W tym czasie Kojdanów obsadziły trzy, uzupełnione rekrutami, pułki sowieckiej 81 Brygady Strzelców. Sowieci szykowali się do natarcia, a ich celem było odrzucenia Polaków na linię Niemna. Wieczorem 10 października dowództwo 14 Wielkopolskiej Dywizji Piechoty wydało rozkaz wstrzymania marszu. W tym czasie lewa kolumna pułku doszła już pod Kojdanów. Major Chrobok podjął decyzję wykorzystania elementu zaskoczenia i nocnego uderzenia na miasto. Dwie kompanie, 5 i 7 miały obejść Kojdanów od wschodu, opanować stację kolejową, a następnie uderzyć na miasto jednocześnie z I batalionem atakującym od zachodu. Około 1.00 11 września obie kompanie bez wystrzału zajęły dworzec, biorąc do niewoli śpiącą placówkę 241 pułku strzelców. Chwilę później do walki weszły pozostałe kompanie II batalionu.
Mimo początkowego zaskoczenia, uznawana za jedną z najlepszych dywizji Armii Czerwonej 27 Dywizja Strzelców Witowta Putny potrafiła zorganizować skuteczną obronę, a polska piechota musiała zdobywać szturmem kolejne budynki, zaciekle bronione przez sowieckich strzelców. Wykorzystywane w walce granaty ręczne przechyliły szalę zwycięstwa na stronę polską. Wycofujące się z miasteczka pododdziały 241 pułku strzelców wpadły w ciemnościach na kolumny 242 ps, spieszące im z pomocą.