W ciągu następnych 22 lat swojego kierownictwa Tarnier zaprowadził w szpitalu reżim sanitarny. Wprowadził izolatki dla chorych i jako pierwszy we Francji wprowadził zasady antyseptyki Josepha Listera, w tym spray z kwasu karbolowego. Śmiertelność w latach 1870–1880 z powodu gorączki połogowej spadła z 93 na 1000 porodów do 23 na 1000 porodów, a do 1890 do 7 na 1000 porodów. Wyniki swoich 40-letnich badań nad gorączką połogową Tarnier opublikował w 1894.
W 1881 Tarnier opracował prototyp inkubatora, który stał się standardem w opiece postnatalnej, szczególnie wcześniaków. Inspiracją dla Tarniera stał się spacer do paryskiego ZOO, gdzie zauważył ogrzewane skrzynki lęgowe dla piskląt egzotycznych ptaków. Zbudowane przez niego drewniane urządzenie składało się z koszyka lub kołyski, pod którymi znajdowały się zbiorniki z wodą ogrzewaną lampą oliwną. Dla zapobieżenia ucieczce ciepła dziecko można było obserwować przez szybę umieszczoną na wierzchu inkubatora. Dzięki jego wynalazkowi nastąpił wśród noworodków o masie niższej niż 2000 g spadek śmiertelności z 66% do 38%. Opracowując swój wynalazek Ternier nie miał wiedzy o podobnych urządzeniach skonstruowanych wcześniej: w 1835 Johann Georg von Ruehl opracował inkubator w St.