proteinski skelet od 175,5 kDa koji interaguje sa eIF3 i poli(A)-vezujućim proteinom (PABP), kao i sa ostalim članovima eIF4F kompleksa. eIF4E prepoznaje i veže se za 5' kapu strukture mRNA, dok se eIF4G veže za PABP, koji se veže za poli(A) rep, potencijalno cirkulizujući i aktivirajući vezanu mRNA. eIF4Aa MRTVA rampa RNK helikazaje važna za razdvajanje sekundarnih struktura iRNK.
eIF4B sadrži dva domena koja vežu RNKjedan nespecifično interaguje sa mRNA, dok se drugi specifično veže za 18S dio male ribosomske podjedinice. Djeluje kao sidro, kao i kritični kofaktor za eIF4A. Također je supstrat S6K, a kada se fosforilira, potiče formiranje pre-inicijacijskog kompleksa. Kod kičmenjaka, eIF4H je dodatni inicijacijski faktor sa sličnom funkcijom kao eIF4B.
eIF5, eIF5A i eIF5B thumb|280px|Trakasti dijagrami ATPaza P-tipa eIF5 je GTPaza-aktivirajući protein, koji pomaže velikoj ribosomskoj podjedinici da se poveže sa malom podjedinicom. Potreban je za GTP-hidrolizu putem eIF2. eIF5A je eukariotski homolog EF-P. Pomaže kod elongacije i također igra ulogu u terminaciji. EIF5A sadrži neobičnu aminokiselinu hipuzin.
eIF5B je GTPaza i uključen je u sastavljanje cijelog ribosoma. To je funkcionalni eukariotski analog bakterijskog IF2.
eIF6
eIF6 vrši istu inhibiciju sklapanja ribosoma kao i eIF3, ali se veže za veliku podjedinicu.
Također pogledajte Eukariotska translacija Ded1/DDX3 DHX29
Reference
Dodatni izvori
Vanjski linkovi
Kategorija:Helikaze Kategorija:Molekularna biologija Kategorija:Biosinteza proteina Kategorija:Ekspresija gena