W 1900 zrezygnował z pracy w klinice i skupił się na prowadzeniu prywatnej praktyki lekarskiej w założonej przez siebie lecznicy. Na podstawie specjalnego reskryptu Ministerstwa Oświaty i Wychowania z dnia 6 maja 1906 venia legendi Aleksandra Baurowicza zostało rozszerzone o otologię. 3 lutego 1908 otrzymał nominację na tytularnego profesora nadzwyczajnego laryngologii i otiatrii. 1 kwietnia 1919 otrzymał mianowanie na etatowego profesora nadzwyczajnego laryngologii i otiatrii oraz stanowisko kierownika Katedry Otolaryngologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Równocześnie został zobowiązany przez Radę Wydziału Lekarskiego do zapewnienia w klinice warunków do pracy naukowej i dydaktycznej prof. Franciszkowi Nowotnemu, co rodziło konflikty. W 1919 po raz pierwszy przeprowadził pełną laryngektomię całkowitą. W 1920 komisja laryngologiczna Rady Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego podzieliła Klinikę na część laryngologiczną kierowaną przez prof. Baurowicza i otiatryczną pod kierunkiem prof. NowotnegoHistoria Wydziału Lekarskiego, Otolaryngologia, Uniwersytet Jagielloński. W 1925 po śmierci prof. Nowotnego Aleksander Baurowicz objął kierownictwo całej kliniki i zajmował to stanowisko do przejścia na emeryturę 31 października 1934Historia Katedry i Kliniki Otolaryngologicznej Uniwersytetu Jagiellońskiego.