Jesienią tego roku francuskie duchowieństwa opublikowało dokument Exposition des prmncipes sur la constitution civile du clergé, odcinający się do Konstytucji cywilnej kleru, a pół roku później potępił ją papież. Spotkało się to z zamieszkami, pośród których dokonano m.in. spalenia kukły papieskiej, z napisem wojna domowa na piersi. Dugnani zażądał od sekretarza spraw zagranicznych Armanda Marca de Montmorina zadośćuczynienia, co jednak nie nastąpiło. Wiosną 1791 roku nuncjusz powrócił do Włoch, oczekując w Mediolanie instrukcji od papieża i był gotowy powrócić do Francji by kontynuować posługę dyplomatyczną. Jednakże okazało się to niemożliwe, zwłaszcza po wybuchu wojny w 1792 roku, wobec czego Dugnani powrócił do Rzymu.
21 lutego 1794 roku został kreowany kardynałem prezbiterem i otrzymał kościół tytularny San Giovanni a Porta Latina. W tym samym roku został legatem w Romanii, a rok później – kamerlingiem Kolegium Kardynałów. Gdy na mocy traktatu z Tolentino powstała Republika Cispadańska, opuścił legację w Romanii i udał się do Mediolanu. W 1804 roku został proprefektem Kongregacji Rozkrzewiania Wiary i pełnił tę funkcję przez rok.