Zetknął się tam z wybitnymi ludźmi epoki, jak Marcin Luter, Filip Melanchton, Jerzy Joachim Retyk, Georgius Sabinus, Wilhelm Gnapheus i inni. W czasie pobytu w Lowanium (1541) opiekował się Knobelsdorfem zaprzyjaźniony z Dantyszkiem matematyk i medyk Gemma Frisius. Za pośrednictwem Knobelsdorfa Dantyszek zaznajomił Gemmę i innych uczonych z odkryciami Mikołaja Kopernika.
Do końca 1544 Eustachy Knobelsdorf odwiedził Paryż i Orlean. Gruntownie wykształcony powrócił na Warmię. Prawdopodobnie bezpośrednią przyczyną powrotu do kraju była śmierć jego ojca (29 lipca 1544). Już 5 sierpnia stawił się osobiście w Lidzbarku. Mimo że Knobelsdorf pobierał nauki w czołowych niemieckich ośrodkach reformacyjnych, nie przyjął ewangelicyzmu.
Powróciwszy na Warmię z bardzo dobrymi świadectwami od swoich profesorów (m.in. od Melanchtona) został sekretarzem kapituły i kanonikiem we Fromborku (1546). W 1548, po śmierci Dantyszka, posłował w imieniu kapituły na sejm piotrkowski do króla, w sprawie pozyskania nominacji na bpa warmińskiego dla Tiedemanna Giese, którego oskarżono przed królem o wrogą akcję przeciw Rzeczypospolitej.