Grupa ta miała mocne przekonanie o potrzebie powołania własnej regionalnej izby wyłaniając delegatów do zjazdu i taką koncepcję przedstawiła na I Krajowym Zjeździe Lekarzy w maju 1989 w Poznaniu. Załęski został wybrany delegatem na ten zjazd.
Pomysł utworzenia izby miał wielu przeciwników, gdyż obawiano się, że dojdzie do rozdrobnienia samorządu. Izby lekarskie miały początkowo powstawać tylko w miastach, będących siedzibami Akademii Medycznych, co z góry determinowało ich liczbę i liczebność. Ostatecznie Marek Załęski został pierwszym sekretarzem izby w pierwszej kadencji. W swojej początkowej fazie izba zajęła się przede wszystkim budową struktury samorządu, współpracą przy tworzeniu podstaw prawnych działalności, ale także zaangażowała się w rozwiązywanie problemów zdrowotnych w pełnym przekształceń państwie.
Niezależne od nadrzędnej władzy decydowanie o własnych sprawach było bardzo bliskie Załęskiemu, który wierzył, że wszystkie ruchy oddolne są bardzo cenne kiedy partnerują misji publicznej, jaką jest ochrona zdrowa.