Tijekom Drugog svjetskog rata, četničke postrojbe su ubrzo nakon kapitulacije i raspada Kraljevine Jugoslavije 1941. osnovane i počele djelovati također i na području Nezavisne Države Hrvatske. Te su postrojbe nastale iz članstva četničkih udruge koje su pod zaštitom državnih vlasti Kraljevine Jugoslavije nastajale još dvadesetih godina, puno prije nastanka NDH te su bile vođene željom za stvaranjem Velike Srbije države sa srpskom prevlašću."Četničke i režimske organizacije u Bjelovarskom kotaru tijekom Kraljevine SHS/Kraljevine Jugoslavije (s posebnim osvrtom na Kokinačke žrtve 1935. god ine.)", Željko Karaula, Cris : Časopis Povijesnog društva Križevci, Vol. XII No. 1, 2010., Pristupljeno 1. lipnja 2021.
Na području koje je nakon osnivanja NDH pripojeno Italiji, talijanske vojne vlasti tijekom lipnja 1941. god. toleriraju okupljanje i obuku više stotina naoružanih četnika, koji 28. lipnja 1941. god. napadaju pograničnu postaju NDH u Krupi kod rijeke Zrmanje i tom prilikom ubijaju 14 oružnika NDH i nekoliko ustaša. Nakon toga predstavnici vlasti NDH u Sjevernoj Dalmaciji na zahtjev Talijana napuštaju Knin i prepuštaju vlasti srpskih ustanika - koje predvode četnici - područje Dalmacije sjeverno od Drniša. Slično se događa i prilikom ustanka Srba u Istočnoj Hercegovini, koji je također buknuo u lipnju 1941. godine. Ubrzo potom Talijani ustrojavaju četnike kao svoje pomoćne vojne snage - Dobrovoljačku antikomunističku miliciju (tal. Milizia Volontaria Anti Comunista, MVAC), te u zoni od linije Karlovac - Mostar prema moru nastoje eliminirati snage NDH (s kojima su Talijani ubrzo nakon sklapanja Rimskih ugovora došli u vrlo loše odnose) i zamijeniti ih četnicima. U suradnji s Talijanima i Nijemcima, te ponekad s vlastima NDH, poduzimaju četnici mnogo oružanih aktivnosti protiv partizana. U nekim slučajevima se upuštaju u etnička čišćenja ne-Srba, te onda dolaze u sukobe sa snagama NDH.
Većina Srba u Hrvatskoj i BiH se s vremenom ipak okrenula partizanima koji su se zalagali za Jugoslaviju kao federativnu multietničku republiku, dok se manji dio priklonio četnicima. Nepovezane četničke jedinice priznaju Dražu Mihailovića za vrhovnog zapovjednika. Njegov predstavnik Ilija Trifunović Birčanin uspostavlja svoj stožer kod Talijana u Splitu, ali je Mihajlovićeva kontrola nad četnicima u NDH ipak bila samo djelomična. Mihajlović i Birčanin održavaju stanovitu komunikaciju s Jugoslavenskom izbjegličkom vladom, koja im nastoji kod Saveznika dati legitimitet Jugoslavenske vojske u otadžbini.
Četnici su odgovorni za mnoge pokolje hrvatskog i muslimanskog stanovništva na području NDH, a posebno u Dalmaciji, Lici te Bosni i Hercegovini, gdje su provodili i etničko čišćenje.
U prvoj polovici 1943. Mihailović je u dogovoru s Nijemcima i Talijanima prebacio značajne snage iz Srbije i Crne Gore na područje NDH kako bi potpomogao planiranom uništenju glavnine partizanskih snaga, ali je doživio ozbiljan poraz od partizana u bitci na Neretvi, a potom su u početnoj fazi Operacije Schwarz (Bitka na Sutjesci) glavninu četnika na području NDH i susjednih dijelova Crne Gore i Sandžaka - usprkos prosvjedima Talijana - razoružali Nijemci, tretirajući potom četnike kao ratne zarobljenike. Od toga se četnički pokret na tlu NDH više nije oporavio: njemačke vojne vlasti su uz povremene proteste vlasti NDH do kraja rata surađivale s četnicima, ali oni kod njih nikad nisu bili dostegli ugled i značaj kakav su uživali kod Talijana. Odlučnu poteškoću djelovanju četnika u drugom dijelu rata predstavljao je i prekid britanske vojne pomoći počev od 1943. godine, koji su umjesto toga - u vrijeme kada se savezničke vojne postrojbe nalaze na bliskom području juga Italije - počele snažno podupirati partizane.Rat i revolucija u Jugoslaviji, 1941-1945 - okupacija i kolaboracija,, Jozo Tomasevich, EPH Liber 2010., str. 171, 275, 371, 517 Mihailovićeva ideja, da će pri kraju rata četnici povesti akcije protiv okupatora i dokazati se zapadnim saveznicima kao važni suborac u borbi protiv fašizma i nacizma, ali i protiv komunizma, doživjela je i na području NDH potpuni krah.
Osim što su se vlasti NDH u kontaktima s njemačkim vojnim vlastima zauzimale da se osigura razoružavanje četnika, 1943. godine je diplomacija NDH uspjela putem britanskih diplomatskih predstavnika u Vatikanu plasirati i izvještaj o zločinima i namjerama četnika, lažno pripisan nadbiskupu Alojziju Stepincu. Glavni autor tog izvješća Krunoslav Draganović je i nadalje opisivao četnike kao snagu koja želi zlouporabiti britansku vojnu podršku kako bi uz zločinačko etničko čišćenje stvorilo etnički homogenu Veliku Srbiju; uz to naglašavajući da su po Hrvate mnogo opasniji četici: "Dok partizani ubijaju pojedine osobe, koje pripadaju vladajućim krugovima, četnici ubijaju sve, koji su katolici". Nije poznato je li taj izvještaj pridonio odluci Britanaca da umjesto četnika počnu oružjem i drugom pomoći podupirati partizane.
Četnici su se vrlo spremno upuštali u teror protiv civila Hrvata i Muslimana na području NDH, osobito u vrijeme vrhunca svoje vojne snage 1941. i 1942. godine. Njemački historičar Alexander Korb smatra ispravnim procijeniti da je ubrzo nakon podizanja srpskih ustanaka u NDH iz 1941. god., zbog četničkog terora većina gradova pod kontrolom ustaša bila popunjena prognanim civilima (njih oko 200.000), te da su samo u Istočnoj Bosni su četnici do kraja 1942. godine pobili oko 100.000 Muslimana.Alexander Korb (2010) "Understanding Ustaša violence", Journal of Genocide Research, 12:1-2, 1-18, str. 11
Talijansko okupacijsko područje
Grupe četnika koje je na području oko Knina okupio pop Momčilo Đujić već su u travnju 1941. započeli ubijanje i masakriranje hrvatskih civila. Vlasti NDH reagiraju organiziranjem akcija “čišćenja”, u koji se uključuju slabo organizirane postrojbe nerijetko nabrzinu sastavljene od kriminalnih elemenata i osoba ispunjenih mržnjom na Srbe (tzv. divlje ustaše). Rezultat je teror nad srpskim stanovništvom, s mnogo pokolja.
Talijani tijekom lipnja 1941. god. toleriraju okupljanje i obuku više stotina naoružanih četnika na području Benkovca i Kistanja, koji 28. lipnja 1941. god. s dijela dalmatinskog područja pripojenog Kraljevini Italiji napadaju pograničnu postaju NDH u Krupi kod rijeke Zrmanje i tom prilikom ubijaju 14 oružnika NDH i nekoliko ustaša; nakon čega predstavnici vlasti NDH već 29. srpnja 1941. god. prema uputi Talijana napuštaju Knin (koji je u to vrijeme pod kontrolom talijanskog garnizona koji je imao čak oko 5.000 vojnika, ali bez znatnijih postrojba NDH) i prepuštaju vlasti četnika područje Dalmacije sjeverno od Drniša. Slično se dogodilo na širokom području NDH uz granicu s Crnom Gorom, u tzv. Vidovdanskom ustanku 1941., u kojem su četnici pod zaštitom talijanskih okupacijskih snaga uspostavili svoju vlast umjesto vlasti NDH.
Nakon što su u Avtovcu u istočnoj Hercegovini pobili 28. lipnja 1941. god. 47 civila, te nakon što su četničko-komunistički ustanici na području Like i obližnjem području Bosne izvršili cijeli niz povezanih pokolja Hrvata, masovniji pokolj Hrvata kreću i na području Dalmacije 7. i 8. listopada 1941. godine, kada su četnici zaklali u Donjem Erveniku sedam osoba; ubrzo potom su Štikovu zaklali još 9 Hrvata. Ubojstvo pojedinaca i manjih skupina i dalje stalno izvode, čime su potaknuli hrvatsko stanovništvo da napusti sela i skloni se u gradove.
U Drvaru je 1. rujna 1941. održana konferencija, na kojoj su prevladavali komunisti na čelu s Hrvatom Markom Oreškovićem, a sudjelovali su i pop Momčilo Đujić i drugi četnički zapovjednici. Oni su pod pritiskom komunista prihvatili rezoluciju u kojoj se poziva na borbu ne samo protiv ustaša, nego i okupatora (tj. Talijana), makar - kako se poslije pokazalo - takvo što nisu namjeravali provesti u djelo.
Nakon što su Talijani zauzeli Liku, partizani krajem rujna 1941. god. započinju oružane akcije protiv njih. Četnici, zadovoljni odlaskom ustaša i neprijateljski nastrojeni prema komunistima, prihvaćaju kolaboraciju s Talijanama, te zajedno s njima započinju akcije protiv partizana. Krajem listopada 1941. četnici su ubili Marka Oreškovića.
Između izbjegličke vlade, Talijana i partizana
U listopadu 1941. iz Srbije je stigao u Split četnički vojvoda Ilija Trifunović Birčanin, s uputama iz stožera Draže Mihailovića. Pod njegovim vodstvom u Splitu je ustrojen "Četnički centar za Dalmaciju, Liku, Kordun i zapadnu Bosnu i Hercegovinu". Taj je Centar u pojedine dijelove Hrvatske, gdje je bilo četničkih grupa, slao instruktore regrutirane iz redova oficira bivše jugoslavenske vojske. Jako četničko uporište bilo je organizirano u Kninu i okolici, gdje su – po Birčaninovom ovlaštenju – na čelu četnika bili pop Momčilo Đujić i Pajo Popović. Lokalne četničke postrojbe su se uspostavljale uz pomoć oficira predratne jugoslavenske kraljevske vojske kao instruktora. Četnici su se najprije formirali u seoske čete, a zatim i četničke pukove sastavljene po teritorijalnom principu. Prisegu su polagali kralju Petru II., jugoslavenskom kralju koji se nalazio u izbjeglištvu u Londonu. Pop Momčilo Đujić potpisao je potkraj listopada 1941. ugovor s talijanskim zapovjedništvom, prema kojemu Talijani priznaju četnicima pravo na formiranje svojih postrojbi.Matković, str. 193 Trifunović je početkom 1942. osnovao Dinarsku četničku diviziju.
Talijanska fašistička vlada pruža četnicima na području talijanske okupacijske zone u NDH podršku i zaštitu, primjenjujući vrlo umješno provjerenu taktiku "podijeli pa vladaj"; doveli su ustaše na vlast u Zagrebu, a onda "uslužno" štitili Srbe od ustaških progona. Četničke odrede, nastale nakon raspada Jugoslavije od ranijih četničkih organizacija kao odgovor na ustaške pokolje, Talijani prihvaćaju pod imenom Milizia volontaria anticomunista, MVAC (Dobrovoljna antikomunistička milicija).
Ovi su četnici odmah počeli na isti način terorizirati Hrvate (prve četničke akcije u Lici dogodile su se već sredinom travnja 1941.), ali i one Srbe koji su im se protivili. Njihov teror i veza s fašističkim okupatorom potaknut će veći broj Hrvata da se pridruže partizanima, naročito od 1943. godine.
Rastom snage komunističke Narodnooslobodilačke vojske, neki su manji četnički odredi obustavili sukobe s oružanim snagama NDH, pa su postali i direktni saveznici. No većina četničkih odreda na području NDH i dalje je vodila borbe (većinom neuspješne) sa snagama NDH (ustašama i domobranima). Tim četničkim borbama sa snagama NDH Draža Mihailović je pokušavao svoj pokret prikazati u svijetu kao antifašistički.
26. lipnja 1942. godine, poglavnik NDH Ante Pavelić izdaje upute o »postupku prigodom ponude četnika za pregovore i predaju«. U uputama se konstatira da su se četnici opredijelili za suradnju s vlastima NDH jer su njihov opstanak ugrožavale partizanske jedinice, te da suradnja s četnicima može postojati samo dok postoji opasnost od »partizanskih oružanih bandi«, a da će trebati razoružati četnike čim se uspije izaći na kraj s partizanima (s čime NDH ipak nije uspjela).
Na području južne Like, Banije i Korduna bilo je još i 1944. "sumnjivih" odreda koji su bili u sastavu NOVJ, borili se protiv četnika pod zapovjedništvom Draže Mihailovića, ali su djelomice sačuvali četnički, nacionalistički karakter. Jednoj takvoj grupi suđeno je na Kordunu 1944., što je izazvalo sukob Andrije Hebranga s većinom u Politbirou KPJ (vidi dolje, poglavlje Njemačko okupacijsko područje).
Istočna Hercegovina