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La terza stagione della serie televisiva Heroes è stata trasmessa negli Stati Uniti dalla NBC dal 22 settembre 2008 al 27 aprile 2009 ed è composta da 25 episodi, suddivisi in 2 volumi: i primi 13 episodi compongono il terzo volume della serie, intitolato Criminali (Villains nella versione originale); gli ultimi 12 episodi compongono il IV volume della serie, intitolato Fuggitivi (in origine Fugitives).

Per promuovere la terza stagione, la NBC ha organizzato un evento speciale a Los Angeles esattamente un'ora prima della messa in onda del primo episodio. Nello speciale conto alla rovescia di un'ora erano presenti tutti i principali personaggi della serie, sono state mostrate immagini in anteprima della terza stagione ed è stato fatto un riassunto delle precedenti stagioni.

In Italia, la terza stagione è stata trasmessa in prima visione assoluta dal 1º maggio 2009 al 21 agosto 2009, ogni venerdì alle ore 21:00, su Steel, canale pay della piattaforma Mediaset Premium.

La versione DVD è uscita negli Stati Uniti il 1º settembre 2009 e in Europa il 12 ottobre 2009. In Italia è uscito il 17 novembre 2010.

Gli antagonisti principali della stagione sono Arthur Petrelli, Knox, Flint Gordon, Nathan Petrelli, Emile Danko e Sylar.

nº Titolo originale Titolo italiano Prima TV USA Prima TV Italia 1 The Second Coming Il secondo avvento 22 settembre 2008 1º maggio 2009 2 The Butterfly Effect L'effetto farfalla 22 settembre 2008 8 maggio 2009 3 One of Us, One of Them Uno di noi, uno di loro 29 settembre 2008 15 maggio 2009 4 I Am Become Death Io sono diventato la morte 6 ottobre 2008 22 maggio 2009 5 Angels and Monsters Angeli e mostri 13 ottobre 2008 29 maggio 2009 6 Dying of the Light Luce morente 20 ottobre 2008 5 giugno 2009 7 Eris Quod sum Sarai ciò che sono 27 ottobre 2008 12 giugno 2009 8 Villains Criminali 10 novembre 2008 19 giugno 2009 9 It's Coming Sta arrivando 17 novembre 2008 26 giugno 2009 10 The Eclipse - Part 1 L'eclissi - Parte 1 24 novembre 2008 3 luglio 2009 11 The Eclipse - Part 2 L'eclissi - Parte 2 1º dicembre 2008 10 luglio 2009 12 Our Father Nostro padre 8 dicembre 2008 13 Dual Dualità 15 dicembre 2008 17 luglio 2009 14 A Clear and Present Danger Fuggitivi 2 febbraio 2009 15 Trust and Blood Fiducia e sangue 9 febbraio 2009 24 luglio 2009 16 Building 26 Edificio 26 16 febbraio 2009 17 Cold Wars Guerre fredde 23 febbraio 2009 31 luglio 2009 18 Exposed Smascherato 2 marzo 2009 19 Shades of Gray Vite incrociate 9 marzo 2009 7 agosto 2009 20 Cold Snap Tormenta 23 marzo 2009 21 Into Asylum Nel rifugio 30 marzo 2009 14 agosto 2009 22 Turn and Face the Strange A viso aperto 6 aprile 2009 23 1961 1961 13 aprile 2009 21 agosto 2009 24 I am Sylar Sono Sylar 20 aprile 2009 25 An Invisible Thread Il filo invisibile 27 aprile 2009

Il secondo avvento Titolo originale: The Second Coming Diretto da: Allan Arkush Scritto da: Tim Kring

Trama Quattro anni nel futuro Peter, con la cicatrice in volto, arriva in un rifugio e Claire lo minaccia con una pistola: il ragazzo tenta di convincere la nipote a non ucciderlo ma la ragazza spara comunque; Peter ferma quindi il tempo salvandosi, per poi tornare nel passato e uccidere il fratello prima che rivelasse i suoi poteri durante la conferenza stampa, così da evitare il catastrofico futuro dal quale proviene, riuscendo poi a sfuggire sia a Matt che alla sua controparte del presente. Nathan viene dichiarato morto all'ospedale ma subito dopo si risveglia mentre Hiro, succeduto al padre nella direzione dell'impresa di famiglia, riceve un DVD registrato dal genitore. Sylar raggiunge a casa sua Claire mentre Mohinder capisce che è l'adrenalina a scatenare i poteri dei soggetti che ne sono dotati. Hiro guarda il video lasciatogli da Kaito e scopre, nella cassaforte del genitore, una parte di una formula chimica che Kaito gli dice di custodire con la vita: non appena Hiro la prende in mano, tuttavia, essa gli viene rubata da una ragazza dotata della super-velocità. Il Peter del futuro, trasformandosi in quello del presente, fa sparire Matt, che lo aveva scoperto, per poi tentare di uccidere di nuovo Nathan, che ha raggiunto una chiesa e non ha più intenzione di rivelare il suo segreto. Mohinder scopre che le secrezioni surrenali dei soggetti con poteri possono dotare di abilità speciali chiunque vi entri in contatto mentre Sylar, dopo aver messo le mani su alcuni fascicoli di Noah, ottiene il potere di Claire; analizzato il suo cervello e acquisita la sua facoltà rigenerativa, Sylar le permette di curarsi, dicendole che, anche volendo, non può ucciderla, perché il suo cervello è diverso da quello di tutti gli altri. Non appena Peter lascia la sua stanza, Nathan viene avvicinato da Linderman, autore della sua guarigione prodigiosa, mentre Tracy, una donna identica a Niki, vede in televisione le dichiarazioni dell'ex deputato. Matt si risveglia nel deserto mentre Hiro, per capire se la formula rappresenta davvero un pericolo, viaggia nel futuro, vedendo Ando che sconfigge la sua controparte grazie a dei poteri e decidendo, una volta tornato nel presente, di ritrovare la formula. Mohinder si inietta il siero e sviene mentre Angela riconosce il Peter del futuro dicendogli che col suo operato ha vanificato tutto il loro operato. Un prigioniero dell'Impresa, vicino di cella di Noah, grida disperato di essere Peter Petrelli, mentre Mohinder si risveglia e sembra aver acquisito una forza sovrumana, vedendo poi in un edificio lo stesso disegno che scorge Matt su una roccia nel deserto.

Altri interpreti: Malcolm McDowell (Daniel Linderman), Brea Grant (Daphne Millbrook), Bruce Boxleitner (Governatore Robert Malden), Francis Capra (Jesse Murphy). Curiosità: Angela Petrelli rivela, parlando con il Peter del futuro, che il suo potere è sognare eventi futuri e che questo è il primo potere mai copiato da Peter.

L'effetto farfalla Titolo originale: The Butterfly Effect Diretto da: Greg Beeman Scritto da: Tim Kring

Trama Claire, parlando con la madre dell'attacco di Sylar, scopre che non prova più nemmeno dolore per le ferite riportate mentre Angela sogna la morte di Peter e gli altri per mano di Adam, Niki, Maury e un altro soggetto; la donna si reca quindi dal Peter del futuro parlandogli del pericolo in cui si trova Claire. Maya va a trovare Mohinder: questi le mostra i poteri che ha sviluppato grazie al siero e i due dopo hanno un rapporto sessuale. Matt continua a vagare nel deserto mentre Bob ed Elle continuano a monitorare Sylar. Hiro ed Ando, grazie ai detective privati assoldati dal primo, scoprono che la ragazza che ha rubato la formula si chiama Daphne Willbrook e vive a Parigi mentre la donna identica a Niki, Tracy Strauss, convince il governatore Malden a nominare Nathan senatore per poi venire raggiunta da un giornalista che le mostra le foto del sito di Niki. Il Peter del futuro raggiunge Claire: la ragazza gli racconta che Sylar ha copiato il suo potere ma il ragazzo le dice di non poterla aiutare. Tracy raggiunge Nathan: questi inizialmente la scambia per Niki, ma la donna, dopo avergli detto chi è, gli consegna l'offerta del governatore, per poi cacciare Linderman, che lo spinge ad accettare. Elle scopre il cadavere del padre e, vedendolo privo del cervello, capisce che Sylar è arrivato; la ragazza libera quindi Noah, ma il killer li attacca: Elle, grazie al suo potere, riesce a fermarlo, ma i detenuti dell'Impresa, tra cui il ragazzo che dice di essere Peter, riescono a fuggire. Hiro, nell'appartamento di Daphne, rivela ad Ando il comportamento del suo alter ego del futuro ed escogita un piano per fermarla mentre il Peter del futuro rivela tutto al fratello; questi telefona a Tracy, dicendole che accetta a patto che lei entri nel suo staff, la quale subito dopo uccide inavvertitamente il giornalista che voleva pubblicare le foto di Niki congelandolo. Angela arriva all'Impresa dicendo ad Elle di essere la sostituta di suo padre a capo dell'organizzazione per poi silurarla, mentre Hiro e Ando, dopo non essere riusciti ad impedire che Daphne fuggisse di nuovo con la formula, la trovano mentre cerca l'altra metà della stessa in Germania. Mohinder scopre degli strani effetti collaterali mentre Matt incontra un uomo, che gli dice che si trova in Africa e che ha dipinto lui la roccia che ha visto, e inoltre che il poliziotto è lì per compiere il suo "cammino dello spirito". Nathan scopre che solo lui può vedere Linderman, mentre Noah mostra a Claire gli evasi dall'Impresa; la ragazza si offre quindi di aiutarlo a ricatturarli, ma Noah affida lei e la sua famiglia a Meredith, la madre naturale di Claire. Il Peter del futuro arriva all'Impresa e rivela alla madre che il Peter del presente è intrappolato dentro uno degli evasi; la donna successivamente libera Sylar, dicendogli di essere sua madre.

Altri interpreti: William Katt (giornalista), Ntare Mwine (Usutu), Jessalyn Gilsig (Meredith Gordon), Jaime Hector (Knox), Ken Lally (Il Tedesco), Blake Shields (Flint Gordon). Curiosità: L'espressione "effetto farfalla" deriva da un racconto dello scrittore Ray Bradbury dal titolo Rumore di tuono, pubblicato nel 1952. Nel racconto si immagina che nel futuro, grazie ad una macchina del tempo, vengano organizzati dei safari temporali per turisti. È inoltre il titolo di un film con protagonista Ashton Kutcher, che era capace di viaggiare nel tempo e modificare gli eventi.

Uno di noi, uno di loro Titolo originale: One of Us, One of Them Diretto da: Sergio Mimica-Gezzan Scritto da: Joe Pokaski

Trama Angela rivela a Sylar di essere sua madre e di averlo dato in adozione per poi liberarlo, mentre Nathan comunica al Peter del futuro il messaggio lasciatogli dal Peter del presente la sera prima. Questi, assieme agli altri evasi, compie una rapina in banca mentre Noah, tornato all'Impresa, dice ad Angela che rimarrà solo fino a che non avrà ricatturato tutti gli evasi, per poi scoprire che il suo partner è Sylar. Hiro e Ando raggiungono Daphne a Berlino prima che questa ottenga la seconda metà della formula: i due scoprono che i loro poteri non funzionano, e i due giapponesi vedono l'Haitiano con una valigetta in mano. Meredith propone a Claire di insegnarle a combattere e la ragazza accetta, mentre Tracy decide di andare a New Orleans per scoprire qualcosa su Niki. Knox uccide il Tedesco mentre Matt scopre che l'uomo che lo ha trovato ha un potere non molto diverso da quello di Isaac. Angela incarica Noah e Sylar di recuperare i fuggitivi, Peter compreso, mentre Hiro e Ando seguono l'Haitiano. Knox scopre che Jesse è in realtà Peter mentre Tracy, arrivata a New Orleans, trova Micah e, grazie ai poteri di questi, scopre il nome del medico che fece nascere lei e Niki. Hiro e Ando riescono a recuperare la formula dall'Haitiano: Daphne ne approfitta grazie ai suoi poteri, per poi andarsene prima che l'uomo fermi anche lei dopo i due giapponesi. Noah riesce a far liberare gli ostaggi mentre Peter, usando il potere di Jesse, sconfigge Flint e Knox: in quel momento appare la sua controparte del futuro, che lo libera dal corpo di Jesse e lo porta nel futuro. Sylar salva Noah da Knox e Jesse mentre l'uomo uccide Flint; il killer, poi, uccide Jesse ottenendone il potere mentre Knox riesce a scappare. Tracy arriva dal dottor Zimmerman, che dice di averla creata lui, mentre Matt cade nello stesso stato di trance di Isaac e dell'uomo africano. Noah, all'Impresa, incarcera Hiro, Ando e Flint, dicendo poi all'Haitiano che, una volta scoperto il suo punto debole, ucciderà Sylar.

Altri interpreti: Ronald Guttman (Dott. Jonas Zimmerman). Curiosità: la donna che consegna la formula all'Haitiano è Olga Sosnovska, nella vita reale moglie di Sendhil Ramamurthy, interprete di Mohinder.

Io sono diventato la morte Titolo originale: I Am Become Death Diretto da: Adam Kane Scritto da: Aron Eli Coleite

Trama