O wystroju kościoła informuje kronika jezuitów, wymieniając osiem ołtarzy: św. Stanisława Kostki z 1644, ołtarz NMP z 1646, ołtarz św. Ignacego z 1652, ołtarz Trzech Króli z 1652, ołtarz św. Sebastiana z 1653, ołtarz Świętego Krzyża z 1653, św. Franciszka Ksawerego z 1668 oraz św. Franciszka z Asyżu z 1742 roku. Ponadto w kościele mieli swoje wydzielone miejsca cechy piekarzy, bednarzy i rybaków. Kościół stanowił centrum życia religijnego klasztoru jezuitów. Jednak uczęszczało do tej świątyni również, mimo położonego w pobliżu kościoła farnego św. Katarzyny, wielu mieszkańców miasta. Zachęcała ich do tego bardzo bogata oprawa śpiewno-muzyczna nabożeństw w wykonaniu zakonników. Gdy w 1603 roku wewnątrz kościoła odpalono prawdziwe ładunki armatnie – bombardarium explosiones – jak określił to łaciński tekst – oraz ogniste koła – prowincjał zmuszony był zakazać takich widowiskowych spektakli.