W marcu 1939 roku powrócił do domu i rozpoczął studia na Uniwersytecie Chemicznym w Pradze.
W sierpniu 1939 roku wyjechał do Polski i wstąpił do Legionu Czechosłowackiego w Krakowie. Jako kapitan eskadry polskiego lotnictwa brał udział w krótkiej bitwie z niemieckim Wehrmachtem. W połowie września 1939 roku został internowany przez Sowietów. W Związku Radzieckim od marca 1940 roku był jednym z organizatorów czeskiej armii w ZSRR. Był członkiem Wschodniej Grupy Armii Czechosłowackiej, jako dowódca eskadry, a od 1941 roku szef sztabu. Od lutego 1942 roku pracował w Buzułuku, gdzie był kierownikiem szkolenia i organizacji jednostek. W styczniu 1943 roku został zastępcą dowódcy 1. czechosłowackiego batalionu polowego, na początku marca 1943 roku czasowo dowodził Batalionem. W czerwcu 1943 roku został szefem sztabu 1. Czechosłowackiej Brygady Piechoty i wyróżnił się w walkach pod Kijowem, Bílé Cerekve i Žaškov, w którym był głównym planistą ofensywy czechosłowackiej. Od maja 1944 roku Pełnił funkcję szefa sztabu I Czechosłowackiego Korpusu Armijnego i pozostał w nim do końca wojny. Pod koniec wojny wziął udział w wyzwalaniu Czechosłowacji i wraz z Armią Czerwoną wkroczył do Pragi.