Pod koniec 553 roku cesarz Justynian skazał go na wygnanie do Egiptu. W opinii cesarza, głoszone przez Rustyka poglądy teologiczne zagrażały kompromisowi z przeciwnikami definicji chalcedońskiej, do którego doszło podczas soboru konstantynopolitańskiego. Zesłano go do Antinoe w Tebaidzie. Po kilku latach pozwolono mu osiedlić się w Aleksandrii. W roku 558 przeniesiono go do jednego z klasztorów po anatolijskiej stronie Bosforu, w pobliżu Konstantynopola. W czasie zesłania nie zmienił poglądów i napisał swoje główne dzieła, krytykujące decyzje soboru konstantynopolitańskiego.
Po śmierci Justyniana w 565 roku został uwolniony. Dokładna data roczna końca zesłania nie jest znana. Po powrocie do Rzymu, do końca życia pełnił urząd diakona. W kościelnej hierarchii nigdy nie awansował.
Poglądy Rustyk był krytykiem neoplatonizmu, swoją filozofię opierał na Metafizyce Arystotelesa. Podstawowym pojęciem filozofii Rustyka była substancja, tożsama z substancją pierwszą Arystotelesa (w rozumieniu odrębnego bytu). Substancje istnieją realnie jako byty substantywne. Byt taki złożony jest z subsystencji (cech indywidualnych) i natury subsystencji (fundamentu jego istnienia).