O golpe de Estado nas Comores de 1999 foi uma tomada de poder militar sem derramamento de sangue que durou dois dias liderada pelo chefe do estado-maior do exército comoriano Coronel Azali Assoumani, de 29 a 30 de abril, resultando na derrubada do presidente interino Tadjidine Ben Said Massonde. Assoumani justificou este golpe a posteriori como um meio de evitar uma guerra civil num país mergulhado numa crise separatista..
Contexto Em março de 1996, Mohamed Taki Abdoulkarim conquistou a presidência em eleições livres e justas. Durante seu breve governo, o país adotou uma nova constituição que limitava a autonomia local das ilhas e reforçava o uso da lei islâmica, fomentando a instabilidade e contribuindo para o desencadeamento da crise da secessão.
Em agosto de 1997, as ilhas de Anjouan e Mohéli declararam unilateralmente sua independência das Comores, alegando negligência e discriminação por parte do governo central. Um mês depois, em 3 de setembro, forças governamentais, totalizando cerca de 300 homens, desembarcaram em Anjouan para impedir sua secessão, mas foram repelidas.
Em novembro de 1998, o presidente Mohamed Taki Abdoulkarim morreu repentinamente e foi substituído pelo presidente interino Tadjidine Ben Said Massonde. Seus atrasos na realização de novas eleições causaram descontentamento generalizado.
Em abril de 1999, a Organização da Unidade Africana (OUA) negociou um acordo de reunificação que concederia maior autonomia a Anjouan e Mohéli e introduziria uma presidência rotativa. Embora o presidente Massonde tenha assinado o acordo, os separatistas linha-dura de Anjouan o rejeitaram, exigindo independência total. Os separatistas de Mohéli estavam mais dispostos a negociar. A recusa dos separatistas de Anjouan em aceitar o acordo de paz levou à vitimização de moradores de Anjouan na Grande Comore, causando manifestações violentas na ilha exigindo sua saída. Como resultado, cerca de 1.000 pessoas teriam deixado a Grande Comore para Anjouan.
Golpe Em 29 de abril de 1999, em meio à turbulência que assolava a Grande Comore, os militares comorianos, liderados pelo Coronel Azali Assoumani, realizaram um golpe de Estado sem derramamento de sangue, com duração de dois dias, e depuseram o presidente Massonde para conter a escalada da violência. Após tomar o poder, o Coronel Assoumani suspendeu a constituição e dissolveu as instituições políticas do país, incluindo o parlamento. Atividades políticas e reuniões públicas também foram proibidas. O presidente em exercício deposto e outros funcionários do governo foram obrigados a permanecer em suas casas.
Consequências Em 6 de maio de 1999, o presidente Assoumani consolidou o poder ao decretar uma nova constituição que lhe conferia poderes executivos e legislativos. Pouco depois, um gabinete predominantemente civil foi formado, mas a diretoria do regime, onde o poder real era exercido, era composta principalmente por militares.
Em 2000, em meio às crescentes críticas internacionais ao regime de Azali, ele prometeu renunciar ao poder até 14 de abril daquele ano, sob a condição de que Anjouan retornasse à república.
Mais tarde naquele ano, o presidente Assoumani nomeou Bianrifi Tarmidi como primeiro-ministro civil, mas ainda manteve o controle como chefe de Estado e comandante-em-chefe.
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