Az Aggteleki Nemzeti Parkot ugyan elsősorban az élettelen természeti értékek védelmére hozták létre, de megalakítása működési területe (az Aggteleki-karszt és a Szalonnai-karszt) élővilágának megismerését is jelentősen elősegítette. Főleg a gerinces fauna, azon belül különösen egyes, ritka madarak és a nagyragadozók védelmére fordítanak jelentős figyelmet.
Halak bélyegkép|jobbra|250px|A kövi csík (Barbatula barbatula) a patakok felső szakaszán fordul elő. bélyegkép|jobbra|250px|A szivárványos pisztráng (Oncorhynchus mykiss) egyike a betelepített halfajoknak
A hegységben és az azt határoló völgyekben idáig több mint negyven halfajt azonosítottak, azaz a Magyarországon ismert halak több mint felét. E fajok közül 13 védett.
1. Főleg a patakok felső szakaszán, a forrásokhoz fordul elő: kövi csík (Barbatula barbatula, Noemacheilus barbatulus vagy Orthrias barbatulus), fenékjáró küllő (Gobio gobio), fürge cselle (Phoxinus phoxinus), sebes pisztráng (Salmo trutta), szivárványos pisztráng (Oncorhynchus mykiss).
A két pisztrángfajt úgy telepítették be a patakokba, és ott elszaporodva erősen visszaszorították az őshonos halfajokat, ezért további telepítésüket nem tartják kívánatosnak.
Csak kora tavasszal, ívás idején keresi fel a forrásrégiót a körszájúak közé tartozó tiszai ingola (Eudontomyzon danfordi)
2. A patakok középső szakaszán helyenként tömegesen él:
fejes domolykó (Leuciscus cephalus) nyúldomolykó (Leuciscus leuciscus)
Ugyancsak a középső folyások lakója: sujtásos küsz (Alburnus bipunctatus, Alburnoides bipunctatus), felpillantó küllő (Gobio uranoscopus) – a Duna vízrendszerbében endemikus faj, petényi márna (magyar márna, Barbus peloponnesius) – értékes ritkaság, de itt gyakori, rózsás márna (Barbus fluviatilis).
A kisebb patakok alsó szakaszain és a Felső-Bódvában él: német bucó (Aspro streber) – a Duna vízrendszerbében endemikus faj, vágó csík (Cobitis taenia) – az iszapos medrű szakaszokon, menyhal (Lota lota) – a 2000-es években tűnt fel, a hideg vizet kedveli.
A Bódva völgyében egykor kiterjedt mocsarak maradványaiban jellemző (de ritka): réti csík (Misgurnus fossilis), kurta baing (Leucaspius delineatus).
A 90-es években különösen intenzívvé vált horgászat és a változatos helyi halfogó módszerek eredményeként teljesen eltűntek a nagy testű (főképp ragadozó) halak: csuka (Esox lucius) fogassüllő (Stizostedion lucioperca) vésettajkú paduc (Chondrostoma nasus)
termetesebb példányai.
Kétéltűek bélyegkép|jobbra|250px|A foltos szalamandra (Salamandra salamandra) az Aggteleki Nemzeti Park címerállata bélyegkép|jobbra|250px|gyepi béka (Rana temporaria) bélyegkép|jobbra|250px|zöld levelibéka (Hyla arborea)
A 16 hazai kétéltűfajból tizenhármat, a 15 hazai hüllőfajból kilencet figyeltek meg.
Farkos kétéltűek
Kétéltű az Aggteleki Nemzeti Park címerállata, a foltos szalamandra (Salamandra salamandra) is. Ez kora tavasztól késő őszig főleg Jósvafőn, a Tengerszem-tó környékén lelhető fel tömegesen. Mellette két gőtefaj említendő
pettyes gőte (Triturus vulgaris), tarajos gőte (Triturus cristatus).
Mindkét gőtefaj az álló, legfeljebb lassan áramló vizeket kedveli; lárváik ősz elejéig a vízben fejlődnek.
Békák
Egyes békák: az úgynevezett zöld békák és az unkafélék (Bombinatoridae), amelyek közül a tájegységen leginkább a sárgahasú unka és a vöröshasú unka hibridje a leggyakrabban előforduló.
nagyon vízigényesek, ezért a téli időszak kivételével többnyire a különböző vizekben találjuk őket.
Más fajok csak tavasszal, a párzás és peterakás idején keresnek maguknak vizet, egyébként leginkább a szárazföldön, bár többnyire nedves, páradús környezetben élnek. Főbb (eltérő rendszertani szintű) csoportjaik:
1. A bajuszos békák (Rana spp.) jellemző fajai: erdei béka (Rana dalmatina), gyepi béka (Rana temporaria), kecskebéka (Rana esculenta), tavi béka (kacagó béka, Rana ridibunda), kis tavibéka (Rana lessonae) rendszeresen megtalálhatók a karszton a különféle zárt lomberdőkben és a melegkedvelő tölgyesekben.
2. A varangyfélék (Bufonidae) gyakran fordulnak elő a falvakban, ahol az éjjeli világítás fényeire gyűlő rovarokra vadásznak.
3. A levelibéka-félék (Hylidae) leggyakoribb faja a zöld levelibéka (Hyla arborea), amely főleg az állóvizek (a tócsáktól a mesterséges tavakig) közelében gyakori.
Hüllők bélyegkép|jobbra|250px|erdei sikló (Elaphe longissima) bélyegkép|jobbra|250px|fürge gyík (Lacerta agilis)
A 15 hazai hüllőfajból a karszton kilencet figyeltek meg.
Kígyók
Szorosan a víz közelében él: vízisikló (Natrix natrix) – inkább tavak mellett, kockás sikló (Natrix tessellata) – inkább patakok mellett.
A víztől távolabb, inkább az erdőben él: rézsikló (Coronella austriaca) erdei sikló (Elaphe longissima, olykor Zamenis longissimus).
A karszton egy viperafaj sem fordul elő.
Gyíkok
Erdőkben, erdei tisztásokon él:
lábatlan gyík (törékeny kuszma, Anguis fragilis).
Gyakorlatilag minden árokparton, kaszált vagy legeltetett, tehát rövid füvű gyepen tömegesen él legközönségesebb hüllőnk, a fürge gyík (Lacerta agilis).
A karsztbokorerdőket és a sziklagyepeket kedveli: fali gyík (Podarcis muralis) zöld gyík (Lacerta viridis) – akár fél méteresre is megnőhet.
Csak a Baradla-tetőről, a Nagyoldalról és a közeli Alsóhegyről ismert az apró, alig 10 cm-re növő magyar gyík (Ablepharus pannonicus).
Madarak bélyegkép|jobbra|250px|A császármadár (Tetrastes bonasia) legnagyobb magyarországi állománya itt él.
A közel 370 magyarországi madárfajból hozzávetőleg kétszázat figyeltek meg a hegységben, illetve a Jósva és a Bódva völgyében. Ezek közül mintegy 130 faj fészkelése legalábbis erősen valószínű. Egyebek közt itt él Magyarország legnagyobb és legstabilabb császármadár (Bonasa bonasia vagy Tetrastes bonasia) állománya (mintegy 50–60 pár). A hegység legjelentősebb madárritkasága a parlagi sas (Aquila heliaca).
A nyírfajd (Tetrao tetrix vagy Lyrurus tetrix) az 1940-es, években költött itt utoljára.
Vizes, nedves élőhelyek madarai bélyegkép|jobbra|250px|A vízirigó (Cinclus cinclus) az Aggteleki-karszt patakpartjainak egyik ritka lakója.
A fokozottan védett vízirigó (Cinclus cinclus, kevesebb mint tíz fészkelő pár) a bővizű patakok felső folyásain, a meder fenekéről csipegeti táplálékát (főként felemáslábú rákokat és tegzeslárvákat).
Hasonló, zárt patakvölgyekben él a hegyi billegető – (Motacilla cinerea) mintegy tizenöt párnyi állománya stabilnak tűnik.
A Jósva alsó folyása, valamint a Bódva leszakadó partfalaiban költ néhány pár jégmadár (Alcedo atthis). Tavasszal és ősz elején számos rokonuk vonul át a területen; néhány Jósvafőn, a Tengerszem-tó mellett telel át.
Főként a nádas, gyékényes tavakon, elvétve a folyóvizek mellett költ: tőkés réce (vadkacsa, Anas platyrhynchos), szárcsa (Fulica atra), vízityúk (Gallinula chloropus), kis vöcsök (Tachybaptus ruficollis).
A vízhez közeli növénytársulásokban, leggyakrabban a folyó fölé hajló fűzfaágak végére, a nyárfa terméséből építi gömb alakú fészkét a függőcinege (Remiz pendulinus).
Valószínűleg a Bódva kavicszátonyain fészkel a billegetőcankó (Actitis hypoleucos).
Elsősorban a nagy patakvölgyek bokortársulásaiban él a berki tücsökmadár (Locustella fluviatilis), aminek helyét a szárazodás, a növényzet átalakulása miatt egyre inkább a réti tücsökmadár (Locustella naevia) veszi át.
Bükkösök madarai bélyegkép|jobbra|250px|A barátcinege (Parus palustris) a bükkösök egyik jellemző madárfaja.
A korosabb bükkösökben fészkel: fehérhátú fakopáncs (Dendrocopos leucotos) – fokozottan védett, alig néhány pár, szürke küllő (hamvas küllő, Picus canus), kék galamb (Columba oenas), kis légykapó (Ficedula parva), örvös légykapó (Ficedula albicollis), hegyi fakusz (hosszúkarmú fakusz, Certhia familiaris),
Bükkösökben és fenyvesekben egyaránt előfordul:
kormosfejű cinege (Parus montanus), barátcinege (Parus palustris) – e két faj hibridizálódik is.
Fenyvesek madarai bélyegkép|jobbra|250px|A keresztcsőrű (Loxia curvirostra) fenyvesekben él.
A fenyveseket (főleg feketefenyőt) az 1960-as években telepítették a meredek déli oldalak sziklás, bokorerdős részeire. Ez az intézkedés erdészeti szempontból hibásnak bizonyult, de a fenyvesek számos madárfajnak nyújtanak kiváló fészkelési lehetőséget.
Énekesmadarak:
keresztcsőrű (Loxia curvirostra), búbos cinege (Parus cristatus), fenyvescinege (Parus ater), királyka (Regulus regulus) – Európa egyik legkisebb madara. Rokona, a tüzesfejű királyka (Regulus ignicapillus vagy Regulus ignicapilla) leginkább csak átvonulóban fordul elő.
A ragadozó madarak közül főleg a fenyvesekben fészkel: karvaly (Accipiter nisus) – mintegy 10–15 pár, parlagi sas (Aquila heliaca), kígyászölyv (Circaëtus gallicus).
A kígyászölyvhöz hasonlóan főleg ürgével táplálkozik a kerecsensólyom (Falco cherrug), ez azonban az 1980-as években költött utoljára a karszton. A kuvik (Athene noctua) csak a karszt felvidéki részén költ; a határ magyar oldalán csak télen bukkan fel.
A fenyvesek bokros tisztásain és a völgyekben költ:
szürkebegy (Prunella collaris), süvöltő (Pyrrhula pyrrhula), főleg télen gyakori.
Itt telelő faj a fenyőszajkó (Nucifraga caryocatactes), ami 1993/94 őszén, telén jelent meg először tömegesen.
Átmeneti (gyertyános-bükkös, gyertyános-tölgyes) erdők madarai bélyegkép|jobbra|250px|Az uráli bagoly (Strix uralensis) legnagyobb magyarországi populációja a karszt átmeneti erdeiben honos.
fekete fakopáncs (nagy fakopáncs, Dendrocopus major), héja (Accipiter gentilis) – 15–22 pár, uráli bagoly (Strix uralensis) – 1–12 pár, macskabagoly (Strix aluco), holló (Corvus corax) – 12–18 pár, egerészölyv (Buteo buteo) – 120–150 pár.
A legnagyobb hazai bagolyféle, az uhu az 1980-as években tűnt el a karszt magyarországi részéről, de mivel a szlovák részen örvendetesen szaporodik, várható, hogy hozzánk is visszatér.
A tölgyesek (melegkedvelő tölgyes, cseres-tölgyes) madarai bélyegkép|jobbra|250px|A tölgyesek egyik jellegzetes madárfaja a meggyvágó (Coccothraustes coccothraustes).
Az erdőtársulások közül a tölgyesek madárvilága a leggazdagabb, és ez főleg az énekesmadaraknak:
csilpcsalpfüzike (Phylloscopus collybita), sisegő füzike (Phylloscopus sibilatrix), vörösbegy (Erithacus rubecula), barátka (Sylvia atricapilla), kis poszáta (Sylvia curruca), zöldike (Carduelis chloris), erdei pinty (Fringilla coelebs), meggyvágó (Coccothraustes coccothraustes),
köszönhető.
A nagy testű madarak közül főleg a tölgyesekben fészkel:
darázsölyv (Pernis apivorus) – 20–25 pár, békászó sas (Aquila pomarina), fekete gólya (Ciconia nigra),
Magyarország utolsó fajdféléje a császármadár (Bonasa bonasia vagy Tetrastes bonasia). Ennek legnagyobb és legstabilabb állománya (mintegy 50–60 pár) leginkább a dús cserjeszintű tölgyesekben fészkel, de nem annyira az erdő típusához, mint inkább annak változatosságához ragaszkodik. Földön fészkelő madár lévén felszaporodását főleg a vaddisznók gátolják. A 20. század elején még a nyírfajd is élt errefelé, de az 1940-es években kipusztult.
Erdőszéli bokortársulások madarai bélyegkép|jobbra|250px|A gyönyörű hangú fülemüle (Luscinia magarhynchos) az erdőszéli bokortársulások madara.
A nagyobb gyepes tisztásokat is tartalmazó erdőszéli bokortársulásokban nemcsak az erdőben élő énekesmadarakat találjuk meg, de ezekhez további fajok is csatlakoznak:
kerti poszáta (Sylvia hortensis), mezei poszáta (Sylvia communis), karvalyposzáta (Sylvia nisoria), cigánycsuk (Saxicola torquata), rozsdás csuk (Saxicola rubetra) – csak a nedvesebb gyepterületeken, fekete rigó (Turdus merula), énekes rigó (Turdus philomelos), léprigó (Turdus viscivorus), fenyőrigó (Turdus pilaris) – csak télen de akkor nagy csapatokban, csonttollú (Bombycilla garrulus) – gyakran a fenyőrigóval együtt, fülemüle (Luscinia magarhynchos), nagy fülemüle (Luscinia luscinia) – nem költ, csak átvonul,
Karsztbokorerdők madarai