Dał się poznać jako zdecydowany przeciwnik hitleryzmu: 21 maja 1933, na tydzień przed wyborami do Volkstagu (sejmu Wolnego Miasta), wydał ośmiostronicową broszurkę „Hakenkreuz oder Christenkreuz?” (Swastyka czy krzyż Chrystusowy?) z podtytułem „kazanie przedwyborcze”, w której ostrzegał przed narodowym socjalizmem i wskazywał na jego sprzeczność z zasadami religii chrześcijańskiej. Po dojściu hitlerowców do władzy spotykały go za to szykany, m.in. był aresztowany przez policję. Zwolniony po interwencji biskupa gdańskiego Edwarda O’Rourkego, ale bojówkarze narodowosocjalistyczni atakowali jego plebanię i obrzucali ją kamieniami. mały|Grób ks. Aeltermanna przy kościele w Mierzeszynie Po wybuchu wojny i wcieleniu Wolnego Miasta Gdańska do III Rzeszy, ksiądz Aeltermann został aresztowany i zabrany do Nowego Wieca, gdzie rozstrzelano go wraz z grupą ok. 60 Polaków z okolicy (w tym 2 polskich księży). Niezłomny w swej postawie, do ostatka udzielał swoim współwięźniom pociechy religijnej przed śmiercią. Księża zostali zamordowani jako ostatni z tej grupy, wcześniej zmuszono ich do wykopania sobie grobu.