Ucieczka „Orła” została wykorzystana przez ZSRR jako pretekst do pogwałcenia suwerenności Estonii i wymuszenia zainstalowania tam baz wojskowych. Estonia pod naciskiem ZSRR zerwała stosunki dyplomatyczne z polskim rządem na uchodźstwiePiotr Eberhardt, Polska granica wschodnia 1939–1945, Warszawa, [b. d.w], s. 59.. Polska trafiła pod okupację niemiecką, a po wojnie znalazła się w strefie wpływów ZSRR, natomiast Estonia została w 1941 roku anektowana przez ZSRR, odzyskując niepodległość dopiero w 1991 roku.
Współczesność thumb|Premier Polski Mateusz Morawiecki i premier Estonii Kaja Kallas podczas spotkania w Tallinnie, 2021 Polityka i bezpieczeństwo Stosunki dyplomatyczne między Polską i Estonią zostały odnowione 2 września 1991 roku. Podstawą relacji dwustronnych jest podpisany 2 lipca 1992 roku w Tallinnie traktat o przyjaznej współpracy i bałtyckim dobrosąsiedztwie Od 1993 roku działa Ambasada RP w Tallinnie, a od 1995 roku Ambasada Estonii w Warszawie.
Relacje polityczne opierają się na kontaktach na szczeblu prezydentów, premierów, przewodniczących parlamentów i ministrów. Istotne znaczenie w stosunkach dwustronnych pełni wspólne członkostwo w NATO.