AZS dominował w krajowej rywalizacji w konkurencjach wioseł „krótkich”.
W kwietniu 1949 roku, po wielomiesięcznym zwalczaniu dotychczasowych władz akademickiego sportu, komunistyczne władze doprowadziły do przekształcenia Akademickiego Związku Sportowego w Akademickie Zrzeszenie Sportowe. Nowa organizacja miała władze pochodzące z państwowego nadania, a nie z wyboru. Wioślarstwo – jako sport „burżuazyjny” – nie było priorytetem władz, a sekcja działała przy AZS AGH. Pomimo tego, krakowscy wioślarze odnosili pewne sukcesy. W roku 1954 sekcja została drużynowym Mistrzem Polski w wioślarstwie.
W październiku 1956, na fali odwilży gomułkowskiej, krakowski AZS odzyskał nazwę Akademicki Związek Sportowy oraz względną niezależność. Klub Międzyuczelniany AZS Kraków (w tym: sekcja wioślarska) zajął się sportem wyczynowym – sport rekreacyjny istniał odtąd w kołach uczelnianych AZS. W drugiej połowie lat 60. (zwłaszcza po przejęciu w 1969 wioślarzy klubu „Start” Kraków) i na początku lat 70. klub odnosił znaczące sukcesy w rywalizacji krajowej. Zawodnicy reprezentowali też Polskę na najważniejszych imprezach międzynarodowych. W roku 1974 sekcja działała w ramach Klubu Środowiskowego SZS-AZS Kraków, tj. następcy akademickiego klubu międzyuczelnianego.