Kontrowersje Szerokie dyskusje w środowisku teologów katolickich wzbudził cykl jego książek poświęconych apokatastazie m.in. Nadzieja zbawienia dla wszystkich (1989), Dramat nadziei zbawienia (1996), Nad przepaściami wiary (2001), Chrześcijaństwo nadziei (2002), Nadzieja uczy inaczej (2003), Dlaczego głoszę nadzieję (2004),Bóg wszystkim we wszystkich. Ku eschatologii bez dualizmu (2005). Kroniką sporu wywołanego tezami ks. Hryniewicza jest książka Puste piekło? Spór wokół ks. Wacława Hryniewicza nadziei zbawienia dla wszystkich (2000, red. Józef Majewski), a także Nadzieja - możliwość czy pewność powszechnego zbawienia? (1992, red. S.C. Napiórkowski i K. Klauza).
W 2008 opublikował na stronie internetowego czasopisma teologicznego Open Theology artykuł zatytułowany: „Zbawiciel jest polifoniczny” (tytuł zaczerpnięty od Klemensa Aleksandryjskiego) – o nadużyciach języka religijnego w ostatnim dokumencie Kongregacji Nauki Wiary.