Juniorski prvaci Hrvatske u nogometu za sezonu 1998./99. su bili nogometaši Varteksa iz Varaždina.
Prva liga mjklubitpobnerporgol+gol-bod1. Varteks (Varaždin) 22 18 2 2 70 22 562. Hajduk (Split) 22 12 7 3 47 22 433. Croatia (Zagreb) 22 13 4 5 42 21 434. Osijek (Osijek) 22 12 5 5 48 28 415. Hrvatski dragovoljac (Zagreb) 22 12 4 6 52 30 406. Zagreb (Zagreb) 22 12 3 7 55 39 397. Cibalia (Vinkovci) 22 10 3 9 24 26 338. Rijeka (Rijeka) 22 8 2 12 26 33 269. Zadarkomerc (Zadar) 22 5 4 13 16 41 1910. Slaven Belupo (Koprivnica) 22 3 4 15 22 60 1311. Šibenik (Šibenik) 22 1 7 14 28 50 1012. Mladost 127. (Suhopolje) 22 1 5 16 18 65 8
Izvori Kruno Sabolić: Hrvatski športski almanah 1999/2000, Zagreb, 2000.
1998-99 *j-p