Az Abaligeti-barlang a Mecsek hegység leghosszabb, patakos barlangja. A barlang és egyhektáros felszíni területe 1982 óta Magyarország fokozottan védett természeti értékei közül az egyik. A Duna–Dráva Nemzeti Park Igazgatóság kezelésében áll. Kiépített főága kb. 466 m hosszúságban a kirándulók számára szakvezetéssel látogatható.
Leírása Abaligeten, a Mecsek hegység ÉNy-i részén található Bodó-hegy oldalában helyezkedik el a barlang, amely triász anisusi szürke mészkőben alakult ki. A bejárat 219 m tengerszint feletti magasságban található. A Nyugati 2. számú oldalág végének befoglaló kőzete konglomerátum. Vízgyűjtőterületének jelentős része a jakab-hegyi antiklinális homokkövén helyezkedik el. Az Abaligeti-barlang idegenforgalom számára nem megnyitott részei a Duna–Dráva Nemzeti Park Igazgatóság engedélyével tekinthetők meg.
A barlang bejárati, 25–30 m hosszú része (a szelvény tágítása ellenére) nagyon alacsony, ezért az csak meghajolva járható. A barlangbejárattól kb. 40 m-re van a Keleti oldalág, ami valószínűleg egy ősi forrásjárat, bejárata. 77 m-re a magasan elhelyezkedő Kőhíd figyelhető meg, amely a patak régi szintjét jelzi. A Kőhíd bal sarkában egy sisak alakú cseppkőképződmény, a Korona látható, melynek letördelték alsó részeit. Tovább, kb. 18 m-re a Pisai ferdetorony vakkürtője nyúlik 15 m magasra. A bejárattól 160 m-re, a főjáratban fent lévő Flórián szobra nevű képződménnyel szemben táplálja a patakot a Flórián-kút vize. Itt van a barlang egyik legtágabb terme, ahol asztmás betegek gyógykúrája történik. Tovább haladva a nagyon kanyargó folyosóban egy tekintélyes nagyságú, sérült cseppkőképződmény, az Elefántfej vonja magára a látogatók figyelmét. Füléből és ormányából nagy darabok hiányoznak. A kanyarban a mennyezetről leesett több tonnás sziklatömb (Kriptafedő), egy szűk rész után a falból kiugró sziklapárkányok (Hajóágyúk vagy Krokodilusok), néhány méterrel odébb, a szűkülő járatban pedig egy beékelődött sziklatömb (Lebegőkő vagy más néven Hűtlenség sziklája) figyelhetők meg.
A bejárattól kb. 300 m-re van a Karthágó romjai kőtömbcsoport, amely hatalmas, egymásra zuhant kőtömbökből áll. Itt kezdődik a barlang Nyugati 1. oldalága. Tovább haladva a 25 m magas Kürtő vehető észre, amely megközelíti a felszínt. A Kürtőn át nagy esőzésekkor víz zúdul a barlangba a kürtő felett található dolinából. Az alig 30 m-rel odébb lévő Könyvtárban megint megfigyelhetők hatalmas, mennyezetről levált, majd egymásra zuhant kőlapok (könyvek). Kölesi Vince ezen a helyen lapos kőtáblákból emberkéz által rakott lépcsőket talált, amik még az 1900-as évek elején is megvoltak, de napjainkra (valószínűleg az 1950-es években történt kiépítéskor) eltűntek. A barlang Nyugati 2. oldalágának torkolata itt nyílik.
Tovább haladva, a bal oldali falon cseppkőkéreg (Niagara-vízesés), majd a főág végpontján a barlang egyik legnagyobb terme (Nagy Dóm) helyezkedik el. Formáját omlások, felszakadások alakították ki. A barlang főágának eredeti, szifonos vége (466 m) a jobbra nyíló Pokol torka után kb. 40 m-re fekszik. A barlangi patak vize innen bukkan elő. A Nagy Dómból karcsú, rozsdaálló acélból készült lépcső vezet fel a 18 m-rel magasabban húzódó, 1954-ben felfedezett Nagy-terembe. A terem egyik végén egy hatalmas, 30 m³-es leszakadt kőtömb emelkedik, másik végén pedig a barlang cseppkövekben leggazdagabb (szép cseppkő-bekérgeződések, függőcseppkövek és állócseppkövek) része van. A vendégek idáig jutnak el a túrán, majd a bemutatott útvonalon térnek vissza a felszínre.
Az Abaligeti-barlang élővilágának átfogó felmérését Gebhardt Antal végezte el, aki 1934-ben szisztematikus gyűjtőmunka eredményeként 190 állatfajt írt le a barlangban, köztük bogarakat, pókokat, aprófutonc féléket és a patak vizében egyedülálló vakbolharák fajokat, például a róla elnevezett Niphargus forelli gebhardtit és vak víziászkákat. A barlang jelentős téli denevérpihenőhely. A kutatók 19 olyan denevérfajt figyeltek meg, amelyek csak barlangban telelnek, vagy szaporodnak. Ezek közül időnként a nagy patkósdenevérek és kis patkósdenevérek a kiépített szakaszokon is láthatók. A nagyobb testű emlősök közül a nagy pele nyomait rendszeresen látni a barlang belső részein és nemrég egy vidra család is a barlangba költözött a szomszédos horgásztóból.
1921-ben volt először Abaligeti-barlangnak nevezve a barlang az irodalmában. Előfordul az Abaligeti-barlang az irodalmában A1 (Szabó Pál 1961), Abaliget Cave (Kordos 1977), Abaligeti barlang (Kadić 1922–1925), Abaligeti-cseppkőbarlang (Barbie 1936), Abaligeti cseppkőbarlang (Szeghalmy 1937), Akácos-víznyelő (Havasi, Székely, Salamon 2003), Nagy Paplika (Bertalan 1976), Nagypaplika (Kaán 1931) és Paplika (Polgárdy 1941) neveken is.
Kutatástörténet 1896-ig
A Honművész 1833. október 6-i számában az van írva, hogy Pécstől Ny-ra, három órára, Abaliget szomszédságában található a híres abaligeti cseppkőbarlang, melyhez 3 öl széles és 20 öl hosszú előterem vezet. Felületét jéghideg, kb. 2,5 láb mélységű folyó víz borítja be. Az 500 öl hosszú barlang barnásfekete márványból áll. A barlangban föld alatt lévő, magas utak, tág termek, rémisztő örvények, melyekbe hangosan rohannak a patakok, és magas tornyokként felmeredő sziklahasábok vannak.
A Hölbling Miksa által írt és 1845-ben kiadott, Baranya vármegyének orvosi helyirata című könyv szerint Baranya vármegye legnevezetesebb barlangja az abaligeti barlang, mely a mecseki hegylánc É-i oldalában, Pécstől 1⅔ mérföldre található. A barlang 500 öl hosszú. Kölesy Vince Károly a Tudományos Gyűjteményben ismertette részletesen. Különös az, hogy a mánfai barlangból és az abaligeti barlangból is sebes patak tör elő. A Fényes Elek által írt, 1851-ben megjelent, Magyarország geographiai szótára című műben az olvasható, hogy Abaliget a barlangja miatt nevezetes. A barlangból friss víz folyik ki. A barlangot 45 perc alatt lehet végigjárni. A barlang végén egy ismeretlen méretű tó van. A kősziklából álló barlangnak paplyuk a neve. A Hunfalvy János által írt, 1863-ban napvilágot látott, Magyarország és Erdély eredeti képekben című könyvben meg van említve, hogy Mánfa és Abaliget határában érdekes cseppkőbarlangok vannak.
bélyegkép|400px|balra|Az Abaligeti-barlang 1925-ben publikált, 1:10.000 méretarányú hosszmetszet térképe (a térképet Bokor Elemér készítette)
A Hazánk s a Külföld 1866. évi évfolyamában szó van arról, hogy Abaliget egyik nevezetessége a pap lika, vagy pap lyuka (ahogy a nép nevezi), amely egy hatalmas cseppkőbarlang. A barlanghoz gyönyörű hegyoldalon vezet át az út, melynek szépsége feledteti a kirándulás fáradalmait. Nagyon széles a barlang bejárata, amelyből folyamatosan folyik ki a víz. Olyan sok a víz és nagy a sodrása, hogy a közelben lévő malmot a víz hajtja. A barlangbejárat előtt célszerű a fáklyákat meggyújtani, majd az égő fáklyákkal elkezdhető a barlang megtekintése. A barlangot egy pap fedezte fel, aki hűvös helyet keresett élelme tárolásához. Ezért lett a barlangnak pap lika a neve. Nagyon sokáig csak a 20 öl hosszú és 3 öl széles előtornác, melynek talaját jéghideg víz borítja, volt ismert.
Az előtornác hátsó részét magas sziklafal határolja, amit a víz 1 öl magasságig önt el. A felső keskeny nyíláson át boltozatszerű kis üregbe lehet jutni, melynek egyik oldalán víz tör elő, a másik oldalt pedig megint szikla zárja le. Ha azon a nyíláson, ahonnan a víz előtör, meghajolva átmegy a látogató, akkor be lehet jutni az 500 öl hosszú barlangba. A barlang helyenként templomokéhoz hasonló magasságú, de néhány helyen annyira alacsony, hogy csak meghajolva lehet haladni. Hatalmas sziklák és különleges, állat- és emberalakú cseppkövek merednek felfelé. A fáklyák fénye sok denevért felriaszt. Csak a denevérek hangja zavarja meg a patak zuhogását és a vízcseppek neszét. A barlang közepén van egy hatalmas mélyedés, melybe a habzó patak ömlik. Itt csak kötél segítségével lehet átjutni, majd kissé odébb elérni ennek a nagyszerű barlangnak a végét.
bélyegkép|262px|Az Abaligeti-barlang bejáratának környéke 2021-ben
A be nem fagyó és ki nem száradó patak vize a barlang levegőjét hűvössé és légzéshez alkalmassá teszi. Semmi nyoma növényzetnek. Régen (talán a tatárjáráskor), emberek is laktak a barlangban, amit bizonyít az emberi kéz által készített 14 lépcsőfok, ezeken egy válogatott kövekből épített fal, illetve az itt található (emberi és állati) csontok. A rakott fal hosszú és 5 láb magas. A barlang legnagyobb része szürke márványból áll. A patak forrásánál sok vas-oxid figyelhető meg. A publikációban látható egy Greguss János által, eredeti vázlat alapján készített fekete-fehér rajz, amelyen az Abaligeti-barlang bejárata figyelhető meg.
A Turisták Lapja 1890. évi évfolyamában lévő, Kiss József által írt cikkben az olvasható, hogy Alsó-Magyarországnak egy nagy barlangja van, az abaligeti. Az 500 m hosszú barlang a Mecsek hegység mészkőrétegei alatt, DNy-i irányban húzódik. Az Abaligeti-barlang nem olyan, mint a nagyszerű Postojna-barlang csillogó cseppköveinek remek alakzataival, óriási tánctermével, gyönyörű briliáns oszlopával, magas kálváriájával és templomszerű boltozataival, mert ilyen helyek nincsenek az Abaligeti-barlangban. A látogató mégis elégedetten távozhat a barlang megtekintése után akkor, ha kisebb igénnyel lép át a barlang bejáratán és ha érdeklődik a természet félelmetes, de nagyszerű alkotásaiért. Kiss József a barlang hiányosan ismert történetét Chalupni Jánostól (abaligeti egykori plébános) hallotta. Chalupni János nagyon sokat tett a barlang megtekinthetővé tételéért és megnyitásáért. Fáradhatatlanul, anyagi áldozatot nem kímélve dolgozott, hogy a barlangot olyan állapotba hozza, hogy azt a turisták nehézség és akadály nélkül látogathassák. Az előnyös változás, mely a barlang jelenlegi és régi állapota között megfigyelhető, egyedül Chalupni János maradandó érdeme, akinek neve elválaszthatatlanul összeforrt a barlang történetével.
bélyegkép|262px|balra|Az Abaligeti-barlang bejáratának közelében lévő üdülő
A plébánia történetében először 1768-ban van a barlang említve. Ekkor a Mattenheim József nevű bátor molnár és társai nyakig vízben gázolva hatoltak be a barlang elülső részébe. Kölesy Vince ispán 1819-ben a barlangban emberi és állati csontvázakat fedezett fel, majd ismertette a barlangot a Tudományos Gyűjtemény 1820. évi évfolyamában. Az 1830-as években egy főúr tágította a bejáratot, hogy a barlang hozzáférhetőbb legyen, de ez a barlang szépségének elrontásához vezetett, mert a barlangot nem felügyelte senki, a látogatók pedig a cseppkőképződményeket barbár módon megrongálták és elhordták. Állítólag egy földesúr a kertjének virágágyait a barlangból kivitt cseppkövekkel rakatta körbe. Chalupni János nemrég gyűjtést indított azért, hogy a barlang legszebb részeit meg lehessen nyitni a látogatóknak. Fáradozása sikerrel járt, ezért napjainkban viszonylag kényelmesen járható az egész barlang, melyet korábban helyenként csak négykézláb, vagy mászva, térdig vízben gázolva lehetett megnézni.
A barlangba a belépőjegy személyenként 30 krajcár, egy lámpa 10 krajcár, magnéziumsodrony métere 20 krajcár, a vezetőnek pedig az egyszeri kalauzolásért csoportonként 50 krajcár fizetendő. Fizetni a tanítónál kell. Kiss Józsefék megváltották a belépőjegyüket, majd a barlangi vezetővel együtt elindultak a barlanghoz, amely a kocsmától kb. 8–10 percre található. Az 1,5 m magas, ugyanolyan széles és vasráccsal lezárt barlangbejárat előtt kis kert helyezkedik el, amely rózsabokrokkal és fenyőfákkal van beültetve, illetve pihenőpadokkal van ellátva. A barlangból egy kis patak kristálytiszta vize tör elő. A túravezető egy-egy lámpát adott mindenkinek, majd elindult előre. A tág előcsarnokból keskeny sikátor vezet a cseppkőbarlang első nagy üregébe. Ebből az üregből lett kihordva a legtöbb cseppkő és jelenleg csonka oszlopmaradványok emlékeztetnek szemrehányóan az itt történt vandalizmusra.
bélyegkép|262px|Az Abaligeti-barlang bejáratának környéke 2021-ben