II wojna światowa Działania wojenne wstrzymały działalność klubu i sekcji wioślarskiej. W trakcie wojny zginęło około 50 członków krakowskiego AZS – część z nich było wioślarzami. Między innymi zamordowani przez NKWD zostali Władysław Anczyc i Antonii Bogdanowicz, wioślarze i żołnierze kampanii wrześniowej, a Adam Gadomski, członek ruchu oporu, został zabity przez Niemców w Auschwitz.
Klubową przystań zajęła sekcja wioślarska niemieckiego klubu DTSG Krakau. W styczniu 1945 uciekające przed Armią Czerwoną wojska niemieckie wysadziły znajdujące się w pobliżu tej przystani mosty na Wiśle. Spowodowało to tak poważne zniszczenia klubowych budynków, że nadawały się wyłącznie do rozbiórki, a większość sprzętu została zniszczonaCzesław Michalski, Akademicki Związek Sportowy w Krakowie. Część II. 1945-2009, Kraków 2012, s. 11-51, 139-143 i 287-308.
Okres po II wojnie Do reaktywacji krakowskiego AZS, po wyzwoleniu miasta, doszło już w marcu 1945 roku. Jeszcze na wiosnę tego roku sekcja wioślarska uzyskała prawa do nowej działki nad Wisłą i wybudowała na niej hangar, gdzie umieszczono ocalałe łodzie. Otwarcie przystani odbyło się 22 lipca 1945 roku i jeszcze w tym samym roku zawodnicy wystartowali w mistrzostwach Polski. Do końca lat 40.