U literaturi o Jasenovcu postoje različiti – slabije ili više argumentirani – pokušaji da se podatci o broju žrtava prikažu većima nego što konkretni podatci dopuštaju; te naprotiv da se Jasenovac prikaže isključivo radnim logorom u kojem nije bilo namjernih ubijanja zatvorenika.

Tijekom Drugog svjetskog rata bilo je mnogo oprečnih izvješća i informacija o broju ubijenih u Koncentracijskom logoru Jasenovac tijekom nešto manje od četiri godine postojanja logora, a odmah nakon rata baratalo se procjenom od oko 500.000 – 600.000 ubijenih koja je kasnije, nakon provedenih neovisnih istraživanja, kako u Hrvatskoj i bivšoj Jugoslaviji, tako i u svijetu, svedena na realniju brojku od 80.000 do 100.000 žrtava. Po drugoj strani, 1990-ih godina i kasnije pojavili su se u Hrvatskoj revizionistički autori koji su sustavno poricali ili znatno umanjivali ustaške zločine i broj žrtvi u Jasenovacu, tvrdeći da ne mogu biti veće od četveroznamenkastog broja. Osobito s porastom nacionalizma 1980-ih, sve su učestalije manipulacije te propaganda na obje strane s brojem jasenovačkih žrtava – uveličavanja od srpskih nacionalista i umanjivanja od hrvatskih. Povjesničar David Bruce McDonald također povlači paralele između uveličavanja broja žrtava Jasenovca i sličnog uveličavanja žrtava Bleiburga – na do milijun tobožnjih hrvatskih žrtava, što je Tuđman nazvao "bleiburškim mitom" – kako bi se obje strane prikazale čim većom žrtvom.

Poteškoće s utvrđivanjem broja žrtava Kao što navodi "United States Holocaust Museum", postoje opći problemi s utvrđivanjem broja žrtava nacističkih, kao i ustaških koncentracijskih logora. Mnoge žrtve Auschwitza također su spaljene u pećima logora tijekom rata, a pred sam kraj rata nacisti su sustavno iskopavali i spaljivali preostale leševe, kao npr u Belzecu gdje su iskopali i spalili 540.000 leševa. Slično su učinili i u logoru Sajmište te u drugim nacističkim logorima u Srbiji.

Za Jasenovac postoje svjedočanstva logoraša, poput Milka Riffera, da su ustaše nakon najvećih istrebljenja krajem 1942. godine spalile logorsku kartoteku te da mnoge žrtve uopće nisu ulazile u logor i nisu bile evidentirane, već su ih vodili izravno na likvidaciju na Gradinu i ostala stratišta oko Jasenovca. Osim toga, više logoraša koji su uspjeli preživjeti proboj samostalno je svjedočilo o masovnoj ekshumaciji i spaljivanju leševa pred sam kraj rata. Tako je logoraš Egon Berger svjedočio da su ustaše tjednima palili leševe na četiri ogromne lomače na Gradini, odakle je dopirao "dobro poznati miris spaljenog ljudskog mesa". Zapovjednici logora Filipović-Majstorović i Milo Ljuboš također su na suđenjima svjedočili da je Luburić pred kraj rata naredio uništavanje svih tragova grobova, te su opisali kako su spaljivali leševe. Slovenski forenzičari šezdesetih godina prošlog stoljeća na mnogim stratištima pronašli su samo "pepeo, kreč i ostatke spaljenih kostiju", ali su iz samo jednog groba također iskopali 189 leševa, od kojih je 51 bilo djece te 123 žena, svi sa smrskanim lubanjama).

Više logoraša svjedočilo je da su brojne žrtve spaljene i tijekom rata u posebno adaptiranim tzv. Piccillijevim pećima Ciglane, a mnoge žrtve tijekom rata završile su bačene u Savu. Sve je to otežavalo dokumentiranje i procjene broja žrtava Jasenovca. U mnogim nacističkim logorima broj žrtava vjerodostojnije je procijenjen tek desetljeća kasnije, primjerice tek 1991. za Auschwitz, kada su pronađeni nacistički podaci o broju vagona poslanih u Auschwitz, na temelju kojih su onda procijenili približan broj žrtava. Poimenični spisi žrtava Auschwitza još su uvijek vrlo nepotpuni, s tek manjim brojem ukupnih žrtava popisanih.

Pitanje NDH dokumenata

Povjesničar Jozo Tomasevich navodi da u dokumentima NDH postoje velike praznine koje dodatno otežavaju istraživanja, prvenstveno zbog uništavanja istih od strane NDH režima. Tako piše da su ustaške vlasti, a i Kaptol, masovno spaljivali dokumenta zadnja 2-3 tjedna rata, te je cijeli Zagreb smrdio na paljevinu. Veliki dio NDH dokumentacije ustaše su ponijele i sobom tokom bijega u Austriju, i to spalili prije predaje partizanima. Tomasevich navodi da je tokom svojih istraživanja NDH dobio pristup Vojnom arhivu u Beogradu, kao i sličnim vojnim arhivima u Engleskoj, SAD-u i Njemačkoj. Po drugoj strani piše da je bilo gotovo nemoguće dobiti bilo kakvu dodatnu dokumentaciju ili informacije u vezi s NDH od Vatikana, Katoličke crkve u Hrvatskoj i izbjeglih NDH dužnosnika.

Od danas preostale NDH dokumentacije veći dio nalazi se u Beogradu, a pristup znanstvenicima je u pogledu vojne dokumentacije relativno težak, kako navodi hrvatski povjesničar Hrvoje Klasić."Srbija se ne odriče svoga 'blaga': arhiv NDH ostaje u Beogradu, u Hrvatsku mogu samo - kopije!", Davor Krile, "Slobodna Dalmacija", 5. travnja 2018. Pristupljeno 18. kolovoza 2021. Povjesničar Jere Jereb iznosi 2020. god. da su dijelovi građe iz NDH teško dostupni, te su de facto nedostupni dijelovi građe o radu komisija Srpske Pravoslavne Crkve i koloboracionističkih nedićevskih vlasti u Srbiji, koji su se bavili prihvatom srpskih izbjeglica iz NDH, te u kojima ima važnih podataka o stradanjima i drugih ratnim događanjima u NDH."Dr. sc. Mario Jareb o Jasenovcu, dokumentaciji koju je Srbija dužna vratiti Hrvatskoj, Bleiburgu…", HKV.hr 23. svibnja 2020. Ipak, autori publikacija "Ustaška vojnica", izdate 2013. od Večernjeg lista, navode da se "obje knjige temelje u prvom redu na dokumentaciji NDH u Vojnom arhivu u Beogradu", a i Roman Leljak tvrdi da je svoje knjige o Jasenovcu pisao na osnovi dokumenta koje je našao u Vojnom arhivu u Beogradu.

Poslijeratne procjene Tijekom rata njemački okupatorski izvori procjenjuju 250.000 (od ožujka 1943.) do 700.000 srpskih žrtava ustaških zločina diljem NDH, dok je njemačka obavještajna služba Sicherheitsdienst je 1943. iz Zagreba izvjestila da su ustaše u Jasenovcu likvidirale 120.000 ljudi, plus 80.000 dodatnih u Staroj Gradiški, te 20.000 u ostalim ustaškim logorima. Prva poslijeratna procjena bio je Izvještaj Zemaljske komisije za utvrđivanje zločina okupatora i njihovih pomagača iz 1946. godine, prema kojem se je broj žrtava u Jasenovcu kretao između 500.000 i 600.000. Povjesničarka Andriana Benčić navodi kako je ovo izvješće imalo metodološke nedostatke jer se temeljilo na svjedočenjima preživjelih logoraša, uz opće procjene. Preživjeli logoraši su navodili brojke do 600.000 i više žrtava, no kao što piše Ivo Goldstein, oni nisu mogli dati pouzdane procjene, jer “nijedan logoraš nije imao pregled nad zbivanjima na čitavom prostoru logorskog kompleksa, pa čak ni u pojedinim njegovim dijelovima”.

Sljedećih godina, tvrdnje da je u Jasenovcu stradalo 600 odnosno 700 tisuća ljudi praktički su postale službene, iako ih nikad nitko nije službeno iznio. Goldstein piše da su veće brojke navednih žrtvi bile u interesu države, jer su se na brojevima ukupnih procjenjenih žrtvi temeljili zahtjevi o ratnim reparacijama od Njemačke. Osvrćući se 2018. godine na to razdoblje, kustosica JUSP Jasenovac Andriana Benčić ne smatra kako bi preuveličavanje žrtava i istodobna višedesetljetna znanstvena šutnja mogli imati neki naročit značaj:

Ivo Goldstein pak navodi kako pored tih brojki, za koje je naročito nakon popisa 60-ih postalo očito da su preuveličane, o Jasenovcu, kao i o ustaškim i četničkim zločinima uopće, se malo izvještavalo, npr. rijetko su se, gotovo nikada, citirali memoari [logoraša, Nijemaca itd. o Jasenovcu] Riffera, Miliše, Cilige, Von Horstenaua i Diane Budisavljević…Vlasti su htjele prikazati naciste i fašiste kao glavne zločince, a domaće kvislinge kao sekundarne aktere. Goldstein piše kako se to činilo i u ime zvanične politike bratstva i jedinstva. Slično, Adriana Benčić navodi kako “u službenom narativu o ratu Jugoslavija nije isticala ni identitete počinitelja, ni identitete žrtava”, već je naglasak bio na antifašističkoj borbi partizana.

Godine 1964. proveden je sustavniji popis koji je dokumentirao 59.188 žrtava Jasenovca. Kasniji su demografi konstatirali da je taj popis nepotpun, da mu nedostaje oko trećina žrtava, i da je za pojedine kategorije posebno manjkav – primjerice, za Jasenovac je upisano svega 1.471 Roma, dok suvremene procjene govore o 25.000 romskih žrtava. No, unatoč tim nedostacima, bilo je očito da su tvrdnje o 600.000 žrtava u Jasenovcu bile nerealne. Ivo Goldstein navodi da vlasti nisu mogli uskladiti te brojke s tada puno većim, "petrificiranim" procjenama žrtava Jasenovca, pa popis nije objavljen.

Iako je komunistička vlast za vrijeme SFRJ desetljećima stvarala i u propagandne svrhe koristila "istinu" o Koncentracijskom logoru Jasenovac, sve do 1991. godine nije bilo vjerodostojnih znanstvenih radova o toj temi. S obzirom na to da kasniji pokušaji znanstvenog pristupa utvrđivanja broja žrtava Jasenovačke tragedije provedeni za vrijeme komunističke vladavine nikako nisu uspijevali uskladiti brojeve pobijenih Srba do kojih su došli znanstvenim pristupom s brojevima koje je zahtijevala komunistička propaganda, znanstveni radovi koji su se time bavili bili su redom stavljani pod embargo, te nisu bili dostupni čak ni znanstvenicima.

Ipak, krajem 1980.-ih su neovisno jedan od drugoga hrvatski demograf dr. Vladimir Žerjavić i srpski demograf dr. Bogoljub Kočović došli do sličnih rezultata o stradanju Srba i drugog stanovništva u NDH, oslanjajući se u prvom redu na podatke iz popisa stanovništva na području Jugoslavije prije i poslije II. svjetskog rata.

Žerjavić tako 1995. godine na osnovi podataka iz tih popisa stanovništva iznosi procjenu o ukupno 322.000 srpskih žrtava s područja NDH u II. svjetskom ratu (navodi podatake, također, o 192 tisuće poginulih Hrvata i 86 tisuće poginulih Bošnjaka na području NDH; daljnjih 17 tisuća Bošnjaka je postradalo izvan područja NDH u Sandžaku). Od postradalih Srba, Žerjavić prema dostupnim podatcima iznosi okvirno da je njih 82.000 pobijeno kao pripadnici partizanskih, te 23.000 kao pripadnici četničkih postrojbi, 25 tisuća je umrlo od tifusa, 20 tisuća civila je stradalo u njemačkom logoru Sajmište kod Zemuna, te je daljnjih 45 tisuća civila pobijeno od Nijemaca na drugim mjestima, 15 tisuća civila je pobijeno od Talijana, 34 tisuće civila stradalih u borbama ustaša, četnika i partizana, 28 tisuća pobijenih na raznim mjestima; približno 50 tisuća pobijeno je u sustavu logora Jasenovac (koji je obuhvaćao još nekoliko logora u drugim mjestima). Žerjavić procjenjuje da je pored tih 50 tisuća Srba, u Jasenovcu postradalo 10 tisuća Hrvata, 13 tisuća Židova, 2 tisuće Muslimana i 10 tisuća Roma, tj. ukupno oko 85 tisuća ljudi.

Spomen-područje Jasenovac 2013. godine objavljuje dopunjeno i revidirano izvješće utemeljeno na podacima iz jugoslavenskog popisa 1964. god., u kojem se govori o 83.145 žrtava, od toga 47.627 Srba, 16.173 Židova, 13.116 Roma i 4.255 Hrvata.

Unatoč takvim podacima koji, iako ne potpuno egzaktni i precizni, ipak daju određenu sigurnost onim procjenama o broju žrtava koje iznosi suvremena historiografija, postoje i druge procjene, najčešće vođene drugim kriterijima od onih strogo znanstvenih. Takve manipulacije brojem žrtava u političke, nacionalističke i propagandne svrhe, zajedno s hipotezama koje negiraju prirodu logora u Jasenovcu i pokušajima izjednačavanja zločinca i žrtve kroz priče o postojanju posljeratnog logora u kojem su bili ubijani zarobljeni ustaše i domobrani, dakle Hrvati, obično karakteriziramo kao povjesni revizionizam.

Poimenični popisi žrtava Popisi službenih ustanova - JUSP Jasenovac i Muzej Genocide