Działalność rozszerza się później na całą diecezję Montreal, a nawet jeszcze dalej.
W 1851 roku udał się do Illinois, aby założyć tam kolonię dla francuskich katolikówBennet R., Buckingham M., „Daleko od Rzymu, blisko Boga, Odense SØ, s. 68.. Udał się tam wraz z grupą 75 tysięcy francuskojęzycznych Kanadyjczyków i kiedy dotarli na miejsce, objęli dziewicze prerie w posiadanie w imię Kościoła Rzymskiego. W trakcie kolonizacji Chiniquy kupował i rozdawał Biblię, czym wzbudzał kontrowersje biskupa.
Konflikt z biskupem Chicago W czasie swojej posługi Chiniquy popadał w konflikty z wieloma księżmi i biskupami, jednak konflikt z biskupem O’Reganem (Irlandczykiem) był najtrudniejszy do rozwiązania. Przyczyny tego konfliktu były złożone. Po pierwsze, mieszkając w swojej kolonii Chiniquy nie chciał przyjmować zdemoralizowanych księży będących w dobrych stosunkach z biskupemCharles Chiniquy, „Pięćdziesiąt lat w Kościele Rzymskim”, Warszawa 2007, s. 356.. Ponadto bał się, że dążenie Kanadyjczyków, aby trzymać się razem może wzbudzić ksenofobię. Niektóre źródła podają, że władza kościelna sprzeciwiała się odprawianiu mszy w języku francuskim (przejaw pielęgnowania kultury francuskiej) oraz przekładania znaczenia Biblii ponad magisterium KościołaHouston S., „Priests, gnostics nad magicians”, Berkeley 2009, s. 37..