Malti je vladalo Bizantinsko cesarstvo, od časa bizantinskega osvajanja Sicilije v letih 535-6 do 869-870, ko so otoke zasedli Arabci. Dokazi o treh stoletjih bizantinske vladavine na Malti so zelo omejeni in včasih dvoumni. Zgodovinarji domnevajo, da je bila bizantinska Malta izpostavljena enakim pojavom, ki so vplivali na srednje Sredozemlje, in sicer precejšnjemu pritoku grških naseljencev in helenske kulture, upravnim spremembam, ki jih je povzročila reorganizacija Sicilije v skladu z bizantinsko temo, in pomembnim pomorskim delovanjem v Sredozemlju po vzponu islama.
Bizantinski viri so na malteških otokih redki, čeprav jih peščica zapisov združuje kot nominalni Gaudomelete (starogrško: Γαυδομελέτη), izraz, ki se prvič pojavi v psevdoepigrafskih delih Petra in Pavla. Otoki so bili kraj izganjanja in izgnanstva. Z muslimansko ekspanzijo v Severni Afriki se je Malta iz vojaške baze in trgovske postaje, ki povezuje Sicilijo in druge bizantinske posesti na italijanskem polotoku z Afriškim eksarhatom, premaknila v obrobni satelit in stražarnico bizantinske Sicilije (grško θέμα Σικελίας, Thema Sikelias).
Zgodovinarji so ugotovili, da je Malta igrala omejeno strateško vlogo v Bizantinskem cesarstvu. Kasnejše arabsko osvajanje je privedlo do popolnega preloma med bizantinsko dobo in kasnejšimi obdobji. Čeprav obstajajo študije o domnevnem bizantinskem ali krščanskem preživetju, redki dokazi kažejo na šibek primer za trajno bizantinsko zapuščino na Malti.
Ozadje Najzgodnejše omembe Malte v tem obdobju so redke in jih običajno sklepamo v odlomkih, ki se nanašajo na Sicilijo. V odlomku Victorja Vitensisa, škofa Vite, zgodovinarji sklepajo, da so malteške otoke proti koncu 5. stoletja osvojili Vandali iz njihovega kraljestva v Severni Afriki in jih nato predali Odoakru, ostrogotskemu kralju Italije. Zgodovinarji teoretizirajo, da je Malta ostala v vandalskih rokah od okoli leta 455 do 476, nato pa je bila podeljena Odoakru kot poklon, preden je prešla na Teodorika po porazu Odoakra leta 493.
Ni dokazov o malteškem škofu pred letom 553, brez zapisa, da bi se malteški škof udeležil katerega koli koncila v Vandalski Afriki. Ker pa iz Afrike ni ohranjenih škofovskih seznamov, zgodovinarji ne morejo oceniti, ali je Malta imela škofa ali so otoki v tej zgodnji fazi bili del afriške cerkve.
Malta trpi zaradi pomanjkanja pozornosti v bizantinskih virih, kar se med zgodovinarji prevede v dolgotrajno dojemanje, da je otočje na robu strateških, političnih in vojaških interesov Bizantinskega cesarstva. To stališče je bilo ovrženo šele v zadnjih letih, po napredku malteške arheologije. Analiza keramike je pokazala, da so Bizantinci še v 9. stoletju pošiljali mornarico v zahodno Sredozemlje – kar je potrdilo, da je bila Malta strateška odskočna deska v obrambnem sistemu okoli Severne Afrike, Sicilije in Balearov. Čeprav so jo občasno napadale arabske pomorske sile, je Malta - skupaj s Sardinijo in Balearskimi otoki - Bizantincem zagotovila dobro strateško bazo v srednjem in zahodnem Sredozemlju, kar jim je omogočilo ohranitev gospodarske in vojaške prisotnosti.
Obseg trgovine na malteških otokih ni bil le vojaške narave. Z blagom vzhodnega Sredozemlja so bile oskrbovane tudi lokalne politične elite. Sigilografski dokazi kažejo, da so malteške elite vključevale arhonte, škofe in člane cerkvenih skupnosti. Komercialna vitalnost otokov, ki je odražala njihov strateški položaj v Sredozemlju, in določena stopnja avtonomije, je verjetno omogočila elitam, da so premostili vrzel med muslimansko Afriko in "bizantinsko Italijo". Malteška elita je zavzela aktivno stališče in se vključila v politične in trgovinske izmenjave z muslimanskimi skupnostmi v Severni Afriki – dokazujejo najdbe omajadskih kovancev na otokih in najdba pečata Niketasa – arhonta in drungarija z Malte – v Tuniziji.
Zgodnji bizantinski viri na Malti Justinijanovo obdobje
Eno najzgodnejših omemb malteških otokov je mogoče najti na seznamu donacij cesarja Konstantina I. v zgodnjem 4. stoletju, ki vključuje donacijo Lateranske krstilnice mašo z dohodkom 222 solidov, ki je bila očitno na otoku Gozo. Vendar pa je prva pravilna omemba srednjeveške Malte v kontekstu Vzhodnega rimskega cesarstva v Prokopijevem Bellum Vandalicum, ki podrobno opisuje bizantinsko kampanjo v Severni Afriki. Bizantinski general Belizar je opisan leta 533, da se je »dotaknil« ali »približal« Malti, medtem ko je rimska ekspedicijska sila plula iz Kaukana v Severno Afriko. V istem odlomku Prokopij opisuje Malto, ki ločuje Jadransko in Tirensko morje, kar kaže, da so otoki morda ležali na morski meji, ki ločuje vandalsko in bizantinsko sfero. Odlomek ne pravi, da je Belizar osvojil otoke ali da so bili malteški otoki že v bizantinskih rokah. Pravzaprav Malta ni vključena v Hieroklejev Synecdmus, ki podrobno opisuje seznam mest, ki so pripadala cesarstvu v letih 527/8.
Malta je verjetno prešla na Bizantince v času, ko so osvojili Sicilijo leta 535. Nadaljnji citat v Prokopijevem Bellum Gothicum, ki opisuje vojno proti gotskemu kraljestvu Italije, kaže, da je Malta postala del cesarstva do leta 544, čeprav ne omenja posebej otokov. Končna omemba v Prokopiju v zvezi z Malto se nanaša na leto 550, v zvezi s potovanjem Artabana na Sicilijo. Artaban je bil imenovan za magister militum per Thracias, da bi nadomestil ostarelega senatorja Liberija, ki je poveljeval odpravi, ki je v teku proti Siciliji, ki jo je pred kratkim premagal ostrogotski kralj Totila. Artaban ni uspel dohiteti odprave, preden je odplula na Sicilijo, njegova lastna flota pa je bila odgnana in razkropljena zaradi hudih neviht v Jonskem morju; ., sam Artaban pa je bil po pristanku na Malti nepričakovano rešen. So namigi, da je Artabanes dosegel Meledo namesto Malte, tako tradicija rokopisa kot geografska verjetnost dajeta prednost Malti.
Drugi viri o Malti iz Justinijanovega obdobja so omejeni, z nekaj podrobnostmi o zgodovini otokov. Pisatelj Arator iz 6. stoletja je Malto opisal kot statio, pristanišče ladij, čeprav se to uporablja v zvezi z brodolomom svetega Pavla na otokih in ga ne bi smeli uporabljati da bi sklepali o pomorskem statusu Malte, čeprav se v kasnejših arabskih besedilih najdejo sklicevanja na pristanišča Malta in Gozo.
Škofi na Malti Leta 553 je malteški škof Julianus (latinsko Iulianus episcopus Melitensis) omenjen v Constitutum de Tribus Capitulis papeža Virgilija, vendar je lahko nekaj nejasnosti glede imena in povezave z Malto zaradi nedoslednosti v imenih v različnih rokopisih. Prva omemba malteškega škofa se pojavlja v treh pismih papeža Gregorja I., pri čemer je papež leta 592 prosil malteškega škofa Lucila, naj zagotovi, da malteška duhovščina, ki ima zemljišča, ki pripadajo afriški cerkvi, plača davek nanje. Zgodovinarji domnevajo, da so te dežele na Malti, njihova povezava z afriško cerkvijo pa je lahko povezana z vladavino Vandalov v prejšnjem stoletju. V drugem pismu z datumom oktobra 598 prosi sirakuškega škofa, naj odstavi Lucila zaradi nedoločenega zločina, da kaznuje sostorilce tako, da jih postavi v samostane in jim odvzame čast. Fraza o degradiranju vojakov namiguje, da je imela Malta takrat vojaški garnizon. Papež Gregor nato prosi sirakuškega škofa, naj naroči clerus in populus (narodu), naj izvolita novega škofa. Tretje pismo, datirano v september ali oktober 599, prosi Romanusa, defensor Sicilije, naj poskrbi, da Lucil in njegov sin izročita premoženje, odvzeto cerkvi za novega škofa Traianusa. Čeprav se zdi, da ni dovolj dokazov, da bi Malto tako zgodaj označili za sufragansko škofijo Sirakuz, se zdi, da pisma razkrivajo tesne cerkvene in upravne vezi med malteškim sedežem in sirakuško škofijo. Malta je bila morda podobno povezana s posvetno upravo Sicilije, kot kaže civilni geografski seznam, ki ga je sestavil bizantinski geograf Jurij Ciprski okoli leta 603 – okoli leta 606.
Bizantinski izgnanci na Malti Malta je bila uporabljena kot kraj za izgnanstvo, kar najdemo v odlomkih dveh zgodovinarjev. V Historia syntomos patriarh Nikefor I. Carigrajski podrobno opisuje, kako je cesar Heraklij poslal Teodora, magistra po činu, na otok Gaudomelete (grško: Γαυδομελέτη), pri čemer je dux kraja ukazal, naj mu ob prihodu amputira eno od stopal. To razkriva, da so Malto do leta 637, datuma upora, ki je pripeljal do izgnanstva Janeza Atalarichosa in Theodorusa, morda upravljali vojaški častniki, podobno kot so vladali Siciliji in Italiji. Kronist Teofan Spovednik opisuje, kako je cesar Konstantin VI. leta 790 kaznoval voditelje upora v Armenski temi z žigosanjem njihovih obrazov in voditelje izgnal na Sicilijo in "druge otoke". Teofan Spovednik, p. 469
Uprava
Posvetna vlada Najden je bil pečat iz 8. stoletja, ki pripada Niceti, arhontu in droungariosu z Malte, (grško: + Νικήτᾀ δρονγγ'[αρίῳ]ς [=καὶ] ἄρχοντ[ι] Μελέτ᾿[ης]) in zgodovinarji sklepajo, da je Malti morda vladal visoki pomorski uradnik, ki je poveljeval majhni floti. Drugi zgodovinarji so šli dlje od te analize, češ da je bila Malta baza pomembne pomorske eskadrilje pod neposrednim imperialnim in ne nadzorom teme. Vendar pa se zdi, da pomanjkanje dokazov in virov ter zgodovinske tesne povezave med Sicilijo in Malto nasprotujejo tako obstoju takšne vodstvene strukture za Malto kot tudi obstoju pomembne bizantinske pomorske baze na otokih. Lahko pa bi trdili, da je bil bizantinski uradnik hkrati poveljnik kopenske vojske droungariosa, ki je prevzel tudi vlogo arhonta ali civilnega guvernerja mesta.
Nedavna izkopavanja so osvetlila vlogo Malte kot trgovske postaje, kjer so imele v 8. stoletju regionalne politične sile močne lastne interese. Videti je, da otoki delujejo kot nekako privilegirano ozemlje, ki deluje kot most med severno Afriko in južno Italijo. Malta je bila sposobna uvažati velike količine blaga iz oddaljenih regij in povezovati tako z bizantinsko kot arabsko trgovinsko mrežo. Mestna jedra, kot je Melite, so bila razmeroma bogata, politično močna in so uživala dostop do različnih uvoženih dobrin, medtem ko so periferna območja, kot je Ħal Safi, imela dostop do bolj osnovne materialne kulture.
Cerkvena vlada Zgodovinarji trdijo, da prenos sicilskih škofij iz rimskega patriarhata v Konstantinopel in povišanje Sirakuz v metropolitanski status zakrivata cerkveno organizacijo Malte v tem obdobju. Noben malteški škof se ni pojavil na rimskih sinodah ali na ekumenskih koncilih na vzhodu v 7., 8. ali 9. stoletju. Malteški škof po imenu Manas se je morda udeležil osmega ekumenskega koncila v Konstantinoplu v letih 869-870 in je identificiran z malteškim škofom, ki so ga leta 878 v Palermu kot ujetnika hranili Aglabidi. Vendar v aktih koncila ni identificiran noben malteški škof, zaradi česar je identifikacija zgodovinarjev neupravičena.
V najmanj sedmih notitiae je malteška škofija razvrščena kot škofija pod metropolitanskim sedežem Sirakuze ali spada v provinco Sicilija. Notitia X in Notita III posebej omenjata protopope, imenovane za Melite v 12. in 13. stoletju, X pa enega, Nikolaosa in njegovo ženo Milo, omenja po imenu. Fiorini in Vella ugotavljata, da je bila včasih bizantinska praksa imenovati protopopa (starogrško πρτωπαπάς) v prazne škofije in avtorji to vidijo kot dokaz kontinuitete bizantinske cerkvene hierarhije, čeprav v okrnjeni obliki, v obdobju muslimanske vladavine; krščanski ἐπίσκοπος (škof), ki so ga našli na otoku, potem ko ga je osvojil Rogerij II. Sicilski, je bil verjetno dejansko tak πρτωπαπάς.
Bizantinska bazilika pri Tas-Silġ