Генетиката на населението е научна дисциплина која придонесува за испитување на човековите еволутивни и историски миграции. Особено корисни информации се дадени со истражувањето на два унипарентални маркери во човечкиот геном, Y-хромозомот (Y-ДНК) и митохондриската ДНК (mtDNA), како и автосомната ДНК. Податоците од Y-ДНК и автосомната ДНК сугерираат дека Хрватите главно се потомци на Словените од средновековниот миграциски период, според mtDNA имаат генетска разновидност што се вклопува во поширокиот европски генетски пејсаж на мајката и севкупно имаат униформност со другите Јужни Словени од територијата на поранешна Југославија.

Постојат многу локалитети од палеолитскиот период кои се наоѓаат на територијата на Хрватска, кои главно се припишуваат на фазата Мустериен во средниот палеолит. Во неолитскиот период во Југоисточна Европа биле основани големи култури во Винча, Варна, Старчево. Во бронзеното доба се случила симбиоза меѓу прото-индоевропејците од Курганската култура и автохтоните популации, што довело до формирање меѓу другите и на прото- Илирите. Тие постепено се измешале и биле асимилирани од Римјаните, Келтите, Остроготите и на крајот од раните Словени од крајот на 6 век.

ДНК на хромозомот Y

Античка Y-ДНК и atДНК мини|PCA и мешање на поточанските индивидуи од бакарното доба со PCA од други примероци од неолитот и бронзеното и железното време во споредба со денешните Хрвати, според Новак, Олалде, Рингбауер и сор. 2021 година.

Во проучувањето од 2014 година, од трите успешно генерирани SNP профили на примероци од Страчевската неолитска култура од Винковци, два припаѓале на Y-ДНК хаплогрупата G2a-P15 и една на I2a1-P37.2, што може да укаже на G2a како потенцијални претставници на ширењето на земјоделство од Блискиот Исток до Европа, додека I2a како мезолитски супстрат во Европа. Во проучувањето од 2018 година, 10 од 17 примероци од Хрватска имале успешно секвенционирање на Y-ДНК; два примероци од хрватскиот кардијален неолит (6005–5786 п.н.е.) од пештерата Земуница припаѓале на C1a2 и E1b1b1a1b1, Страчевската ранонеолитска култура (5837–5659 п.н.е.) од Бели Манастир - Попова земља до Каргадурската култура C1a26561000 C. п.н.е.) до Г2а2а1, два примероци од среднонеолитска сопотска култура (5207–4546 г. п.н.е. ) од Осиек до Г2а2а1 и Ј2а1, доцнонеолитски Сопот (4790–4558 г.п.н.е.) од Бели Манастир-Попова земја до 2884–2582 п.н.е.) примероци од Бели Манастир-Попова земја и Вучедолска култура на R1b1a1a2a2 и G2a2a1a2a, а примерокот од рано-средно бронзено време (1631–1521 п.н.е.) од Велики Ваник2 припаѓал на Ј2б.

Во 2019 година биле автосомно анализирани три индивидуи од 5 век со вештачка деформација на череп од Осиек, веројатно од хунско или германско потекло. Според методите за анализа на главната компонента и мешање, еден од нив имал источно/североисточно азиско, друго европско/кавкаско и третото потекло од Блискиот Близок Исток/Северна Африка.

Во 2021 година била направена геномска анализа на 38 од 41 лица од масакрот стар 6200 години во селото Поточани во Источна Хрватска. Тие припаѓале на среднобакарната ласинска култура, а автосомно 70% од нив не биле во блиско сродство што имплицира „заедница составена од многу семејни групи“. Според Admixture и PCA, било откриено „дека анализираните индивидуи се малку поместени од кластерот од анадолскиот неолит во правец на западноевропските ловци-собирачи, слично на другите европски фармери од средниот до доцниот неолит пред доаѓањето на [западното] степско потекло“ бидејќи во просек поседувале приближно 91% анадолски неолитски фармери (ANF) и 9% западни ловци-собирачи (WHG), кои се многу оддалечени од современите Хрвати. Меѓу нив биле присутни „татковски лози типични за балканските неолитски популации (единаесет G2a2, две I2a1a(xI2a1a2), еден I2a2, C и C1a2-V20)“.

Истата година биле анализирани дополнителни 19 лица од среднонеолитскиот период од Сопотската култура, 1 лице од бакарно време и 1 примерок од римско време од Бели Манастир-Попова земја, како и 7 примероци од бронзеното време на трансдунавската керамичка култура од Јагодњак -Крчевине во Источна Хрватска. Според „Адмикстура“, примероците од хрватскиот неолитски период имаат 97,6-100% ANF-протекло, примероците од бакарно доба имаат 71% потекло од ANF и 29% потекло од Западните степски овчари (WSH), додека примероците од бронзеното време 47% ANF, 20% WHG и 33 % WSG-предок. Набљудуваните Y-ДНК хаплогрупи во неолитот/бакарниот период биле две G2a2a-PF3147, една G2a2b2a1a1-PF3345, една C1a2b-Z38888, две I2a2a-M223 и една J-M304; во бронзениот период биле само четири G2a2a1a2a2a1-Z31430 и една G2a2a1-PF3148. Едниот поединец од римскиот период од 260 до 402 н.е., „кој може или не може да биде претставник за пошироката популација во тој временски период“, имал автосомно генетска комбинација многу слична на денешните Југоисточни Европејци (вклучувајќи ги и Хрватите), „додавајќи важни податоци кои укажуваат на суштинската промена во потеклото што се случила во регионот помеѓу бронзеното доба и денес“. Тој ја носел скитско -евроазиската Y-ДНК хаплогрупа R1a1a1b2a2-Z2124 > R1a1a1b2a2b1-F1345 (R-F1019* потклад ). Помеѓу 2018 и 2022 година, проучувањата анализирале многу примероци поврзани со Цетинската култура, прото-Илирите и специфичните илирски племиња (Јапиди и Либурни), откривајќи дека нивната татковска лоза речиси исклучиво припаѓа на хаплогрупата J2b-L283.

Археогенетското иследување од 2022 година, објавено во Science, ги споредило примероците од античкото, средновековното и современото население на Балканот и открило дека средновековните словенски миграции „длабоко влијаеле на регионот“, што резултирало со намалување на потеклото на анадолскиот неолит во Југоисточна Европа. Предсловенските балкански популации поседувале најмногу од анадолската неолитска компонента на потекло, додека денешните Словени надвор од Балканот поседувале најмалку, „со денешните луѓе од Југоисточна Европа“, вклучително и Хрватите, „средно меѓу двете крајности“ при што најмногу имаат Грците и Албанците, а најмалку Хрватите и Унгарците. Археогенетското иследување од 2023 година објавено во Cell потврдило дека ширењето на словенскиот јазик и идентитет се должи на големите движења на луѓе од машки и женски пол со специфично источноевропско потекло и дека „повеќе од половина од потеклото на повеќето народи на Балканот денес доаѓа од словенските преселби, со околу трето словенско потекло дури и во земји како Грција каде што денес не се зборуваат словенски јазици“. Населението од предсловенскиот период на Хрватска и регионот имало Y-ДНК хаплогрупи E-V13, R1b, J2b, J2a, G2a додека со словенската миграција пристигнале R1a-Z282 и I2a-L621 меѓу другите.

Современа Y-ДНК Генетски, на татковата линија на хромозомот Y и проучувањата објавени помеѓу 2003 и 2008 година, мнозинството (>75%) од машките Хрвати од Хрватска припаѓаат на една од трите главни европски хаплогрупи на Y-ДНК- I2 (32% -34% ), R1a (27% -34% ) и R1b (12% -15% ), додека малцинството (>25%) припаѓа на хаплогрупите E (9% ), I1 (5% -9% ), J (4% ), N ( 2% ), и G (1% ). Според неодамнешните и пообемни проучувања објавени помеѓу 2012 и 2022 година, мнозинството (65%) од машките Хрвати од Хрватска припаѓаат на хаплогрупите I2 (39%-40%) и R1a (22%-24%), додека малцинството (35 %) припаѓа на хаплогрупите E (10%), R1b (6%-7%), J (6%-7%), I1 (5-8%), G (2%), Q (0-1,93%), H (0-1,8%), T (0,6%), N (0-0,6%) и L (0,2%). лево|мини| Приближната фреквенција и распространетост на варијансата на кластерите од хаплогрупата I-P37, предците „Днепар-Карпати“ (DYS448=20) и изведените „Балкански“ (DYS448=19: претставени со еден SNP I-PH908), во Источна Европа по O.M. Утевска (2017). Хаплогрупата I меѓу Хрватите од Хрватска е околу 43,5%, додека кај Шокците, подгрупа на Хрвати од источна Хрватска, е помеѓу 44% и 50% од истата хаплогрупа. Поделена е на две главни дела – потклад I2 (37,7%), типична за населението на Балканот и Источна Европа и I1 (5,8%), типична за населението на Скандинавија. Од поткладот I2, најмногу преовладува I2a1a (I-P37.2), т.е. неговата поткладна лоза I-M423 (18,400-14,000 YBP) > I-Y3104 (14,000-11,400 YBP) > I2a1a210-YBP > I-CTS10936 (6,500-5,600 YBP) > I-S19848 (5,600 YBP) > I-CTS4002 (5,600-5,100 YBP) > I-CTS10228 (5,100-3,400-3,400 YBP >1,400,000,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,00,0,0,3,3,3,3,3,3,3,0,3,3,3,3,3,0,3,3,0,3,3,4,3,0,3,4,3,4,3,3 ως 40,00,00,00,500,00,00,00,00,00,00,00,0,3,3,3,3,0,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3 -S17250 (2,100-1,850 YBP) > I-PH908 (1,850-1,700 YBP), што е типично за јужнословенските популации во Југоисточна Европа, кое е највисоко во Босна и Херцеговина (>50%). Во Хрватска, најголемата фреквенција била забележана во Далмација, достигнувајќи врв во градовите Сплит (50,48%), Дубровник (53%) и Задар (60%), како и јужните јадрански острови Вис (44,6%), Брач и Корчула (~55%) и Хвар (52,88-65%). Тоа е околу просекот во градовите Пула (31,31%) и Осиек (27,6-40,91%), некои јужни Мљет (33,3%), Ластово (33,3%) и среднојадранските острови Пашман (37,2%)) и Паг (36,4%). Фреквенцијата е најмала во градот Вараждин (18%) во северозападна Хрватска, во западниот планински регион Жумберак (18,2%), и во средно-северните острови Крес (3%), Дуги Оток (11,4%), Угљан (24,6%) и Крк (27%). Најголема фреквенција била забележана кај Хрватите од Босна и Херцеговина (63,8-73,3%). Врз основа на 8 STR маркери генетски растојанија најблиску се популациите на блиските земји, но и во зависност од методот, Украина, Белорусија, Полска и Русија. Многу високата фреквенција I-P37.2 на поткладот во Западен Балкан се намалува во сите правци. Населението со хаплогрупа I мигрирало во Европа од Блискиот Исток, пред приближно 25.000-13.000 години. Тоа ја претставува палеолитската и мезолитската популација на ловци-собирачи во Европа. Меѓутоа, во споредба со постарите истражувања кои го аргументирале праисториското автохтоно потекло на современата хаплогрупа I2 во Хрватска и на Балканот, Батаглија и неговите соработници (2009) веќе забележале највисока варијанса на хаплогрупата во Украина, и според Зупан и неговите соработници (2013) забележале дека пристигнала со словенска преселба од татковината која била во денешна Украина. Неодамнешното истражување на О.М. Утевска (2017) заклучило дека хаплогрупата STR има најголема разновидност во Украина со предок STR маркер резултат „DYS448=20“ кој го сочинува кластерот „Днепар-Карпати“, додека помладиот изведен резултат „DYS448=19“ го сочинува „балканскиот кластер“ кој е доминантен кај јужните Словени. Овој „балкански кластер“ има и најголема варијанса во Украина, што укажува дека многу високата фреквенција во Западен Балкан е поради ефектот на основачот . Утевска пресметала дека разновидноста на кластерот STR и нејзиното секундарно проширување од средниот тек на реката Днепар или од источните Карпати кон Балканскиот полуостров се случило пред приближно 2.860 ± 730 години, поврзувајќи го со времето пред Словените, но многу по падот на Триполска култура. Сепак, пресметките базирани на STR даваат преценети датуми, и поконкретно, кластерот е претставен со еден SNP, I-PH908, познат како I2a1a2b1a1a1c во ISOGG филогенетското дрво (2019), и според YFull YTree тоа било формирано и поседувало TMRCA (најблизок заеднички предок) приближно 1,850-1,700 години п.с. Иако е доминантен кај современите словенски народи на територијата на поранешните балкански провинции на Римското Царство, до денес не е пронајден меѓу примероците од римскиот период и речиси го нема кај современото население на Италија. Според Памјав и неговите соработници (2019) и Фоти и неговите соработници (2020), распространетоста на поткладите на предците како I-CTS10228 меѓу современите носители укажува на брза експанзија од Југоисточна Полска, главно е поврзана со Словените и нивната средновековна миграција, а „најголемата демографска експлозија се случи на Балканот“. Според Олалде и неговите соработници (2023) било потврдено дека I2-L621 била отсутна пред средновековниот период на Балканот и пристигнала со Словените.