Ważną rolę w wydarzeniach odgrywają także bliźniaczy synowie Ochockiego, Ezaw i Jakub, urodzeni jeszcze w Polsce, nazywanej „Krajem, Którego Nie Ma”. Dorastają w Japonii, lecz przyjmują odmienne postawy wobec ojczyzny, Japonii i prowadzonej przez cesarstwo ekspansji. Ich wzajemna wrogość prowadzi ostatecznie do otwartego konfliktu: Jakub porywa jeden z podniebnych okrętów, a Ezaw rusza przeciwko niemu. Trwająca przez lata walka braci przenosi się poza Japonię i obrasta legendą. Ich ostateczne losy pozostają nieznane.
Akcja obejmuje następnie kolejne dziesięciolecia życia Kiyoko i przemian Japonii. Rozwój technologii zapoczątkowanej przez Ochockiego prowadzi do powstania tytułowego „Imperium Chmur” i kolejnych konfliktów między mocarstwami. Plan Polaków ostatecznie przynosi skutek. Po Pierwszej Wojnie Imperiów Japonia wymusza na mocarstwach europejskich utworzenie niepodległego terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, a dotychczasowy „Kraj, Którego Nie Ma” staje się „Krajem, Który Zaistniał”. Wokulski zostaje prezydentem odrodzonego państwa, którego rząd zawiera z Japonią Potwierdzenie Błogosławionego Przymierza. Technologia Żelaza Ducha zostaje również rozpowszechniona w Europie i wykorzystana m.in. w transporcie oraz podczas kolejnych konfliktów zbrojnych.