W sierpniu 1653 roku został mianowany wojewodą smoleńskim, jednak nie przyjął nominacji, nie chcąc brać odpowiedzialności za twierdzę smoleńską zagrożoną przez Rosję. W II połowie 1654 roku tworzył prywatne oddziały za pieniądze Kazimierza Leona Sapiehy, które miały być użyte przeciwko Chmielnickiemu. Skłóceni z hetmanem Januszem Radziwiłłem Sapiehowie nie połączyli swoich oddziałów z wojskiem litewskim, walcząc z powstaniem na własną rękę. Na sejmie 1655 roku wyznaczony z Senatu komisarzem do zapłaty wojsku Wielkiego Księstwa LitewskiegoVolumina Legum, t. IV, Petersburg 1860, s. 225.. thumb|left|Paweł Jan Sapieha (XIX w.)
Czasy potopu szwedzkiego Do połowy 1655 roku liczył na porozumienie ze Szwecją jako koalicji antyrosyjskiej, lecz mimo starań Magnusa de la Gardie nie przyjął później protekcji szwedzkiej. W 1655 roku po najeździe Szwedów na Rzeczpospolitą i przejściu hetmana wielkiego litewskiego Janusza Radziwiłła na ich stronę, stanął na czele szlachty i części armii litewskiej wiernej Janowi Kazimierzowi. Mimo ponaglających listów Jana Kazimierza pozostał przez większą część jesieni 1655 roku bierny, zbierając siły. Status quo przerwała wyprawa wojewody rosyjskiego, Urusowa, którego wojska mimo początkowych niepowodzeń pokonały armię Sapiehy (bitwa pod Wierzchowicami).