Klasifikace archeí usiluje o taxonomické a fylogenetické uspořádání taxonů resp. kladů zařazených do domény Archaea podle aktuálních odborných hledisek.
Carl Woese a George E. Fox v roce 1977 na základě sekvenace genů kódujících rRNA (ribozomální RNA) vytvořili termín archebakterie pro organismy, které jsou fylogeneticky nezávislé na pravých eubakteriích (Eubacteria). Dnes se pro archebakterie spíše používá jméno archea (Archaea) a pro tehdejší eubakterie se razí termín bakterie, čímž se zdůrazňuje vzájemná nezávislost těchto skupin organismů na nejvyšší taxonomické úrovni jakožto domén.
Klasifikace archeí do jednotlivých druhů dle binomického názvosloví je problematická. Zatímco např. živočišné druhy jsou snadno definovatelné na základě schopnosti se rozmnožovat pouze s příslušníky svého druhu, u archeí se nevyskytuje pohlavní rozmnožování a jednotlivé buňky si mezi sebou často genetický materiál vyměňují horizontálně. V rámci výzkumu rodu Ferroplasma bylo navrženo, aby se druh definoval jako skupina jedinců, kteří mají velmi podobné genomy a zřídkakdy u nich dochází k horizontální výměně genetické informace s jinými druhy. Podle jiných studií však probíhá značná výměna DNA i mezi jednotlivými druhy.
Klasifikace archeí je i dnes neustále v pohybu. Sekvenování archeálních genomů přineslo objevy mnoha odlišných linií, původně klasifikovaných jako nové kmeny. Taxonomické uspořádání velkého množství nových taxonů si vynutilo ponížení většiny výše uvedených archeálních kmenů na třídy, a naopak doplnění vyšší taxonomické úrovně archeálních říší.
Ustálená není ani představa o vnitřních příbuzenských vztazích uvnitř domény archea, jak ukazuje vývoj a přehled nejčastěji citovaných hypotéz v kapitole Fylogenetické stromy.
Klasifikace Problém představují velmi odlišné přístupy ke klasifikaci a názvosloví prokaryot různých odborných autorit (včetně dvou soupeřících názvoslovných kódů); snahy o možné sjednocení zatím k jednotnému výsledku nevedly. Proto je v následujících oddílech představeno několik základních klasifikačních systémů, aplikovaných v současných odborných textech a učebnicích.
Taxonomie NCBI Taxonomie Národního střediska pro biotechnologické informace (NCBI) uvádí výčet všech popsaných archeálních skupin až do úrovně druhů, včetně těch bez kultivovaných vzorků i publikovaných bez řádné diagnózy či popisu, jakož i environmentáních vzorků. Počínaje rokem 2024 uvádí jako základní názvy korigované podle LPSNnapř. doplněné přídomkem Candidatus, pravopisně upravené, aby odpovídaly korektnímu odvození příponami -ati, -ota, -ia, -ales, -aceae ze správného tvaru základu apod.. Následující výčet pro úrovně říší a kmenů je pro jednoznačnou identifikaci doplněn informacemi o autorech a roku publikovaného návrhu taxonu a pro orientaci čtenáře i alternativními synonymysynonyma v hranatých závorkách uvádí přímo NCBI, pro ostatní je uvedena řádková reference, se kterými se lze setkat v odborných publikacích, i když neodpovídají požadavkům názvoslovného kódu, a odpovídá stavu k dubnu r. 2026 (abecední řazení neuvažuje přídomek Candidatus):NCBI Taxonomy browser: Archaea
Methanobacteriati (Garrity and Holt 2023) Oren and Göker 2024 [= Euryarchaeida Luketa 2012] Candidatus Hadarchaeota Chuvochina et al. 2019 Halobacteriota Chuvochina et al. 2024 Candidatus Hydrothermarchaeota Jungbluth et al. 2017 Methanobacteriota Garrity and Holt 2023 [= Euryarchaeota Woese et al. 1990] Thermoplasmatota Chuvochina et al. 2024
Nanobdellati Rinke et al. 2024 = skupina DPANN Candidatus Aenigmatarchaeota corrig. Rinke et al. 2013 [= Candidatus Aenigmarchaeota Rinke et al. 2013] Candidatus Altarchaeota corrig. Probst et al. 2018 [= Candidatus Altiarchaeota Probst et al. 2018] Candidatus Huberarchaeota corrig. Probst et al. 2018 Candidatus Iainarchaeota corrig. Rinke et al. 2013 [= Candidatus Diapherotrites Rinke et al. 2013] Microcaldota Sakai et al. 2023[= Candidatus Micrarchaeota Baker and Dick 2013] Nanobdellota Huber et al. 2023 [= Nanoarchaeota Huber et al. 2002] Candidatus Nanohalarchaeota Rinke et al. 2013 [= Candidatus Nanohaloarchaeota Rinke et al. 2013] Candidatus Pacearchaeota Castelle et al. 2015 Candidatus Parvarchaeota Rinke et al. 2013 Candidatus Undinarchaeota Dombrowski et al. 2020 Candidatus Woesearchaeota Castelle et al. 2015 Nanobdellati incertae sedis: candidate families (linie potenciálních samostatných kmenů) Candidatus Afararchaeaceae Baker et al. 2024 Candidatus Asbonarchaeaceae Baker et al. 2024 Candidatus Chewarchaeaceae Baker et al. 2024
Promethearchaeati Imachi et al. 2024 [= skupina Asgard] Candidatus Baldrarchaeota Liu et al. 2020 non Caceres 2019 Candidatus Borrarchaeota Liu et al. 2020 Candidatus Freyrarchaeota Xie et al. 2022 non Caceres 2019 [= Candidatus Freyarchaeota Caceres 2019 non Xie et al. 2022] Candidatus Friggarchaeota Caceres 2019 Candidatus Gefionarchaeota Caceres 2019 Candidatus Gerdarchaeota Cai et al. 2020 Candidatus Heimdallarchaeota Zaremba-Niedzwiedzka et al. 2017 Candidatus Helarchaeota Seitz et al. 2019 Candidatus Hermodarchaeota Liu et al. 2020 Candidatus Hodarchaeota Liu et al. 2020 Candidatus Idunnarchaeota Caceres 2019 Candidatus Kariarchaeota Liu et al. 2020 Candidatus Njordarchaeota Xie et al. 2022 Candidatus Odinarchaeota Zaremba-Niedzwiedzka et al. 2017 Promethearchaeota Imachi et al. 2024 [= Candidatus Lokiarchaeota Spang et al. 2015] Candidatus Sifarchaeota Farag et al. 2020 Candidatus Sigynarchaeota Xie et al. 2022 Candidatus Thorarchaeota corrig. Seitz et al. 2016 Candidatus Wukongarchaeota Liu et al. 2020 Promethearchaeati incertae sedis: candidate classes (linie potenciálních samostatných kmenů) Candidatus Asgardarchaeia Tamarit et al. 2024 [= Candidatus Asgardarchaeia" Eme et al. 2023] Candidatus Jordarchaeia Sun et al. 2021 Candidatus Ranarchaeia Appler et al. 2026
Thermoproteati Guy and Ettema 2024 [= Crenarchaeida Luketa 2012 = skupina TACK], syn. Filarchaeota Cavalier-Smith, T. 2014, syn. Proteoarchaeota Petitjean et al. 2014 Candidatus Bathyarchaeota Meng et al. 2014 Candidatus Brockarchaeota De Anda et al. 2021 Candidatus Culexarchaeota Kohtz et al. 2022 Candidatus Geoarchaeota Kozubal et al. 2013 Candidatus Geothermarchaeota Jungbluth et al. 2017 Candidatus Nezhaarchaeota Wang et al. 2019 Nitrososphaerota corrig. Brochier-Armanet et al. 2021 [= Candidatus Thaumarchaeota Brochier-Armanet et al. 2008] (zahrnuje v sobě původní taxon Candidatus Aigarchaeota Nunoura et al. 2011, dříve samostatný kmen) Thermoproteota corrig. Garrity and Holt 2021 [= Crenarchaeota Garrity and Holt 2002; = Candidatus Korarchaeota Barns et al. 1996; = Xenarchaeota], včetně pův. samostatných Candidatus Marsarchaeota Jay et al. 2018 a Candidatus Methanomethylicota corrig. Vanwonterghem et al. 2016 [= Candidatus Verstraetearchaeota Vanwonterghem et al. 2016]
Archaea incertae sedis candidate phyla 'NAG2' (= novel archaeal group II) Kozubal M. A. et al. 2012 candidate genera (linie potenciálních samostatných kmenů) Candidatus Atabeyarchaeum Valentin-Alvarado et al. 2024 Candidatus Australarchaeum Herbold et al. 2024 Candidatus Freyarchaeum Valentin-Alvarado et al. 2024 Candidatus Sukunaarchaeum Harada et al. 2025
Klasifikace dle LPSN Databáze LPSN uvádí archeální taxony s validní publikací, tedy mající kultivované vzorky a splňující požadavky na pojmenování dle International Code of Nomenclature of Prokaryotes, jejíž jména byla schválena validačními seznamy v časopisech International Journal of Systematic Bacteriology nebo International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature Dostupné online (anglicky)
Úroveň kmene, do konce roku 2023 nejvyšší taxonomická úroveň v doméně Archaea, se stala standardní taxonomickou úrovní dle Mezinárodního kódu nomenklatury prokaryot a v r. 2021 byla stanovena pro tuto úroveň jednotná přípona -ota. Současně s novými názvy se však v mikrobiologických publikacích nadále používají i názvy staré, mnohdy označující za kmen skupiny s mnohem užším vymezením. Na konci roku 2023 byla pro archea oficiálně navržena další vyšší taxonomická úroveň – říše (angl. kingdom, lat. regnum), pro kterou je stanovena jednotná přípona -ati, do systému LPSN byla plně integrována 17. ledna 2025.
Současná taxonomie, databázi LPSN nevyjímaje, nemůže pomíjet ani taxony archeálních linií, které nemají kultivované vzorky a jejichž úplný popis pro uznání oficiálního pojmenování podle názvoslovného kódu tak není možné. Takové taxony mají status „Candidatus“ a představují více než 70 % známých linií. LPSN pro ně vybírá jedno jméno jako preferované z hlediska požadavků kódu ICNP.
Následující tabulka uvádí seznam platně popsanýcha proto v slouladu s ICNP psaných kurzívou archeálních říší (do ledna 2025 pouze čtyři) a kmenů (do ledna 2025 pouze pět) doplněný o provalidní a preferovaná jména kmenů se statusem „Candidatus“a proto v slouladu s ICNP psaná antikvou s předsunutým kurzívou psaným přívlastkem „Candidatus“, sestavený podle publikovaných přehledů a aktualizovaný k srpnu 2025 podle seznamu archeálních říší a kmenů databáze LPSNLPSN. Domain Archaea. Dostupné online (anglicky) K názvům jsou uvedena i starší synonyma a používaná nevalidně publikovaná jménaSynonyma uvedená dle LPSN zpravidla nejsou platnými názvy; navíc se v jiných klasifikačních systémech často vztahují jen na jednu z vnitřních podskupin či na vnitřní klad platně pojmenovaného taxonu, proto v nich synonymy nejsou. Stejně pojmenované taxony se tak v různých systémech mohou zásadním způsobem lišit obsahem! Viz např. #Kladogram podle GTDb a v posledním sloupci i typový rod; u kmenů typu Candidatus se zpravidla jedná o návrhy, někdy i bez (ani nevalidního) popisu.