Le palais de la Cité était la résidence et le siège du pouvoir des rois de France, du , tout en restant le siège des principales cours de justice jusqu'à nos jours. Il s’étendait sur la partie ouest de l’île de la Cité dans le de Paris.
Une partie du palais a été convertie en prison d’État en 1370, après l’abandon du palais comme résidence par et ses successeurs. La prison de la Conciergerie occupait le rez-de-chaussée du bâtiment bordant le quai de l’Horloge et les deux tours ; l’étage supérieur était réservé au Parlement de Paris. La Conciergerie servit de prison lors de la Terreur, et fut le lieu de détention des prévenus avant leur passage devant le Tribunal révolutionnaire entre 1793 et 1795 - la reine Marie-Antoinette y fut d'ailleurs emprisonnée en 1793.
Jusqu'au printemps 2018, une grande partie du site était occupée par le palais de justice de Paris. L'essentiel des vestiges du palais de la Cité sont constitués par l'ancienne prison de la Conciergerie qui longe le quai de l'Horloge, au nord-est de l'île, ainsi que par la Sainte-Chapelle.
Histoire Antiquité vignette|redresse=1.5|Restitution de l'enceinte gallo-romaine superposée au plan actuel de l'île de la Cité. Entre 308 et 336, l'île de la Cité fut ceinte d'un mur défensif. Ainsi défendue, l'île fut dotée de deux grands monuments publics : à sa pointe occidentale, le grand castellum ou palatium et, sous l'actuel Marché aux Fleurs, une basilique de très grande taille. De fait, lors des invasions barbares, l'île de la Cité devint un enjeu stratégique et deux empereurs militaires y résidèrent : Julien, en 358 et durant l'hiver 359-360, puis . La muraille, avec deux mètres d'épaisseur et dont on ne sait si elle était munie de tours, constituait une défense relativement faible.. Le Palatium occupait une surface avoisinant un hectare. Cet espace abritait le Tribunal du prétoire et fut de façon temporaire la demeure des deux empereurs : Julien et Valentinien. La basilique, partiellement découverte en 1844, n'a été identifiée qu'en 1986 à l'occasion d'une fouille. Ses dimensions étaient très vastes. Pendant le Moyen Âge, c'est au sein du palatium que s'installèrent les rois francs, ponctuellement sous les Mérovingiens, puis de façon permanente sous les Capétiens.
Moyen Âge Les Mérovingiens La période mérovingienne est mal connue du fait de la pauvreté des sources textuelles. Il est vraisemblable que les rois mérovingiens, lorsqu'ils séjournaient à Paris, résidaient dans la Citadelle de la Cité, toujours ceinte des murs du Bas-Empire. , roi des Francs de 629 à 638, avait une cour itinérante, mais on sait qu'il séjourna en son palais de la Cité. L'importance du lieu est confirmée par le fait qu'il y fit établir un atelier monétaire : les pièces issues de cet atelier portent l'inscription Palati moneta et représentent saint Éloi. En 635, fut fondée, sous sa direction et sous la protection du roi, face au palais (en bordure nord de l'actuelle préfecture de police), une abbaye de femmes consacrée à saint Martial de Limoges et connue ensuite sous le nom de Saint-Éloi.
Les Carolingiens À l'époque carolingienne, Paris cessa de jouer un rôle prédominant. Charlemagne ne séjourna qu'épisodiquement à Paris. Sous le règne de son petit-fils, , les remparts de la Cité furent endommagés, à la suite des attaques des Normands, et c'est le roi Eudes qui les fit restaurer, bien qu'il n'habitât pas à Paris. De nombreuses chapelles furent érigées dans l'île de la Cité à partir du milieu du .
Le palais de la Cité fut la demeure des comtes de Paris. Il fut habité par le roi Hugues Capet, premier roi capétien, qui y établit la Curia Regis (le Conseil royal) et divers services de son administration..
le Pieux Selon le témoignage du moine Helgaud, , fils d'Hugues Capet, entreprit à la fin de son règne de reconstruire à Paris un palais tout à fait remarquable..
Il transforma profondément l'ancienne citadelle du Bas-Empire en demeurant dans les limites du rempart, qui formait un quadrilatère d'environ de côté. Ce fut le premier « Logis du Roi » : le bâtiment, situé à l'ouest du Palais, est visible sur une des miniatures des Très Riches Heures du duc de Berry. Cette partie résidentielle s'ouvrait sur la pointe de l'île peut-être déjà occupée par un jardin, en retrait par rapport aux bâtiments dévolus à l'administration royale et à la justice, qui prenait une place prééminente au sein du Palais.
fit aussi réédifier l'ancien Tribunal du prétoire, hérité des temps gallo-romains, qui s'élevait au nord-est du Palais. S'établissant sans doute sur les fondations antiques, le nouveau corps du bâtiment abrita la Salle du Roi, que les chartes dénomment Aula Regis (la future Grand-Salle mais de surface plus réduite). Une Chambre du Roi fut construite dans son prolongement occidental.
À l'emplacement de la future Sainte-Chapelle, le roi fit édifier une chapelle Saint-Nicolas.
À partir du règne de , le palais demeura, jusqu'au règne de , contraint dans son quadrilatère fortifié du Bas-Empire, le rempart étant défendu par des tours en nombre inconnu.
Les documents relatifs aux règnes d' et (1031-1108) ne fournissent que de rares indications sur le Palais. Cependant, l'existence d'une Salle du Roi y est bien confirmée dès le . À partir de 1043, plusieurs diplômes font état de la réunion de la Curia Regis, instance qui rassemblait les seigneurs palatins autour du roi et l'aidait à administrer le royaume, dans l'Aula Regis.
(1108-1137) semble avoir procédé à des adjonctions et réfections importantes. Selon la Chronique de l'abbaye de Saint-Pierre-le-Vif de Sens, il fit construire une « Grosse Tour », dont les soubassements existent encore dans les sous-sols du Palais de justice.. Celle-ci s'élevait, avec sa haute toiture, en position centrale par rapport aux corps de bâtiments qu'elle dominait. C'était un haut cylindre, percé de deux étroites meurtrières. Elle avait des créneaux et sa base avait un diamètre de , ses murs avoisinant d'épaisseur. Le donjon du Louvre, construit par , fut appelé « Tour neuve » par opposition à la Grosse Tour qui subsista jusqu'en 1778.
fit modifier le Logis du Roi, entre les deux tours quadrangulaires qui l'encadraient, la tour carrée et la tour dite plus tard « de la Librairie ». Le logis était caractérisé par une façade puissamment structurée : quatre arcades surbaissées ornées d'un important corps de moulures étaient portées par de hauts contreforts et surmontées d'une sorte de chemin de ronde percé de onze ouvertures rectangulairesUn inventaire de 1428 établi au moment de la nomination du concierge Louis de Luxembourg précise que la première pièce du logis était la chambre verte, ainsi nommée depuis le par référence à la tonalité de son décor intérieur. À l'est de cette pièce se trouvait l'oratoire du roi. La seconde arcade de la façade ouest du Logis, percée d'une seule croisée rectangulaire, a été identifiée comme étant la Chambre du Roi. Celle-ci était plaquée de boiseries réalisées en bois provenant d'Irlande. La troisième arcade correspondait à la chapelle joignant la Chambre du Roi. La quatrième arcade proche de la tour de la Librairie, plus large et très peu éclairée, dotée d'une tourelle d'escalier, correspondait à la Chambre du Parement ou d'Apparat. Le rez-de-chaussée du Logis était occupé par la reine et les cuisines de la table royale. Pour descendre chez la reine, le roi devait emprunter l'escalier de la tour carrée. Au , la Chambre verte existait encore bien qu'affectée à la Seconde Chambre des requêtes du Palais.. Le contrefort situé entre la deuxième et la troisième arcade abritait un escalier à vis. Un bandeau soulignait la limite entre rez-de-chaussée et premier étage.
fit également achever la chapelle Saint-Nicolas.. et pourvut généreusement à l'entretien d'un chapelain qu'il y nomma.
vignette|Plaque rappelant la chapelle Saint-Michel où fut baptisé (photo prise en 2010).
En 1141, (1137-1180) établit auprès du Palais et de façon exclusive les changeurs sur le Grand-Pont, dès lors nommé Pont-aux-Changeurs. Moyennant redevance, ceux-ci y louaient des boutiques pour exercer leur commerce. Du côté oriental, l'entrée principale du palais se faisait dans la Grande Cour où existait un escalier d'honneur. Ainsi, vers 1165-1166, le roi accueillit officiellement les moines de Vézelay sur les « degrés du Palais ». Ces degrés devaient donner accès à l'étage d'une galerie reliant la Salle du Roi à la chapelle Saint-Nicolas..
fit édifier dans son palais un oratoire royal, dédié à la Vierge, situé à l'emplacement de l'actuelle chapelle des Girondins.
Dans la chapelle Saint-Michel, située au sud-est du palais, l'évêque de Paris, Maurice de Sully, célébra un dimanche de la deuxième quinzaine d' (donc soit le ou le ) le baptême du fils de , le futur Auguste. Cependant, cette chapelle resta en dehors de l'enceinte du palais jusqu'au règne de .
Auguste élargit les fonctions du palais en lui attribuant en 1190, avant son départ pour la croisade, la conservation des archives royales. Le roi fit réaliser de nombreux travaux dans le palais comme en témoigne le premier compte général connu, celui de 1202-1203.
Ces travaux ont porté sur l'agrandissement de la grande salle, divisée en deux vaisseaux par une file de piliers et la construction d'une tour qui se trouvait dans la petite cour entre la galerie des merciers et les logis du roi. Cette tour détruite à la suite de l'incendie du Palais de 1776 a servi de prison à Ravaillac, à Cartouche et à Damiens. Son diamètre était de pour une épaisseur de murs de .
C'est sous le règne de Philippe Auguste que des lettres patentes mentionnent pour la première fois la charge de concierge du Palais qui exerçait les fonctions de basse et moyenne justice sur le territoire du palais et ses dépendances..
Le chroniqueur Rigord rapporte que le roi, incommodé par les odeurs nauséabondes des rues, ordonna de paver les abords du palais, ainsi que plusieurs rues importantes de Paris. Les crues de la Seine isolaient régulièrement l'île, obligeant le souverain à se réfugier à l'abbaye Sainte-Geneviève, par exemple en 1197.
À l'ouest, le Jardin du Roi occupait la pointe de l'île, au-delà d'une cour délimitée par le mur d'enceinte du palais datant de l'antiquité. C'est sans doute sous le règne de Philippe Auguste qu'il fut clos par une muraille..
C'est sous le règne de Philippe Auguste que le palais de la Cité perdit son statut de principale forteresse de Paris quand le roi fit ériger le château fort du Louvre et ceindre la ville d'un nouveau rempart.
Saint Louis vignette| faisant venir la couronne d'épine et la déposant à la Sainte-Chapelle. Miniature du Livre des faiz Monseigneur saint Loys jadis roy de France par Maître du Cardinal de Bourbon (vers 1480). À partir du règne de Saint Louis (années 1240) et durant près d'un siècle de travaux, le Palais connut une expansion et une structuration remarquables correspondant au développement du rayonnement et de la centralisation du pouvoir royal. Saint Louis partagea durablement l'espace du quadrilatère initial : la partie occidentale réservée aux appartements privés de la famille royale, une partie orientale ouverte sur la Cité, une partie méridionale dévolue aux chanoines de la Sainte-Chapelle et aux chapelains du roi.