Siklós története az őskorig nyúlik vissza. A középkorban mezővárossá fejlődött az 1270-es években épített vár körül. A város birtokosai a középkorban először a Siklósiak, majd a Kakas és Pásztó család, őket követték a Garaiak, végül a Perényiek voltak. 1543-ban az Oszmán Birodalom része lett. A török hódoltság időszakában csökkent a népessége, és a 17 század végi fölszabadulás után mezővárosként szerepel az összeírásokban. A 19. században a mezővárosi rang megszűnése után falui státusza lett. 1918-1921 között szerb megszállás alá került a vidék. Siklós 1977 óta ismét városi rangú település, 2013 óta járási székhely.
Őskor A Siklóson és környékén megtalált régészeti leletek szerint 28.000 évvel ezelőtt, az utolsó jégkorszak végén mamutvadász emberek éltek ezen a tájon, amit keleti gravetti kultúrának hívnak.Vonyó, 2000., 37. o. A kedvezőbbé vált éghajlat hatására nyolcezer éve a mai Földközi-tenger környékéről vándoroltak ide az első földművelők, a Starčevo-kultúra képviselői. Erre utaló régészeti leleteket 1999-ben találtak a Siklós, Csukmai dűlőben végzett útépítéskor, ahol épületmaradványokat, csontokat, edénymaradványokat találtak.Vonyó, 2000, 38. o. Az i. e. 5. évezredben a Lengyeli kultúra terjedt el a mai Siklós területén. Erről tanúskodnak a temetkezési szokások is, ami hasonlít a maihoz. Már temetőket hoztak létre, istenszobrokat készítettek, a halott mellé használati tárgyakat tettek. Az i. e. 3. évezredben többször is a Balkán-félszigetről indult embercsoportok telepedtek meg e vidéken, az ő kultúrájukat hívják vučedoli kultúrának.Ecsedy, 1995, 14. o. aVonyó, 2000, 41. o. E kultúrát követte a Somogyvár–Vinkovci-kultúra.Vonyó, 2000, 42. o.
Az i. e. 19-18. században teljesedett ki a bronzkori társadalmak sajátosságai: a népesség letelepedett, cserekereskedelem. A növekvő igény miatt a fémművesség rohamos fejlődésnek indult. A 12. században a halomsíros kultúra népe telepedett le a vidéken. Egy évszázaddal később belőlük alakultak ki az urnamezős kultúra csoportjai. A vidék e kultúra legkeletibb pontja.
A bronzkort pár évszázad múlva fölváltotta a vaskor. A vasgyártás technológiáját a hallstatti kultúra népe hozta a vidékre az i. e. 8. században.Vonyó, 2000. 47. o.
Ókor Az i. e. 6. századtól a pannonok lakták a vidéket. Ők az első, név szerint ismert lakói a mai Siklós vidékének. Siklóshoz közel, Beremendek találtak a régészek egy gazdag fejedelmi temetkezőhelyet. A pannonokat hosszú harcok árán az i. e. 4. században a kelták igázták le, azonban 2 évszázaddal később meggyengült a hatalmuk. Részleteket a kutatók sem tudnak, de föltételezik, hogy a pannonok ismét megerősödtek. A rómaiak ugyanis a pannonok után nevezték el egyik tartományukat, Pannónia provinciát. A rómaiak i. e. 15-ben kezdték meghódítani a területet, és csak majdnem 100 évvel később tudták bejezni a teljes Dunántúlt.Vonyó, 2000, 49. o.
A területet meghódító rómaiak a 2. század közepére fejezték be Pannónia úthálózatának kiépítését, és a század végére alakult ki az összefüggő városhálózat. Az őslakos pannonok az évtizedek során folyamatosan asszimilálódtak, és a század végére a helyi elemekkel keveredett latin nyelvű római alattvalókká váltak. A rómaiak temetkezési szokásaik a 2. században megváltoztak, míg korábban hamvasztásos módszert alkalmaztak, a század végére már a földbe temetés, azaz a csontvázas temetkezés váltotta föl. A gazdagabbak szarkofágokat, kőkoporsókat készítettek.Vonyó, 2000, 50. o. A Villányi-hegység déli oldalán már a rómaiak előtt is létezett út, amely a Birodalom idején kapcsolódott a Mursáról (Eszék) Sopianae-re (Pécs) tartó úthoz, amely elhaladt Siklós és Máriagyűd területe mellett. A mai Baranya vármegye területén a római időben Sopianae városán kívül a feltételezések szerint csak Nagyharsány volt nagyobb, városias település. Siklóst korábban a szakértők Serena településként azonosították, a 20. század végén viszont már úgy tartották, hogy ez a mai Villyó (Horvátország) római neve volt. bélyegkép|jobbra|300px|A négy részre osztott Pannonia A 2. század a mezőgazdaságban is változást hozott, ugyanis a rómaiak meghonosították a bortermelést és szőlőművelést.Vonyó, 2000, 51. o. Nagyharsány határában feltárt római településen több villát találtak, ami arra utal, hogy a gazdagok szívesen töltötték idejüket a vidéken. E villák mészhabarccsal összeillesztett terméskövekből épültek, tetejükre cserepeket helyeztek. A villákhoz magtárak és fürdők tartoztak.
A 3. században a markomann háborúk, majd 259-260-ban a roxolánok támadása megtizedelte a lakosságot. A két Pannoniát Diocletianus 296-ban négy részre osztotta: Pannonia Superiort Pannonia Primára (északnyugat, Savaria központtal) és Pannonia Saviára (délnyugat, Siscia központtal), míg Pannonia Inferiort Pannonia Secundára (délkelet, Sirmium központtal) és Pannonia Valeriára (északkelet, Sopianae központtal).
Középkor A Római Birodalom 433 táján engedte át a környéket a hunoknak, akik meghagyták az őslakosok életét, de azok addigra már elszegényedve éltek. 450 körül a germánok, majd 456-ban a keleti gótok uralma alá került a vidék. 473-ban a bizánciak, majd tőlük 504-ben visszahódították a keleti gótok. A keleti gótokat a longobárdok követték, akik már határvédelmi gyepűnek használták a vidéket.Vonyó, 2000, 53. o.
Az avarok a hetedik század tájékán érkeztek ide, akiket a frankok 803-ban hódoltattak be. Az avarok idejéből Siklós környékén találtak temetőket. A leletekből arra lehet következtetni, hogy a Mecsek vidékével szemben itt a települések messze helyezkedtek el egymástól. Délszláv népcsoportok is feltűntek errefelé ezt követően. A továbbiakban az e térségben még itt élő avarokat magukba olvasztó, és a frank megyerendszert átvevő magyar telepesek csak a tizedik század végén érkeztek Baranyába.Vonyó, 2000, 54. o. Kristó Gyula szerint Baranyában a fekete magyarok laktak, akiket I. István magyar király legyőzött 1009 előtt. Az ő legyőzésük után tudták csak megalapítani a pécsi püspökséget.Vonyó, 2000, 56. o.
A Kán nemzetség Suklous, Soklous ága uralta Baranya déli részét, de bizonyíthatóan csak a 12. századtól.Vonyó, 2000, 56. o. A nemzetség tagjai közös ősüknek Magnus (Nagy vagy Öreg) Gyulát tartották, aki II. András udvarában alapozta meg családja jövőjét. A nagyúr nádor, erdélyi vajdaVonyó, 2000, 55. o. vagy bán is volt ezekben az években. Fia, ifjabb Gyula leszármazottai alkották a család Siklósi ágát, akiket egy 1251-es oklevélben említenek először. Ebben a Siklósiak megosztják a közös birtokokat. Siklós falu északi része Buchk ispánnak, a déli része, testvérének Gyulának a tulajdonába került.Vonyó, 2000, 57. o. A siklósi várat valószínűleg Siklósi Gyula kezdte el építtetni az 1270-es években.Vonyó, 2000, 59. o. A vár létéről a pécsi káptalan 1294. november 30-án keltezett irata ad közvetett bizonyítékot, ahol a várat nem említik, de az okmány megemlíti a siklósi várnagyot.Vonyó, 2000, 58. o. Ugyanebben az évben a pécsi káptalan egy másik oklevelében is szerepel a várnagy szó: comes Omoneus filius Michaelis de Topord, castellanus de Suklous („topordi Mihály fia Omone, siklósi várnagy”-ot). Mindkét oklevél említést tesz, hogy Siklós vásáros hely volt (in foro Soklous). A vásár kialakulása az uradalmi központok sajátosságai voltak, és Siklós valószínűleg ismert volt vásáráról.Vonyó, 2000, 67. o. Néhány paloznaki jobbágy 1305-ben megszökött otthonról, mert a rájuk kirótt 110 márkás büntetést, nem tudták kifizetni. Siklósra menekültek, ahol azonban elkapták, és visszavitték lakóhelyükre. A siklósi vásárnap szombatonként lehetett, ugyanis a leírások szerint Siklóson belül Szombatszeg településrészen volt a piac. 265px|bélyegkép|right|A volt Ágoston rendi kolostor A település városiadására bizonyíték az is, hogy 1333-ban az ágostonos kanonokok kolostort tartott fönn. Nekik az egész országban csak 15 rendházuk volt. A kolostor pontos helye nem ismert.Vonyó, 2000, 74. o. Ezekben az években a városban két templom állt. Az egyik az Ágostonos kanonokok Szent Anna-temploma, a másik a városi kőtemplom, aminek tornya is volt. Egyes kutatók szerint a kettő azonosnak tekinthető, mivel nem találták nyomát két templomnak. A középkori plébániatemplom helye megegyezett a mai temploméval.
A 14. század végére a Siklósiak csillaga lehanyatlott: Siklósi Pál fia Gyula fia Miklóstól Zsigmond király 1387-ben elkobozta a siklósi várat hűtlenség miatt.Vonyó, 2000, 61. o. Újdonsült híveinek, Kakas Lászlónak és Pásztói Jánosnak adta át.Vonyó, 2000, 62. o. A Siklósi család a század végére kihalt, a várat Kakas László halála után a király a Garaiakkal birtokokat cserélt. A királyé lett a pozsegai és a temesi Garai-birtok, míg a Garaiaké Siklós. A jelentős birtokokat felhalmozó család a Valkó vármegyei Garáról Siklósra akarta áttenni a székhelyét, ezért kárpótlásul megállapodott Siklósi Miklós fráterrel, aki a család utolsó tagja volt, hogy hat falut élete végéig birtokolhat. A barát a Garaiaktól húsz hordó bort kapott a kegyúrnak járó hegyvámból, sőt a dalmáciai Ossero (Osor) püspökévé is kineveztették.Vonyó, 2000, 63. o.
Bár idősebb Garai Miklós Zsigmond ellenfele volt, életét az uralkodó feleségének, Máriának a védelmében áldozta föl, mikor Horváti János visszavágott Kis Károly király megölésért. Fia, ifjabb Garai Miklós viszont már 1387-ben megkapta a macsói bánságot, és a király biztos hívei közé tartozott. 1401. április 28-án, mikor Kanizsai János érsek és Bebek Detre nádor fogságba ejtette a szavukra nem hallgató uralkodót, a nemes saját fiát ajánlotta túszként Zsigmondért. Ekkor, 1401 júniusától októberig a siklósi várban tartózkodott a király. Garai ezalatt kiegyezett a nagyurakkal, és egyben Zsigmond sógora lett a Cilleiekkel kötött egyezség keretein belül. Garai Cillei Annát, az uralkodó Cillei Borbálát vette nőül. Szolgálataiért 1402-től haláláig, 1433-ig Garai Miklós viselte a nádori méltóságot. A király sógorának gazdagságát többek közt bizonyítja, hogy Siklóson nagyszabású építkezéssel alakították át a várat. Ebből a korból maradt ránk számos gótikus részlet, és a máig ép gótikus kápolna.Vonyó, 2000, 64. o.
1441-ben Bátaszék mellett Garai Miklós fia László és hívei megütköztek Hunyadi János és Újlaki Miklós seregeivel. A csatát utóbbiak nyerték, és rögtön megostromolták a siklósi várat és a simonytornyai várat. Egyik ostrom sem volt sikeres, köszönhetően a megerősített várfalaknak.
Az 1478. évi osztozkodás során a Garai család fölosztotta birtokait.Vonyó, 2000, 68. o. E okiratból derül ki, hogy egy mezőváros (Siklós), 40 jobbágyfalu s egy részbirtok tartozik az uradalomhoz. A jobbágyok száma a 42 helységben elérte az 1500 főt.Vonyó, 2000, 71. o. Más számítások szerint csak Siklóson 1310-en lakhattak.Vonyó, 2000, 73. o. Az 1490-es években Siklósról, mint pénzváltóhelyről írnak, vagyis más országokból is érkeztek kereskedők. A város lakossága ekkoriban többségében magyar, kisebb részben szláv volt.
A Garai család 1481-ben, Garai Jób halálával kihalt, s az uralkodóra visszaszálló siklósi uradalmat Hunyadi Mátyás fiának, Corvin János szlavón bánnak adományozta. Ám ő 1494-ben bajnai Both Andrásnak és testvérének 18.000 aranyforintért eladta a várat.Vonyó, 2000, 65. o. Két oklevél maradt fönn erről az átadásról. Mindkettő szerint adósság miatt történt meg az adás-vétel. Ezt a birtokcserét 1495. május 30-án a Pécsett tartózkodó II. Ulászló magyar király is megerősítette. Bajnai Both András ezután Siklóson alakította ki uradalmának központját.