Pionirski prvaci Hrvatske u nogometu za sezonu 1998./99. su bili nogometaši Osijeka.
Prvi rang Prvo je igrano po regijama HNS-a, a potom završnica u koju su se plasirali prvaci regija jednokružnim liga-sustavom.
Završnica Igrano od 3. do 6. lipnja 1999. u Osijeku.
mj klub ut pob ner por gol+ gol- bod1. Osijek 4 4 0 0 17 1 122. Rijeka 4 2 1 1 10 4 73. Croatia Zagreb 4 2 1 1 7 7 74. Slaven Belupo Koprivnica 4 1 0 3 3 11 35. Zadarkomerc (Zadar) 4 0 0 4 1 15 0
Izvori Kruno Sabolić: Hrvatski športski almanah 1999/2000, Zagreb, 2000.
1998-99 *p-p