対馬（つしま、）または対馬島（つしまじま）は、日本の九州の北方の玄界灘にある、長崎県（ながさきけん）に属する島で、島全域が対馬市の1島1市体制である。面積は日本第10位で国立天文台編『平成19年 理科年表』p.565 、島内人口は2万5367人（2025年8月1日現在）。
概説 thumb|220px|歌川広重『六十余州名所図会 対馬 海岸 夕晴』／安政2年（1856年）の作。 主島は対馬島（つしまじま）で、このほか属島として5つの有人島（海栗島、泊島、赤島、沖ノ島、島山島）と102の無人島がある長崎県離島振興計画 長崎県、2018年7月22日閲覧。。この対馬島と属島をまとめて一般的な表現として「対馬」と呼ぶことが多い。古くは対馬国（つしまのくに）や対州（たいしゅう）、また『日本書紀』において、対馬島（つしま。3文字合わせてこう読むのが書紀古訓での伝統）と記述されていた。
地理的に朝鮮半島に近いため、古くからユーラシア大陸と日本列島の文物が往来し、日本にとっては大陸との文化的・経済的交流の窓口の役割を果たしてきた。現在は大韓民国（韓国）からの観光客が増加しており、日本の海釣りの名所として知られ、島内の至る所にハングルが併記された標識や案内を見ることができる。なお、韓国における対馬の呼称は、日本語読みに準じた「」と、朝鮮語読みである「(漢字:)」の2種類が存在する（後述）。
対ロシア帝国、対ソビエト連邦の防衛上の重要拠点であり、冷戦時代はソ連軍の軍用機や潜水艦が頻繁に出没していた。
地政学的にはチョークポイントにあたるところから、古代から国境の島として、対外交流の窓口にあたる役割を果たす地として、外交上からも重視された。江戸時代には対外交流の窓口として朝鮮通信使を迎え、将軍のいる江戸まで護行するのが対馬藩の役目でもあった。
明治時代から、大日本帝国陸軍は対馬警備隊・対馬要塞を置き、戦後は1956年から航空自衛隊の海栗島分屯基地が設けられ、1961年から陸上自衛隊の対馬駐屯地も置かれ、対馬警備隊へと発展している。また、明治時代には大日本帝国海軍の施設も置かれたことがあり、現在は海上自衛隊の対馬防備隊が置かれている。もちろん陸上自衛隊も駐屯して、市民との交流や災害派遣などにも備えており、航空自衛隊の施設もある。
地理概況 thumb|対馬の位置と衛星画像 thumb|釜山の冬柏から望む対馬 日本海の西の入り口に位置する対馬島は、九州本土から玄界灘と対馬海峡東水道（狭義の対馬海峡）をはさんで約132キロメートル、朝鮮半島へは対馬海峡西水道（朝鮮海峡）をはさんで約49.5キロメートルの距離にある。形状は、南北に82キロメートル、東西に18キロメートルと細長く、面積は約700km2で、日本の島では第10位の広さである。
対馬全島の人口は、1960年の6万9556人をピークとして減少し、1980年には5万0810人、2025年には2万6579人まで減少した。世帯数は1万4481世帯で、1980年からあまり減少していない。島に若者が働ける仕事先が少なく核家族化と高齢化が進んでいる。
行政は長崎県に属しているが、人びとの日常生活のうえでは航空機やフェリーの直行便数が多い福岡県との結びつきが深い『民力 2004』p.159。
対馬は、南北に細長い形状の対馬島と、100を超える小島から形成される。主島の面積は695.74km2であり、すべての島を合わせた面積は、707.42km2である。有人島は、主島、泊島、赤島、沖ノ島、島山島、海栗島の6島である。このうち海栗島を除く5島は橋梁または埋め立てにより結ばれている。
+対馬を構成する有人島・無人島(面積0.1 km2以上)一覧国勢調査人口は、各国勢調査の小地域集計、並びに以下の資料による(2015年の赤島、沖ノ島の国勢調査人口は小地域集計を元に離島統計年報記載の数字を修正): 日本離島センター, 『2022離島統計年報』CD-ROM版, 2024. 日本離島センター, 『2017離島統計年報』CD-ROM版, 2017. 日本離島センター, 『2012離島統計年報』CD-ROM版, 2012. 赤島と泊島は埋め立てにより接続しており、個々の面積、海岸延長は埋め立てる前のもののため、合計は一致せず。 島名 よみ 国調人口(2020年)国調人口(2015年)国調人口(2010年)面積(km2)海岸延長(km)対馬(島)つしま(じま)28,37431,30134,230695.74880.3 (対馬)上島(つしま)かみのしま12,15913,53115,233441.01599.0 (対馬)下島(つしま)しものしま15,48817,01118,144247.01253.2 大船越島おおふなこしじま7277598537.7228.2島山島しまやましま2531304.7046.9沖ノ島おきのしま1818212.6223.3黒島くろしま0000.878.6赤島・泊島あかしま・とまりじま3443560.627.8 赤島あかしま2534460.516.6 泊島とまりじま99100.111.4黒崎島くろさきじま0000.264.7大干切島おおひぎれじま0000.193.3内院島ないんじま0000.142.8海栗島うにじま5164700.142.8榎島・中ノ島えのきしま・なかのしま0000.142.8志々加小島ししかこじま0000.112.3対馬(属島を含む)つしま28,50231,45734,407707.42934.2 地形・地勢 thumb|浅茅湾、大千切島付近の空中写真。（1977年撮影）谷が沈降してできた入り江である溺れ谷の様子が分かる。 東海岸の一部と下島の西海岸の一部を除くほぼ全域でリアス式海岸が発達し、海岸線の総延長は915キロメートルにもおよぶ。特に主島の中央には西から大きく切り込んだ浅茅湾（あそうわん）があり、東からも三浦湾、大漁湾（おろしかわん）などが切れ込んで、多島海を形成している。また、浅茅湾の自然海岸線の延長は日本一の長さとして知られる。その他、各地に小さな湾があり、多くは漁港として利用される。断崖絶壁もしばしば見られ、なかには、標高差が100メートルにおよぶものもある。
主島はかつて1つの島だったが、地峡となっていた部分に運河として、1672年（寛文12年）に大船越瀬戸が、1900年（明治33年）に万関瀬戸が開削された。一部に北側を上島(対馬上島)、南側を下島(対馬下島)と呼ぶ人もいるが、国土地理院では「堀切りがあろうと、なかろうと対馬は対馬であり、一つの島と認識している」という見解である。なお対馬でも島の南北を指すときには、古代以来、北を上県（かみあがた）、南を下県（しもあがた）と呼ぶのが通例である。また、大船越瀬戸と万関瀬戸に挟まれる形で形成された第三の人工島については、日本歴史地理学会『大日本地誌大系』において「大船越島」と命名されたが、余り一般的ではない対馬教育会, [ 『対馬島誌 改訂』, 92頁], 1940年.。
全体的に山がちで険しいが、下島の方が標高が高い。下島中央部には最高峰の矢立山（標高648.40m）があり、舞石壇（めいしだん、標高536.32m三等三角点 基準点名:真石、基準点コード: TR35129129001）・龍良山（標高558.38m二等三角点 基準点名:男竜良、基準点コード:TR25129117701）などの矢立山系が内山盆地を囲む。その北東に有明山（標高558.09m一等三角点 基準点名:有明山、基準点コード:TR15129224101）があり、浅茅湾南岸に白嶽（しらたけ、標高518m）がある。上島の最高峰は北部にある御嶽（みたけ、標高479m）である。
島内の分水界は東に偏っていて、主要6河川のうち佐護川・仁田川・三根川・佐須川・瀬川の5河川まで西向きに流れる。東へ流れる最大の川は島内流域面積5位の舟志川である。
各河川の下流部には谷底平野があるものの、耕作に適した平地は少なく、陸上交通も概して不便である。このような地形は人々の生活や歴史に大きな影響を与えてきた。
地質・地史 地質は、大部分が新生代古第三紀に形成された泥質の堆積層で、「対州層」と呼ばれ、北の一部には新第三紀層もみられる。対州層は、主として黒灰色の頁岩や粘板岩から成り、これに砂岩が混じる場合が多く、ところどころに石英斑岩やはんれい岩、花崗岩が貫入する。上島北部の御岳周辺には玄武岩、下島東部に石英斑岩、下島中央部の内山盆地周辺に花崗岩、それを囲む矢立山系には硬いホルンフェルスがそれぞれ分布している。更新世の中頃までは、日本列島と大陸は陸続きであったが、その終末期に海進によって九州と朝鮮半島の間が離れ、対馬は壱岐とともに地塁島（飛び石のようになった島）として取り残された。
海岸地形と海底地形から判断して隆起と沈降とを繰り返して今日にいたったと考えられる。陸地の大部分が低山で占められ、平地は少ないものの、山頂部には平坦面もみられる。山地は隆起準平原によるものと考えられる平凡社『世界大百科事典18』(1988) p.564。北部の御嶽や香ノ木山（標高307m）は準平原上に突出した残丘であり、南部の内山盆地は貫入した花崗岩が浸食を受け窪地になったものと考えられている。
気候 ケッペンの気候区分によると、対馬は温暖湿潤気候（Cfa）に属する。 厳原の気候 年平均気温は16.0℃である。平年値では猛暑日が0.6日、真夏日が31.1日、夏日が100.8日、熱帯夜が20.6日、真冬日が0.2日、冬日が15.3日となっている厳原（平年値）。
年平均降水量は2302.6mmである。
年平均日照時間は1862.8時間である。
極値厳原（観測史上1～10位の値）観測値観測年月日日最高気温36.9℃2018年7月26日日最低気温-8.6℃1895年2月22日 鰐浦の気候 年平均気温は15.8℃である。平年値では猛暑日が0.1日、真夏日が19.5日、夏日が81.7日、熱帯夜が19.6日、真冬日が0.3日、冬日が12.4日となっている鰐浦（平年値）。
年平均降水量は1434.9mmである。
年平均日照時間は2173.5時間である。
極値鰐浦（観測史上1～10位の値）観測値観測年月日日最高気温36.7℃2026年8月2日日最低気温-7.8℃2011年1月16日
生物相 島の面積の約88%を照葉樹などの山林が占める。原始林やスギ、大ソテツなどが国や県によって天然記念物に指定されており、豊かな自然にめぐまれている。本来の植生は広葉樹林であるが、林業によって生まれた針葉樹林も多い。植生は全般的に九州本土に類似するが、九州では山地に多い夏緑樹が低地にも見られる。
動植物とも、大陸系種、対馬固有種、対馬固有亜種および日本本土系種が混在する。九州本土に多くて対馬に全くいない種や、対馬に多く九州本土では少ないという種もあり、独特の生物相を形成している。そのため、対馬から南側の本土方面との間（対馬海峡、「東水道」ともいう）に動物地理区の境界線として「対馬線」が引かれている。一方で、朝鮮半島側との動物相の差異に注目して朝鮮半島との間（朝鮮海峡、「西水道」ともいう）に「朝鮮海峡線」を引く説もある。
2017年（平成29年）2月にはカワウソの姿が対馬に設置された琉球大学のカメラにとらえられ、同年8月に発表された。日本国内で1979年（昭和54年）に高知県で最後にニホンカワウソが目撃されてから38年ぶりとなる。その後、カワウソの種類（ニホンカワウソかユーラシアカワウソか）などの詳細が調査・研究される。2023年5月に環境省九州地方環境事務所が発表した令和4年度までの対馬におけるカワウソの調査結果では、対馬のカワウソのミトコンドリアDNA（mtDNA）ハプロタイプは韓国南部のものと一致していた、とされ、分類学上はユーラシアカワウソ（Lutra Lutra）に包含され、大陸産ユーラシアカワウソ（Lutra lutra lutra）と同系統の可能性が高いと考えられている。
対馬の沿岸部には、所々に小規模なサンゴ礁が分布している。2007年（平成19年）には、対馬のサンゴ礁でもが確認された水と緑のキャンペーン2007 | KBC九州朝日放送。
かつての対馬海峡と壱岐水道には多くのクジラやイルカやウミガメやニホンアシカ（絶滅種）などの海洋生物が見られ、過去には捕鯨も行われていただけでなく、現代でも対馬と壱岐の近海は一帯を回遊するクジラが高速船と衝突する可能性がある海域の一つとして挙げられている。
主な固有種・固有亜種 thumb|対馬にのみ自生するオウゴンオニユリ 300x300px|thumb|対馬を象徴する野生動物ツシマヤマネコ 哺乳類 - ツシマジカ、ツシマテン、クチバテングコウモリ、対州馬（家畜種） 鳥類 - チョウセンエナガ、チョウセンハシブトガラス、ツシマコゲラ（隠岐にも分布） 爬虫類 - ツシマスベトカゲ、ツシママムシ 両生類 - ツシマアカガエル、ツシマサンショウウオ 昆虫類 - ツシマヒメボタル、ツシマメクラチビゴミムシ、ツシマコマルハナバチ 軟体動物 - ツシマナメクジ 植物 - オウゴンオニユリ、ツシマギボウシ、ツシマトウヒレン、ツシマニオイシュンラン、ツシマラン（絶滅？）
主な大陸系種 哺乳類 - コジネズミ、ツシマクロアカコウモリ、ツシマヤマネコ 鳥類 - キタタキ（絶滅）、ミヤマホオジロ（繁殖）、シロハラ（繁殖） 爬虫類 - アムールカナヘビ、アカマダラ 両生類 - チョウセンヤマアカガエル 昆虫類 - ツシマカブリモドキ、アキマドボタル、キンオニクワガタ、チョウセンヒラタクワガタ、ツシママダラテントウ、ハラアカコブカミキリ、チョウセンケナガニイニイ、タイワンモンシロチョウ、ツシマウラボシシジミ 植物 - チョウセンキハギ、チョウセンヤマツツジ、ムジナノカミソリ、ハナナズナ
自然保護と環境行政
対馬は、日本では対馬にしか生息しないユーラシア大陸との共通種が数多く生息しており、これらはかつて大陸と陸続きであったことを物語る貴重な動植物である。また、南方系の動物も生息し、対馬固有の動植物も多い。このため、各地に自然保護区が指定され、自然環境の保護がはかられている。
透明度の高い海は浅茅湾や神崎などで海中公園となっており、昭和43年7月22日には、対馬全島は壱岐島とともに壱岐対馬国定公園に指定された。
ツシマヤマネコなど希少種の保護のため、平成元年11月1日に主島北部の伊奈地区が国指定伊奈鳥獣保護区に指定された。また、洲藻白岳原始林、龍良山原始林、御岳鳥類繁殖地、鰐浦ヒトツバタゴ自生地が、国の天然記念物としてそれぞれ地域指定されている。とりわけ龍良山原始林は、日本有数の原生林として知られる。島の北西には環境省対馬野生生物保護センターが設けられた。
2013年8月29日、絶滅危惧種である「ツシマヤマネコ」が唯一生息する広大な森林地が競売入札に付されていたが、市や裁判所に環境保護団体など全国から購入の申し出が相次ぎ、対馬市は反響の大きさなども含め購入に踏み切った。森林の大きさは東京ドーム55個分に相当し、対馬でこのような広大な森林地が売りに出されるのは初めてで、韓国の業者も関心を示していた。
歴史 先史
旧石器時代に人が、大陸から対馬の陸橋を通過した足跡は発見されていない。現在までに確認された最古の遺跡は、新石器時代に属する縄文文化のもので、この時代はすでに陸橋が切れ、対馬が、島として孤立している。大陸からのナウマンゾウ等の哺乳類の化石も見つかっていない峰町歴史民俗資料館の展示物。
縄文時代の峰町佐賀貝塚や上県町貝塚からは外洋性の魚の骨が出土し、峰町では多くの貝輪（腕に付ける装飾品）の材料が、沖縄の貝（イモガイ、ゴウボラなど奄美群島以南に多く分布する）と北海道産の貝（ユキノカサガイ科ユキノカサ、東北地方以北に多く分布する）を使っていることが確認されている。また、石器の材料は、佐賀県伊万里市腰岳産の黒曜石である。さらに、峰町吉田貝塚からは弥生時代早期（発見当時は縄文時代晩期とされていた）の夜臼式土器や、弥生時代早期の板付I式土器などが出土し、九州地方北部と同じ文化圏に属していたことが判明している。これらの石器・貝輪、土器は、峰町歴史民俗資料館や豊玉町郷土館等で収蔵・展示されている。
北部九州ではこの頃から水稲耕作が始まり、平野が開発されてゆくが、対馬では河川や低平な沖積地に恵まれず、水田を拡大できなかったが、いわゆる『魏志倭人伝』に書かれた「南北市てき」（南北に交易する）によって、九州本土と同一歩調で弥生文化の恩恵に浴するとともに、朝鮮半島あるいは漢・三国時代の中国文明とも先んじて接することができた。イネの収穫具であった石包丁ほか、大陸系磨製石器や青銅器・鉄器などの金属器などの出土も多く、魏志倭人伝にいう「南北市てき」の様態が出土品＝埋蔵文化財からも窺うことができる。平地の乏しい対馬では古代以来の定住地は後世にも村落が形成されたと思われ、住居址などの発掘調査はあまり行われていない。弥生時代前期には、朝鮮半島からの舶載品である有柄式石剣が多く見られる一方、その後、北部九州で製作された中広銅矛・広形銅矛は箱式石棺墓や、その他の遺跡・遺構から数多く出土している岡崎 (2003)。鉄器、青銅器とも、まだ対馬島内での鋳造・鍛造など製作を示す遺跡・遺物は未発見である。
古代 神話 thumb|160px|国産み（「天瓊を以て滄海を探るの図」、小林永濯）淡路、四国、隠岐、九州、壱岐、対馬、佐渡、本州の順で国産みがなされた（大八洲）
『古事記』では最初に生まれた島々（「大八島国」）の1つとして「津島」と記されている伊東ひとみ『地名の謎を解く』新潮社、2017年、10頁。『日本書紀』の国産み神話のなかには「対馬洲」「対馬島」の表記で登場する。
交通の要衝 古くから大陸との交流があり、歴史的には朝鮮半島と倭国・倭人・ヤマトをむすぶ交通の要衝であった。
『魏志』倭人伝正確には『三国志』魏書・東夷伝・倭人条では、「対馬国」は倭の一国として登場する。帯方郡から邪馬台国への経路の途上、「狗邪韓国」（韓国慶尚南道金海）の記述に続いて「一海を渡ること一千余里」の南に位置するとしており、邪馬台国に属した30余国のなかの一国であった。そこには、対馬は、居る処は絶島で、土地は山が険しく、深林が多く、道は獣ののようであり、千余戸の家はあるものの、良田がないので海産物を採集して自活し、船による南北（九州や朝鮮半島の意）の交易によって生活していたと記されている。また、他の倭の諸国同様に、と呼ばれる大官とと呼ばれる副官がいたと記す。
古墳時代初期に築かれた出居塚（でいづか）古墳は前方後方墳で、有茎柳葉式銅鏃、鉄剣（部分）、管玉等が出土している。前方後円墳は、3世紀代にヤマトで生まれた古墳形態であり、出土した有茎柳葉式銅鏃は古式畿内型古墳の典型的出土品であることから、この時代の対馬の首長はヤマト王権と深く結びつき、その強い影響下にあったことを示している。「エベスガクマ」も、前出「出居塚古墳」の別称であり、細長く伸びた前方部を有し、墳丘の全長は約40メートルである。墳丘の頂上にある窪地＝石棺跡から銅鏃12点、管玉1点、鉄剣を出土した。銅鏃は京都府の妙見山古墳や福岡県の石塚山古墳のものと類似し、古墳時代前期（4世紀ごろ）の築造と推定される。
首長墓とされる高塚墳のうち比較的大規模なものは、対馬市美津島町の高浜字ネソの海岸に集中して分布している。ネソ1号墳（前方後円墳）は全長30メートルで箱式棺をともない管玉・鉄鏃・刀を出土している。ネソ2号墳は全長36メートルで、主室は箱式棺をともなって須恵器や鉄刀が出土しており、副室は箱式棺より土師器と鉄剣が出土している。ネソ1号墳、2号墳はともに積石によって築かれた前方後円墳である。
島の首長について『先代旧事本紀』の「国造本紀」では「津島県直」と伝えており、壱岐や九州本土の大型古墳と比較すると小さいとはいえ、墳丘を築く墳墓に葬られた者（被葬者）を想像すると、津島県直のほかにいないだろうと指摘されている。 thumb|607年に隋にわたった小野妹子の墓（大阪府南河内郡太子町） 大化の改新ののち律令制が施行されると、対馬は西海道に属する令制国すなわち対馬島として、大宰府の管轄下に入った。推古天皇における600年（推古8年）と607年（推古15年）の遣隋使も、また630年（舒明2年）の犬上御田鍬よりはじまる初期の遣唐使もすべて航海は壱岐と対馬を航路の目印ないし寄港地としている。
白村江の戦い 663年（天智2年）の白村江の戦い以後、倭国は、唐・新羅の侵攻に備え、664年には対馬にはが置かれ、が8か所に設置された。防人はおもに東国から徴発され、『万葉集』には数多くの防人歌がのこっている。667年（天智6年）には浅茅湾南岸に金田城を築いて国境要塞とし、674年（天武3年、白鳳2年）には厳原が正式な国府の地に定まり、同年、対馬国司守が対馬で産出した銀を朝廷に献上した。これが日本で初めての銀の産出となった。
この対馬銀山は含銀方鉛鉱の鉱床であり、12世紀に成った『対馬国貢銀記』（大江匡房）によると、鉱石を山上に運び数日間焼き続けることにより残った銀を採取したものであるという。この金属精錬法は灰吹法に類似している。
701年（文武5年）、対馬で産出したと称する金を朝廷に献上したところ、これを慶んだ朝廷によって「大宝」の元号が建てられた。ただし、対馬における金鉱の発見ではなかったことが後に明らかになり、献上者は一旦は褒美をもらったものの、後に罰せられたと『続日本紀』文武天皇2年の記録にある。
白村江の戦いの頃には対馬島と表記されているが、それを契機に金田城（朝鮮式の山城で九州から瀬戸内沿岸にも築かれた）が完成した時には、史書も「対馬国」と表記している。
古代対馬には、伊奈郷、久須郷などからなる上県と豆酘郷、与良郷などからなる下県が置かれたが、古代八郷の郷名すべてが判明しているわけではない。741年（天平13年）、「鎮護国家」をめざした聖武天皇の国分寺建立の詔により対馬にも厳原の地に国分寺が建立されたが、国から島に格下げされると「島分寺」と呼ばれた。
防人の制は、3年交代で東国から派遣された兵士2,000余人とも言われるが、737年（天平9年）にはこれを止め、九州本土から派遣することに改めたが、さらに変遷があって、757年（天平宝字元年）には西海道のうち7国（筑前国・筑後国・肥前国・肥後国・豊前国・豊後国・日向国）の兵1,000人をもってこれに代えることとした新川（1998）pp.43–44。
8世紀中葉の成立と思われる和歌集『万葉集』には、 の短歌が収載されているが、『万葉集』に納められた遣新羅使一行によって読まれた歌（百種以上が収録されている）には、他にも「浅茅浦」「竹敷の浦」などの地名がみえ、また、「玉槻」という対馬在住とみられる女性現・対馬市の美津島町に玉調（たまつき）の地名があり、古代においては玉調郷があるので、その地の有力者の子女と思われる。遊女説には根拠がない。によって詠まれた歌もある。そのなかには、遣使一行の無事の帰還を祈って詠んだ、
の歌も収められている。
古代において、新羅から日本には540年（欽明天皇元年）から929年（延長7年）まで89回におよび入朝しており、日本から新羅へは571年（欽明天皇32年）から882年（元慶6年）まで45回にわたり使節（遣新羅使）を派遣している。これらは、すべて対馬を経由した。
平安時代に入って桓武天皇の時代には防人制は広く廃止され、軍団制に改められたが、壱岐・対馬の両国に関しては例外として防人を残した。
894年（寛平6年）には新羅の賊船45隻が来寇したという。（扶桑略記）
刀伊の入寇 1019年（寛仁3年）、正体不明とされた賊船50隻が対馬を襲撃した。記録されているだけで殺害された者117人、拉致された者230人で、有名な対馬銀鉱も焼損した。これは、奴隷にすることを目的に日本人を捕獲したものであり、被害は対馬のみならず壱岐・北九州におよんだ。現在では賊（日本側に捕らわれた捕虜3人はすべて高麗人）の主体は刀伊（一部は高麗に朝貢していたと言われる女真族）であったとされており、この事件は「刀伊の入寇」と呼ばれる。女真族は、このとき対馬の判官代長嶺諸近の一族を奪い去った。諸近は一妻子などが心配で高麗に渡り、日本人捕虜の悲惨な境遇を見聞して帰国・報告したという。田中健夫（1974）。
中世 治承・寿永の乱の際、当時の対馬守・源親光は源氏の流れとして源氏軍に心を寄せて、1183年（寿永2年）京都へ赴こうとしたが、平氏が九州全土を制圧していたため対馬を出発できなかった。平知盛は、大宰少弐原田種直を通して西海道の武士に屋島への参陣をうながしたが、親光が拒否したので平氏から3度追討をうけた。親光主従は高麗国に逃亡したのち、1185年（文治元年）6月に対馬に戻った佐伯（1998）p.77。
中世の対馬では、荘園制度の発展はみられなかった宮本常一（1978）pp.162–164が、鎌倉幕府は国ごとに守護を置き、対馬国守護職は少弐氏（武藤氏）にあたえられた。
12世紀には、のちの宗氏の始祖となる惟宗（これむね）氏が対馬に入島している。惟宗氏は、もと大宰府の官人・少弐（武藤）氏に仕える被官であり、筑前国の宗像郡から対馬へ向かったとされる。史料で惟宗氏の名が対馬の在庁官人として確認される初見は、建久7年（1196年）である。惟宗氏（後の宗氏）は、少弐氏の代理人（被官）として次第に対馬で勢力をのばし、武士化していった。従来対馬で勢力を保っていた阿比留（あびる）氏は、当時国交を結んでいない高麗との交易をおこなっていた。大宰府はこれを詰問したが、阿比留氏が従わなかったため、1246年（寛元4年）、大宰府の命により惟宗重尚（これむねしげひさ）が、鶏知を中心に強い勢力を持っていた阿比留在庁（平太郎）を征討したという。宗氏による治世の時代（及び戦前まで）には、これが「在庁落とし」として一気に天下が変わったかのように語られたが、現在は「在庁・阿比留」は島内各地にも居たことが判っており、一朝一夕の権力移行ではなかったようだ。
なお、 鎌倉時代では、1265年（文永2年）成立の『続古今和歌集』に寄せられた大納言俊光の女（むすめ）の、
の歌が、上対馬の網代村の「夕影山の伝説」にちなむものだといわれている吉松・浜名編『日本の民話 21』（1978）pp.223–232。
また、安徳天皇は壇ノ浦の戦いで崩御したとされるが、対馬には平家落人に守られて逃れ、この地で崩御したとする伝承が残る。対馬市厳原町久根田舎には、宮内庁が指定する安徳天皇の御陵墓参考地があり、かつては御所や平家ゆかりの地名も存在していた。
元寇 350px|thumb|文永の役における鳥飼潟の戦い。元軍に突撃する竹崎季長と応戦、敗走する元兵。（『蒙古襲来絵詞』前巻・絵7・第23紙） 鎌倉時代の日本は、2度にわたる元（モンゴル帝国）とその属国高麗による侵略（元寇）を受けた。対馬はその最初の攻撃目標となり、史上最大の受難を迎えることとなった。元軍の構成は、蒙古・漢兵25,000人、高麗兵8,000人および水夫等6,700人、高麗が建造した艦船900隻といわれた。
元軍は1274年（文永11年）10月5日、佐須浦・小茂田浜に殺到した、この大軍に対し宗助国は一族郎党80余騎を率い迎撃したが、圧倒的な兵力差により全滅した（対馬の戦い (1274年)）。この受難は小茂田浜神社で伝えられている。『日蓮聖人註画讃』によると、上陸した蒙古・高麗軍は、男を殺戮あるいは捕らえ、女は一か所に集め、手に穴を開け、紐で連結し、船に結わえつけたという。。
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1281年（弘安4年）に2度目の日本への侵略・弘安の役が起こった。元軍及び高麗軍の陣容は、合浦（現在の馬山市）から侵攻した蒙古・漢兵30,000人、高麗兵9,960人、水夫等17,029人により構成される東路軍と、中国の寧波から侵攻した旧南宋・漢兵を主力とした100,000人の江南軍であった。
康応の外寇