Katolická církev v komunistickém Československu zažívala po krátkém období obnovy po druhé světové válce tvrdý střet s komunistickou mocí. Během roku 1948 se církevní představitelé snažili některými vstřícnými kroky zmírnit komunistické represe vůči církvi, Komunistická strana Československa ovšem nikterak nemínila ustoupit ze svého plánu proti katolické církvi, jednomu ze svých největších ideových protivníků. Zlomem ve vztazích mezi katolickou církví a státem se stal červen 1949, kdy biskupové vystoupili v pastýřském listě proti státem organizované „Katolické akci“, jež měla omezit vliv episkopátu na laiky, a papež Pius XII. vydal exkomunikační dekret vztahující se na členy Katolické akce a KSČ. Bezpečnostní složky vzápětí internovala pražského arcibiskupa Berana a v následujících dvou letech rovněž téměř všechny ostatní československé římskokatolické i řeckokatolické biskupy.
Vydáním „církevních zákonů“ roku 1949 a pozdějším založením Mírového hnutí katolického duchovenstva získali komunisté pod kontrolu činnost duchovenstva, zatímco členy mužských řádů a kongregací podobně jako biskupy internovali v rámci Akce K, jejíž obdoba Akce Ř postihla také řeholnice. Významná část řeholnic ovšem zůstala činná v sociálních ústavech po celé období komunismu. Řeckokatolickou církev komunisté donutili na soboru v Prešově začlenit se do pravoslavné církve a následně perzekvovali ty, kteří se tomuto opatření odmítli podřídit. Stejně tak perzekuce zejména v podobě internace, vězení či zařazení do pomocných technických praporů postihly kněze či laiky vystupující aktivně proti komunistickému režimu. Československou stranu lidovou, jež vystupovala jako politický zástupce katolíků, zcela ovládlo prokomunistické Petrovo a Plojharovo křídlo.
Do roku 1953 tak byla činnost církve značně ochromena a tento stav trval přinejmenším do počátku 60. let. Roku 1960 byli ovšem mnozí katoličtí vězni amnestováni a kolem některých z nich (Josef Zvěřina, Oto Mádr, Felix Maria Davídek, řeholníci) se začaly formovat ilegální skupinky „podzemní církve“. Roku 1963 se k nim mohli přidat také biskupové, kteří sice byli propuštěni z internace, nezískali však státní souhlas. Kardinál Beran dokonce roku 1965 opustil republiku bez možnosti návratu. Novým impulsem pro život československé katolické církve se stala vyjednávání mezi zástupci Vatikánu a Československa probíhající od roku 1963.
Během pražského jara vystoupili mnozí tajní kněží a řeholníci z ilegality, došlo ke zrušení Mírového hnutí katolického duchovenstva, obměně vedení ČSL a povolení činnosti některým biskupům, avšak invaze vojsk Varšavské smlouvy v srpnu 1968 znamenalo konec této obnovy činnosti církve. Dlouhodobější význam do budoucnosti mělo snad jen Dílo koncilové obnovy a obnova řeckokatolické církve; mírové hnutí bylo obnoveno pod názvem Sdružení katolických duchovních Pacem in terris (SKD PIT) a roku 1973 se komunistům po úmrtí většiny československých biskupů podařilo prosadit vysvěcení biskupů, kteří byli vůči režimu loajální, nebo s ním přímo spolupracovali (zejména Josef Vrana).
Roku 1978 ovšem do papežského úřadu nastoupil Jan Pavel II., jenž komunistický režim znal velmi dobře z vlastní zkušenosti, což znamenalo zásadní proměnu vatikánské politiky vůči komunistickým režimům. Roku 1982 římská kurie zakázala kněžím členství v SKD PIT a následujícího roku byl vydán nový Kodex kanonického práva, jenž omezil pravomoci kapitulních vikářů, kteří spravovali neobsazené diecéze a často úzce spolupracovali s režimem.
Kardinál František Tomášek podpořen těmito kroky Vatikánu pozval papeže na návštěvu. Komunisté návštěvu sice nepovolili, roku 1985 se ovšem konala mohutná pouť na Velehradě, kterou následovala zintenzivněná činnost skryté církve i laiků. Slabost režimů ukázaly i velké poutě roku 1988. Na podzim roku 1989 ÚV KSČ dokonce povolila vypravení poutě z Československa do Říma na svatořečení Anežky České, které se konalo jen několik dní před sametovou revoluci. Po pádu komunistického režimu církev mohla začít vyvíjet svou činnost v atmosféře náboženské svobody.
Demokraticko-pretotalitní období (1945–1948) náhled|Kostel v Heřmánkovicích chátrající po odsunu Němců
Obnova církevních institucí Poválečné Československo se vyznačovalo dvěma tendencemi: na jednu stranu probíhala obnova demokratických struktur první Československé republiky, na druhou stranu však mnohé prvky naznačovaly přechod k totalitarismu. Katolická církev nebyla nijak přímo a zjevně omezována, v českých zemích byla naopak oceňována její činnost v období Protektorátu, kvůli níž byli někteří její představitelé dokonce vězněni v koncentračních táborech (například nový pražský arcibiskup Josef Beran nebo litoměřický biskup Štěpán Trochta). Během několika let proběhla obnova biskupského sboru, neboť v českých zemích měla po válce svého biskupa jen arcidiecéze olomoucká (Leopold Prečan) a diecéze královéhradecká (Mořic Pícha) a litoměřická (Anton Weber), přičemž roku 1947 Prečan zemřel a Weber kvůli své německé národnosti rezignoval. Roku 1946 se proto biskupem brněnským stal Karel Skoupý, arcibiskupem pražským Josef Beran, roku 1947 biskupem českobudějovickým Josef Hlouch, litoměřickým Štěpán Trochta a roku 1948 arcibiskupem olomouckým Josef Matocha.Balík, Hanuš (2007), s. 64–65. Zároveň došlo k obnově církevních škol, katolických spolků, tělovýchovné organizace Orel a tisku.Balík, Hanuš (2007), s. 16. Významný negativní dopad pro život církve ovšem mělo vysídlení Němců z Československa, neboť ti představovali spíše religioznější složku obyvatelstva českých zemí.Balík, Hanuš (2007), s. 233.
Na Slovensku se ovšem místní církevní představitelé značně zkompromitovali podporou pronacistického režimu Slovenského státu, kdy v čele státu stál kněz Jozef Tiso, a ve Státní radě Slovenské republiky dokonce zasedal spišský biskup Ján Vojtaššák. Komunistická strana Československa, která neměla na Slovensku tak silné postavení jako v českých zemích, se této skutečnosti pokusila využít: komunisté vyvíjeli nátlak na pražského internuncia Francisca Xaveria Rittera, aby byli biskupové podezřelí z kolaborace svých úřadů zbaveni, jelikož však tato snaha k žádaným výsledkům nevedla, zatkly komunisty ovládané bezpečnostní orgány Vojtaššáka a čtyři a půl měsíce jej držely ve vazbě, aniž by mu sdělily obvinění. Z protistátní činnosti se pokusili již dříve usvědčit Tomislava Kolakoviče SJ, který zakládal kroužky Katolická akce, soudnictví ovšem roku tehdy ještě nebyly plně v moci KSČ, a tak byl Kolakovič propuštěn.
náhled|upright|Josef Plojhar, jehož frakce ovládla ČSL
Katoličtí intelektuálové a politici S nesnázemi se potýkali rovněž katoličtí intelektuálové, z nichž někteří sice velmi podporovali autoritářský režim (Jaroslav Durych), jiní ovšem hájili prvorepublikovou demokracii (Zdeněk Kalista). Po válce však byli kvůli „podezřelé blízkosti fašismu“ napadáni všichni: Jaroslav Durych, František Lazecký, Václav Renč, Jan Zahradníček i Zdeněk Kalista. Komunistický ministr Václav Kopecký jim přímo zakazoval spisovatelskou činnost, neboť jejich skepse vůči „lidové demokracii“ a konceptu Československa jako „mostu mezi Východem a Západem“ ohrožovala mocenské ambice komunistů.Balík, Hanuš (2007), s. 196–197.
Československá strana lidová, reprezentující především katolíky, oproti tomu alespoň zdánlivě zažívala vzestup. Členská základna strany se rozrostla o členy neobnovených předválečných stran (agrární, živnostenské nebo národní demokracie; na počátku roku 1948 tvořili členové zaniklých stran asi 40 % ze 467 tisíc členů ČSL), parlamentní volby roku 1946 ovšem pro ČSL skončily zklamáním. Uvnitř strany navíc panovaly spory ohledně směřování strany: předseda strany Jan Šrámek i místopředseda František Hála upřednostňovali vyčkávací taktiku a očekávali opadnutí revolučních nálad, zatímco vnitrostranická opozice vedená Helenou Koželuhovou-Procházkovou prosazovala aktivnější politiku, jež by byla schopna čelit konkurenci KSČ. Vyloučení představitelů vnitrostranické opozice pak jen posílilo pozice levého křídla vedeného Aloisem Petrem a Josefem Plojharem, jenž byl informátorem a snad tajným členem KSČ.Balík, Hanuš (2007), s. 220–224.
Ochromení církve (1948–1960)
Reakce na nový režim (1948) Po uchopení moci komunisty v únoru 1948 již 25. února 1948 ovládl stranu Plojhar s Petrem, kteří navzdory tomu, že byli vyloučeni ze strany, založili Akční výbor ČSL. Mnozí lidovečtí poslanci a kritici komunistické strany emigrovali (Koželuhová-Procházková, Adolf Procházka, Pavel Tigrid, Jan Čep), avšak samotnému Šrámkovi s Hálou se to nepovedlo a oba byli internováni. V následujících měsících probíhalo zakládání akčních výborů také v nižších stranických organizacích a ty „nejreakčnější“ se dočkaly rozpuštění. Tyto kroky vedly k odchodu asi 300 tisíc členů (z toho 23 tisíc přešlo do KSČ), takže na konci roku 1949 měla ČSL jen 30 tisíc členů.Balík, Hanuš (2007), s. 224–225.
náhled|upright|Katolický exulant Pavel Tigrid
Komunistický režim byl nepřijatelný nejen pro mnohé lidovce, ale také pro představitele katolické církve. Neslučitelnost s křesťanstvím vyjádřil například Jan Čep:
Biskupové proto ve svém pastýřském listě ze 4. března 1948 odmítli uznat legalitu nového režimuBalík, Hanuš (2007), s. 21. a 12. června 1948 Beran po dohodě s ostatními biskupy suspendoval kněze, kteří se navzdory církevnímu právu a bez získání výjimky aktivně účastnili politického života, což se vztahovalo zejména na Josefa Plojhara. Mnozí suspendovaní kněží si ovšem z tohoto opatření nic nedělali a dále sloužili veřejné bohoslužby.Balík, Hanuš (2007), s. 128–129. Po zvolení Klementa Gottwalda prezidentem sloužil Beran ve svatovítské katedrále slavnostní Te Deum, odmítal to však interpretovat jako schválení komunistického režimu a sám to vykládal tak, že není možné odmítnout něčí prosbu o Boží pomoc.Balík, Hanuš (2007), s. 22.
Vytvoření taktiky (1948–1949) Beran svým vstřícným krokem ovšem postoje komunistů nijak nezměnil. Naopak, církevní oddělení Ústředního akčního výboru Národní fronty (ÚAV NF), v jehož čele stál Alexej Čepička vypracovávalo strategii proti církvi. Církev již v březnu tvrdě postihly Ďurišovy zemědělské zákony, které mj. omezovaly držbu půdy na 50 ha, čímž církev ztratila obrovskou část svého hospodářského zázemí. 30. srpna 1948 byl nakonec schválen plán církevní komise ÚAV NF, jenž měl katolickou církev v Československu, tedy jednoho z nejsilnějších ideových protivníků komunismu, co nejvíce oslabit především dvěma způsoby: 1) přerušit její kontakty s Vatikánem, 2) posílit rozpory uvnitř místní církve.Balík, Hanuš (2007), s. 16–17.
Vliv Vatikánu na episkopát, duchovní i laiky, kteří se svým počtem bezmála 7 milionů v českých zemích tvořili 77 % obyvatelstva,Balík, Hanuš (2007), s. 193. se komunisté snažili potlačit několika způsoby. Především již o církevně-státních vztazích nejednalo ministerstvo zahraničních věcí s vatikánským internunciem, jak bylo doposud zvykem, nýbrž tyto záležitosti projednávala Národní fronta přímo s československými biskupy.Balík, Hanuš (2007), s. 17. Přímá vazba církevních řádů a kongregací na papeže měla být zlikvidována o pár let později zejména při Akci K.Balík, Hanuš (2007), s. 154. Před poslušností papeži měly zastrašit také procesy s „vatikánskými špiony“, jimž byly ukládány exemplárně vysoké tresty.Balík, Hanuš (2007), s. 115–116.
Při rozbíjení jednoty místní církve se komunistická moc v následujících letech zaměřila především na zničení vazeb mezi episkopátem a klérem. Použila k tomu především dva prostředky: internace téměř všech biskupů a ekonomického připoutání duchovenstva ke státu. Také měla být roztržena jednota mezi římskokatolickou a řeckokatolickou církví. Konečně komunisté hledali mezi kněžími takové, kteří by byli ochotni s režimem spolupracovat.
Internace episkopátu (1949–1963)