Większość opisanych szczepów S. cerevisiae wyizolowano z napojów lub żywności, tylko nieliczne z ziemi lub drzew. Występujące w środowisku naturalnym szczepy charakteryzują się większą różnorodnością genomową w porównaniu ze szczepami hodowanymi przez ludzi. Wśród tych ostatnich wyróżnia się drożdże piwowarskie lager (drożdże dolnej fermentacji), drożdże piwowarskie ale (drożdże górnej fermentacji), drożdże do produkcji cydru i drożdże winiarskie.
Nazwa drożdże górnej fermentacji pochodzi od tego, że podczas fermentacji tworzą pianę na szczycie brzeczki. Należą do gatunku S. cerevisiae i używane do produkcji piw typu ale. Drożdże te dobrze fermentują w wyższych temperaturach niż drożdże dolnej fermentacji. Drożdże dolnej fermentacji należą do gatunku Saccharomyces pastorianus i są używane do piw typu lager. Do produkcji specjalnego gatunku piw kwaśnych wykorzystuje się drożdże z rodzaju Dekkera.
Większość drożdży winiarskich należy do S. cerevisiae. Drożdże te zwykle naturalnie występują na skórkach winogron. Za pomocą tych „dzikich drożdży” można przeprowadzić fermentację, ale jej wyniki są nieprzewidywalne ze względu na dużą różnorodność ich szczepów i gatunków.