Jmol je počítačový softvér na molekulové modelovanie chemických štruktúr v 3 dimenziách. Jmol vykresľuje 3D reprezentáciu molekuly, ktorú možno použiť vo výuke alebo vo výskume, napríklad chemickom alebo biochemickom. Jmol je napísaný v jazyku Java, takže funguje na operačných systémoch Windows, macOS, Linux a Unix, ak je Java nainštalovaná. Je to free and open source softvér vydaný pod lincenciou GNU Lesser General Public License verziou 2.0. Existujú i samostatná aplikácia a software development kit, ktoré možno integrovať do iných aplikácií využívajúcich Javu, napríklad Bioclipse alebo Taverna.
Populárnym spôsobom použitia Jmolu je využitie appletu, ktorý možno vložiť na webové stránky a zobraziť molekuly rôznymi spôsobmi. Jmol podporuje mnoho formátov chemických súborov vrátane Protein Data Bank (.pdb), Crystallographic Information File (.cif), MDL molfile (.mol) a Chemical Markup Language (.cml). Takisto existuje i verzia postavená na JavaScripte (HTML5), JSmol, ktorú možno použiť na počítačoch bez Javy.
Applet Jmolu okrem iného podporuje i použitie ako alternatívu k Chime plug-inu, ktorý už nie je aktívne vyvíjaný. I keď Jmol má mnoho funkcií, ktoré Chime nemá, netvrdí, že by sa snažil reprodukovať všetky funkcie Chimeu a chýba hlavne mód Sculpt (mód na úpravu molekúl, napr. konformácií). Chime vyžadoval inštaláciu v podobe plug-inu a Internet Explorer 6.0 či Firefox 2.0 na Windowse alebo Netscape Communicator 4.8 na Mac OS 9. Jmol vyžaduje inštaláciu Javy a funguje na mnohých platformách. Je funkčný napríklad v Mozille Firefox, Internet Exploreri, Opere, Google Chrome i Safari.
Galéria
Referencie
Iné projekty
Externé odkazy
Oficiálna stránka
Rozšírenie Jmol pre MediaWiki Biomodel Molview
Zdroj
Kategória:Chemický softvér