thumb|De haut en bas et de gauche à droite : 1 La forteresse de Narva fait face à celle d’Ivangorod côté russe - 2 Friedrich Faehlmann (1839) fondateur de la Société savante estonienne - 3 Jaan Tonisson (1868-1941?) un des fondateurs de l’État estonien - 4 Le premier anniversaire de la célébration de l’indépendance le 24 février 1919 - 5 La voie balte manifestation pour l’indépendance des pays baltes (1989) - 6 Edgar Savisaar communiste réformateur qui négocia la transition vers l’indépendance - 7 Toomas Hendrik Ilves président de l’Estonie en 2010. L’histoire de l’Estonie, pays situé sur la rive orientale de la mer Baltique qui a accédé à l’indépendance en 1918, débute au , lorsque les premières populations nomades pénètrent sur son territoire libéré par la dernière glaciation. Selon la théorie la plus répandue, le peuple finno-ougrien, dont descend la majeure partie des Estoniens contemporains, arrive dans la région vers le en introduisant la céramique à peigne commune à plusieurs peuples rattachés à la même famille linguistique.
Au début du les rives sud de la mer Baltique constituent une des dernières contrées païennes d’Europe. Les croisades baltes (1200-1227), menées sur le territoire par un ordre militaire teutonique, les chevaliers Porte-Glaive, réalisent la conquête du pays dont les habitants sont convertis à la foi chrétienne. Un État dominé conjointement par des princes-évêques et l’ordre des moines soldats se constitue sur le territoire correspondant à l’Estonie et à la Lettonie modernes. Une société aux classes sociales particulièrement marquées s’installe : la minorité d’origine allemande constitue l’élite politique, militaire, religieuse, intellectuelle et monopolise le commerce et la propriété foncière. Ces Germano-Baltes dominent la population indigène, finno-ougrienne sur le territoire estonien, qui reste cantonnée aux rôles subalternes. Cette division perdure jusqu’en 1917. Entre 1418 et 1562 la région forme la Confédération livonienne. Le pays est touché par la Réforme au début du et opte pour le luthéranisme. Il est le théâtre de conflits qui l’opposent à des voisins de plus en plus puissants : la Russie, la Lituanie, la république des Deux Nations et la Suède. Finalement cette dernière annexe la région en 1595. Initialement, les souverains suédois ne remettent pas en cause la suprématie de la noblesse balte d’origine germanique descendante des chevaliers Porte-Glaive. Cette politique change avec (de Suède), mais les tentatives de réformes sont interrompues par la défaite de la Suède face à la Russie au cours de la grande guerre du Nord. À compter de 1710, le territoire estonien devient pour deux siècles une région de l’Empire russe.
Au la noblesse foncière germanophone, à qui les dirigeants russes laissent une grande autonomie, maintient les paysans finno-ougriens dans le servage. Celui-ci n’est aboli qu’au début du siècle suivant, en partie sous la pression du pouvoir russe, en partie grâce à quelques germanophones éclairés. Certains de ces derniers, qualifiés d’estophiles, s’intéressent à la langue, la culture et l’histoire des autochtones. Des intellectuels membres de la classe moyenne estonienne, qui commence à se former à cette époque, vont prendre le relais en faisant un travail de collecte de la mémoire populaire et en affinant la langue ; ces travaux permettent l’apparition des premiers périodiques et ouvrages de fiction en estonien. À la fin du siècle, la langue estonienne, dopée par une tentative de russification, commence à se substituer à l’allemand, qui était jusque-là seule utilisée par les élites. À la même époque la proportion de paysans propriétaires croit fortement. Au début du apparaissent les premiers partis politiques estoniens dont les revendications se cantonnent à une autonomie limitée et à l’égalité de statut avec les germanophones qui conservent une grande partie des pouvoirs.
En 1920, à l’issue de la Première Guerre mondiale qui a déclenché l’effondrement de l’Empire russe, l’Estonie acquiert, comme ses voisins baltes, son indépendance après une guerre de courte durée contre l’Armée rouge. Les terres agricoles encore détenues par la noblesse germanophone sont redistribuées aux paysans et un régime parlementaire s’installe. Celui-ci, menacé durant la Grande Dépression par la montée d’un mouvement populiste, se transforme en régime semi-autoritaire à compter de 1934. À la veille de la Seconde Guerre mondiale, les clauses secrètes du Pacte germano-soviétique qui lie l'Allemagne nazie et l'Union soviétique, permettent à cette dernière d’occuper l’Estonie. Le pays est ravagé par son occupant. La minorité germanophone abandonne le pays qu’elle dominait depuis sept siècles pour répondre à l’appel des autorités nazies. Lorsque l’Allemagne déclare la guerre à l’Union soviétique en 1941, l’Estonie est envahie par les Allemands, puis reconquise par l’Armée rouge en 1944. Une partie de la population fuit alors l’occupant par crainte de représailles et quitte définitivement le pays. L’Estonie, malgré une longue résistance clandestine d’une partie de ses habitants, passe sous administration soviétique. Dans son objectif de propagande, l'URSS créé de toutes pièces une république soviétique pour faire croire à une adhésion volontaire du pays à l'idéologie communiste. La société estonienne et son économie sont profondément transformées par l’envahisseur. De nombreuses industries sont installées et l’agriculture est collectivisée. Une forte minorité russe s’installe pour fournir des bras à ces nouvelles activités. L’éclatement de l’Union soviétique en 1991 permet à l’Estonie de retrouver son indépendance à l’issue d’un processus pacifique. Le nouvel État se transforme rapidement grâce à une forte croissance de l’économie et la mise en place d’institutions politiques et économiques modernes. Soucieuse de conserver son indépendance face à un voisin russe qui accepte mal le nouvel ordre des choses, l’Estonie adhère à l’OTAN et intègre l’Union européenne en 2004.
Protohistoire La période mésolithique thumb|Outils de la culture de Kounda (musée d’histoire de l’Estonie).
Les premières incursions humaines sur le territoire de l’Estonie libéré tardivement par la dernière glaciation se produisent au À cette époque, une partie des zones littorales sont encore sous les eaux de la mer Baltique, notamment l’île de Saaremaa : l’élévation générale de la région, soulagée du poids des glaces, va progressivement les faire émerger au cours des millénaires suivantsLe phénomène est toujours à l’œuvre aujourd’hui avec une élévation d’une partie de la côte estonienne de par an.. Les glaciers, en se retirant, ont laissé des moraines qui bloquent l’écoulement des eaux et sont à l’origine des lacs et des marécages qui recouvrent 20 % du territoire. La couverture végétale se limite à l’époque à une toundra. Les premières traces d’établissement humain ont été découvertes sur le cours inférieur du fleuve Pärnu ; elles forment la culture dite « de Kunda », du nom de la ville la plus proche. Ces précurseurs, venus du sud, sont des semi-nomades qui vivent au bord des lacs, des rivières puis par la suite de la mer, en pratiquant la cueillette, la chasse et la pêche au harpon, à l’hameçon et au filet. ..
La période néolithique thumb|Céramique à peigne (musée d’histoire de l’Estonie).
thumb|Poterie et haches de la culture de la céramique cordée.
Le début du Néolithique est marqué par l’apparition des céramiques, dite de Narva (du nom de la ville près de laquelle les premières trouvailles ont été effectuées), dont les plus anciennes remontent à 4900 Le climat est à l’époque devenu plus clément et des forêts de feuillus se sont substituées à la toundra. Les premières poteries sont réalisées en argile épais mélangé avec des galets, des coquillages et des plantes. Les céramiques de cette culture ont été trouvées tout le long des côtes et dans les îles. L’outillage en pierre et en os est proche de celui produit par la culture de Kunda.
Vers le apparaissent les céramiques à peigne (le décor consiste en stries faites avec un peigne) qui vont coexister pendant plusieurs siècles avec les céramiques de Narva. Ce type de céramique semble une spécificité des peuples de langue finno-ougrienne car on les trouve également en Finlande et dans l'Oural où vivaient sans doute des peuples parlant une langue apparentée. Il est donc possible que le peuple, dont descendent les Estoniens de langue finno-ougrienne contrairement à leurs voisins du sud (Lettons) et de l'est (Russes), soit arrivé à cette époque. Les analyses génétiques effectuées contredisent toutefois en partie cette dernière théorie car, si les Estoniens ont bien un patrimoine génétique particulier, ils le partagent avec les Lettons et les Lituaniens. Selon les théories les plus récentes, basées sur l'analyse de l'ADN, le berceau des Estoniens modernes, qu'on situait jusqu'à récemment vers la Sibérie ou au pied du massif de l'Oural, serait plutôt localisé dans la région de la steppe pontique. Si les chasseurs-cueilleurs estoniens de la culture de la céramique au peigne sont proches génétiquement des anciens chasseurs-cueilleurs de l'Est européen, les nouvelles populations de la céramique cordée ont une ascendance prédominante dans la steppe, ancêtres qui s'étaient mélangés de manière spécifique selon le sexe avec les premiers agriculteurs européens d'origine anatolienne Lehti Saag et al., Extensive farming in Estonia started through a sex-biased migration from the Steppe, Current Biology, .
Ainsi, vers 3200 une nouvelle population, sans doute d'origine indo-européenne, donc utilisant une langue rattachée à un rameau complètement différent du finno-ougrien, arrive dans la région : son apparition se traduit par l’apparition de la céramique cordée, de haches en pierre particulièrement bien finies (haches naviformes) et par l'amorce d'une activité agricole et de d'élevage. Les premières fermes sont construites à l'époque. Il semble qu'après une période de coexistence qui va jusqu’au , la langue finno-ougrienne s'impose sur le territoire de l'Estonie, au nord et sur la côte de la Lettonie, tandis que le parler des derniers arrivants s'impose dans le reste de la Lettonie et plus au sud. Toutefois, chaque langue emprunte sans doute à cette époque une fraction de son vocabulaire à l'autre. Par la suite, aucun autre mouvement de population massif ne semble avoir touché le territoire de l’Estonie. La population estonienne et sa langue semblent donc descendre directement des habitants de cette époque.
L'âge du bronze thumb|Cimetière de l’âge de bronze. vignette|Vidéo de drone de cistes du site de Jõelähtme dans la (Estonie). L’âge du bronze commence dans la région vers Le mode de vie reste initialement toujours nomade mais l’élevage et l’agriculture commencent à se développer. Des objets en bronze apparaissent sans doute en provenance du sud. Entre 1500 et , les objets en bronze sont importés de Scandinavie avec laquelle un courant d’échange a pu se mettre en place grâce aux progrès de la navigation. L’influence culturelle des peuples du nord de la Baltique ou peut-être un début de colonisation peut être détecté par l’apparition sur le sol estonien de nouvelles sépultures de type scandinave : celles-ci sont constituées de sarcophages en pierre de forme circulaire ou ovale. La crémation apparaît mais coexiste avec l’inhumation. La langue semble avoir emprunté à cette époque certains termes scandinaves. Dans la région qu’occupe aujourd’hui Tallinn, l’orge commence à être cultivée dans des champs délimités par des murs de pierre à partir de ; l’utilisation de la charrue semble se répandre tandis que la culture du lin pour le tissage apparaît sans doute à la même époque. La population, jusque-là concentrée le long des rivières et des lacs, se répand dans l’intérieur du pays. Les premiers oppida apparaissent, traduisant une insécurité croissante liée à un début d’accumulation de richesses.
L'âge du fer