Балканске ендемичне биљке обухватају бројне јединствене таксоне (врсте, подврсте, варијетете и форме) који су распрострањени на подручјима различитих величина, укључујући и стеноендемите.
Следећи списак ендемичних биљака на Балкану укључује таксоне из Бугарске, Грчке, Албаније, Косова и Метохије, Северне Македоније, Србије, Босне и Херцеговине, Црне Горе, Хрватске, Словеније и европског дела Турске. Североисточна граница овог подручја је долина реке Саве. Граница се затим наставља дуж Дунава. Такође укључује панонску зону Балкана све до јужне Румуније.
Забележени ендемити су класификовани у 163 рода и 52 породице.Polunin, Oleg . Оксфорд јуниверзити прес, Оксфорд, Turrill W. B. . Оксфорд јуниверзити прес, Оксфорд.Webb D. A. (1966): 'The Flora of European Turkey'. Proceedings of the Royal Irish Academy, 6:
Ендемични таксони __САДРЖАЈ__
A Abies borisii-regis, борови — македонска јела Abies cephalonica, борови — грчка јела Acanthus balcanicus, примози — балкански примог Acer heldreichii, јавори — планински јавор Achillea ageratifolia, главочике — грчка хајдучка трава Achillea clypeolata, главочике — балканска хајдучка трава Achillea depressa, главочике — ниска хајдучка трава Achillea pannonica, главочике — панонска хајдучка трава Acinos majoranifolius, уснатице — мајоранов вријесак Acinos orontius, уснатице — грчки вријесак Alchemilla jumrukczalica, руже — балкански вирак Alchemilla vranicensis, руже — вранички вирак Alkanna pulmonaria ssp. noneiformis, оштролисти — плућна алкана Allium melanantherum, амарилиси — тамни лук Alyssum doerfleri, крсташице — Дерфлерова жутица Alyssum mellendorffianum, крсташице — Мелендорфова жутица Amphoricarpus bertisceus, главочике — проклетијски амфорикарпус Amphoricarpus neumayeri, главочике — Неумајеров амфорикарпус Anemone transsilvanica, љутићи — трансилванијска саса Anthemis carpatica, главочике — карпатски јармен Anthemis jordanovii, главочике — Јорданов јармен Aquilegia amaliae var. dinarica, љутићи — динарска кандилка Aquilegia aurea, љутићи — златна кандилка Aquilegia chrysantha var. aurea, љутићи — жута кандилка Aquilegia dinarica, љутићи — динарска кандилка Aquilegia grata, љутићи — пријатна кандилка Aquilegia nigricans ssp. subscaposa, љутићи — тамна кандилка Arabis ferdinandi-coburgii, крсташице — Фердинандова гушарка Arenaria rhodopaea, каранфили — родопска пескарица Arnebia densiflora, оштролисти — густоцветна арнебија Asperula hercegovina, броћеви — херцеговачка приљепча Aster tripolium ssp. pannonicus, главочике — панонски звездан Astragalus alopecurus, махунарке — лисичји козинац Astragalus exscapus, махунарке — безстабљични козинац Astragalus peterfii, махунарке — Петерфијев козинац Astragalus physocalyx, махунарке — мехурасти козинац Astragalus pseudopurpureus, махунарке — лажни пурпурни козинац Astragalus roemeri, махунарке — Ромеров козинац Athamanta macedonica, штитоноше — македонска атаманта Athamanta turbith ssp. hungarica, штитоноше — мађарска атаманта Avenochloa decora, траве — украсна зоб
B Barbarea bosniaca, крсташице — босанска репушница Barbarea vulgaris, крсташице — обична репушница Brassica nivalis ssp. jordanoffii, крсташице — снежни купус Bromopsis moesiaca, траве — мезијска класика Bruckenthalia spiculifolia, вресови — брукенталија Bupleurum aristatum var. karglii, штитоноше — Карглијев звинчац
C Campanopsis dalmatica, звончићи — далматински звончић Campanula albanica, звончићи — албански звончић Campanula cespitosa, звончићи — бусенасти звончић Campanula elatines var. fenestrellata, звончићи — прозорчасти звончић Campanula graminifolia var. linearifolia, звончићи — усколисни звончић Campanula hercegovina, звончићи — херцеговачки звончић Campanula jacquinii ssp. rumeliana, звончићи — румелијски звончић Campanula linifolia ssp. justiniana, звончићи — Јустинијанов звончић Campanula oreadum, звончићи — планински звончић Campanula romanica, звончићи — румунски звончић Campanula scutellata, звончићи — штитасти звончић Campanula tommasiniana, звончићи — Томазинијев звончић Campanula velebitica, звончићи — велебитски звончић Campanula waldsteiniana, звончићи — Валдштајнов звончић Cardamine maritima, крсташице — приморска режуха Carduus collinus, главочике — брдски стричак Carduus kerneri ssp. lobulatiformis, главочике — Кернеров стричак Carduus rhodopaeus, главочике — родопски стричак Carex riloensis, шиљеви — рилска оштрица Carum velenovskyi, штитоноше — Веленовског ким Centaurea achtarovii, главочике — Ахтарова зечина Centaurea biokovensis, главочике — биоковска зечина Centaurea derventana, главочике — дервентска зечина Centaurea jankae, главочике — Јанкова зечина Centaurea kernerana, главочике — Кернерова зечина Centaurea macedonica, главочике — македонска зечина Centaurea mannagettae, главочике — Манагетијева зечина Centaurea parilica, главочике — парилска зечина Centaurea phrygia ssp. rarauensis, главочике — рарауенска зечина Centaurea phrygia ssp. retezatensis, главочике — ретезатска зечина Centaurea pinnatifida, главочике — пераста зечина Centaurea pontica, главочике — понтска зечина Centaurea trichocephala, главочике — длакава зечина Cephalaria radiata, орлови нокти — зракасти главоч Cerastium banaticum, каранфили — банатска мишјакња Cerastium decalvans, каранфили — гола мишјакња Cerastium fontanum ssp. grandiflorum, каранфили — крупноцветна мишјакња Cerastium transsylvanicum, каранфили — трансилванијска мишјакња Chamaecytisus tommasinii, махунарке — Томазинијев зановет Chamaedrys montana, уснатице — планински дубчац Chondrilla urumovii, главочике — Урумовљева зуква Cicerbita pancicii, главочике — Панчићева млечика Cirsium appendiculatum, главочике — привезана паламида Cirsium brachycephalum, главочике — краткоглава паламида Clinopodium frivaldszkyanum, уснатице — Фривалдскијева марковица Colchicum bulbocodioides ssp. hungaricum, мразовци — мађарски мразовац Colchicum callicymbium, мразовци — лепи мразовац Colchicum hungaricum var. doerfleri, мразовци — Дерфлеров мразовац Corothamnus agnipilus, махунарке — јагњећи зановет Corothamnus rectipilosus, махунарке — праводлаки зановет Crepis dinarica, главочике — динарска дивља салата Crepis macedonia, главочике — македонска дивља салата Crepis pantocseki, главочике — Панточекова дивља салата Crepis praemorsa ssp. dinarica, главочике — динарска одгризена салата Crepis schachtii, главочике — Шахтова дивља салата Crocus cvijicii, перунике — Цвијићев шафран Crocus lageniflorus var. oliverianus, перунике — Оливеров шафран Crocus scardicus, перунике — шарпланински шафран Crocus sieberi, перунике — Зиберов шафран Crocus veluchensis, перунике — грчки шафран Cyanus napuliferus, главочике — реполики различак Cynoglossum hungaricum, оштролисти — мађарски пасји језик
D Daphne kosaninii, јеремичци — Кошанинов јеремичак Daphne malyana, јеремичци — Малијев јеремичак Daphne pontica, јеремичци — понтски јеремичак Degenia velebitica, крсташице — велебитска дегенија Delphinium simonkaianum, љутићи — Шимонкајев жаворњак Dianthus bertisceus, каранфили — проклетијски каранфил Dianthus callizonus, каранфили — лепопојасни каранфил Dianthus carthusianorum ssp. tenuifolius, каранфили — танколисни каранфил Dianthus freyni, каранфили — Фрајнов каранфил Dianthus glacialis ssp. gelidus, каранфили — ледени каранфил Dianthus henteri, каранфили — Хентеров каранфил Dianthus knapii, каранфили — Кнапов каранфил Dianthus microlepis, каранфили — ситнољускасти каранфил Dianthus petraeus, каранфили — стеновити каранфил Dianthus spiculifolius, каранфили — класастолисни каранфил Dioscorea balcanica, бљуштеви — балкански бљушт Draba dorneri, крсташице — Дорнерова гладница Draba haynaldii, крсташице — Хајналдова гладница Draba simonkaiana, крсташице — Шимонкајева гладница
E Echinops bannaticus, главочике — банатски бели трн Edraianthus glisicii, звончићи — Глишићево звонце Edraianthus graminifolius ssp. niveus, звончићи — снежно бело звонце Edraianthus niveus, звончићи — снежно звонце Edraianthus serpyllifolius ssp. dinaricus, звончићи — динарско звонце Edraianthus sutjeskae, звончићи — сутјеско звонце Ephedra major, ефедре — велика ефедра Eranthus hyemalis var. bulgaricus, љутићи — бугарски кукурек Eryngium palmatum, штитоноше — прстасти ветокас Eryngium serbicum, штитоноше — српски ветокас Euphorbia gregersenii, млечике — Грегерсенова млечика Euphorbia myrsinites, млечике — миртска млечика
F Festuca bucegiensis, траве — бучеђски вијук Festuca nitida subsp. flaccida, траве — сјајни вијук Festuca rupicola subsp. pachyphylla, траве — стеновити вијук Festuca versicolor, траве — шарени вијук Forsythia europaea, маслине — балканска форзиција Fritillaria drenovskii, љиљани — Дреновског коцкавица Fritillaria graeca, љиљани — грчка коцкавица Fritillaria gussichiae, љиљани — Гушићева коцкавица Fritillaria pontica, љиљани — понтска коцкавица Fritillaria skorpili, љиљани — Шкорпилова коцкавица Fumaria jankae, макови — Јанкова димњача
G Galatella albanica, главочике — албанска галатела Galium capitatum, броћеви — главичаста броћика Galium demissum ssp. stojanovii, броћеви — Стојановљева броћика Galium rhodopeum, броћеви — родопска броћика Galium valantioides var. baillonii, броћеви — Баилонова броћика Genista lydia subsp. rumelica, махунарке — румелијска жуква Gentiana albanica, линцуре — албанска линцура Gentiana dinarica, линцуре — динарска линцура Gentiana laevicalyx, линцуре — глаткочашична линцура Gentiana pontica, линцуре — понтска линцура Gentianella bulgarica, линцуре — бугарска линцура Geum bulgaricum, руже — бугарска зечја стопа Geum rhodopeum, руже — родопска зечја стопа Globularia cordifolia, боквице — срцолиста мраморица Goniolimon besseranum, мрежавице — Бесерова мрежавица
H Haberlea rhodopensis, геснерије — родопска хаберлеа Halacsya sendtneri, оштролисти — Зендтнерова халачија Haplophyllum balcanicum, рутице — балкански хаплофилум Heliosperma retzdorffianum, каранфили — Рецдорфово сунчево семе Heptaptera macedonica, штитоноше — македонска хептаптера Herniaria olympica, каранфили — олимпска ситница Hesperis dinarica, крсташице — динарска ноћна фрајла Hesperis matronalis ssp. nivea, крсташице — снежна ноћна фрајла Hesperis matronalis ssp. schurii, крсташице — Шурова ноћна фрајла Hieracium praebiharicum, главочике — бихорска јастребика Hippocrepis comosa, махунарке — ћубаста потковица Hypericum cerastoides, кантариони — мишјакињасти кантарион Hypericum rhodopeum, кантариони — родопски кантарион Hypericum haplophylloides, кантариони — простолисни кантарион
I Iberis sempervirens, крсташице — зимзелени иберис Inula macedonica, главочике — македонски оман Inula verbascifolia ssp. aschersoniana, главочике — Ашерсонов оман Iris bosniaca, перунике — босанска перуника Iris suaveolens, перунике — мирисна перуника Ixoca macrantha, каранфили — крупноцветна иксока
J Jasione montana f. heldreichii, звончићи — Хелдрихова пришница Jasionella bulgarica, звончићи — бугарска пришница Johrenia distans, штитоноше — размакнута јоренија Juncellus pannonicus, шиљеви — панонска сита Juniperus sabina, чемпреси — обична клека Jurinea tzar-ferdinandii, главочике — јуринеа цара Фердинанда
K Kitaibela vitifolia, слезови — лозолисна китајбелија Knautia albanica, орлови нокти — албанска удовичица Knautia macedonica, орлови нокти — македонска удовичица Knautia sarajevoensis, орлови нокти — сарајевска удовичица Koeleria subaristata, траве — осиста смелица
L Lathraea rhodopaea, воловодке — родопска потајница Lathyrus binatus, махунарке — двострука грахорица Lathyrus pancicii, махунарке — Панчићева грахорица Leucanthemum chloratum, главочике — зеленкаста бела рада Lilium bosniacum, љиљани — босански љиљан Lilium cattaniae, љиљани — Катанијев љиљан Lilium pyrenaicum var. albanicum, љиљани — албански љиљан Lilium pyrenaicum var. jankae, љиљани — Јанков љиљан Lilium rhodopeum, љиљани — родопски љиљан Limonium asterotrichum, мрежавице — звездастодлака мрежавица Linum dolomiticum, ланови — доломитски лан Linum elegans, ланови — елегантни лан Linum rhodopeum, ланови — родопски лан