W trakcie okupacji kontynuował służbę harcerską, współorganizując Szare Szeregi w Ursusie. W 1943 roku jako podporucznik został szefem kompanii w strukturach AK. Od marca do października 1943 był dowódcą ochrony radiostacji i Szkoły Podchorążych Łączności. Pod koniec 1943 roku był inicjatorem i współorganizatorem powołania tajnej szkoły średniej w Ursusie, która po wojnie przekształciła się w liceum (istniejące do dziś LVI LO im. rtm. Witolda Pileckiego w Warszawie). W sierpniu 1944 roku Pokrzywa brał udział w koncentracji oddziałów AK w lasach sękocińsko-chojnowskich, jednak z uwagi na sytuację militarną koncentracja została rozwiązana.
W marcu 1945 roku Pokrzywa zgłosił się do LWP i został skierowany do Zamościa, gdzie w stopniu podporucznika był komendantem IV referatu PW i WF w Rejonowej Komendzie Uzupełnień Zamość. W czasie służby wojskowej był również kierownikiem referatu drużyn gimnazjalnych (harcerze starsi) w Hufcu Zamość. Pracował także jako instruktor osadnictwa wojskowego, co wiązało się z czasowym pobytem w Gubinie. W listopadzie 1945 roku jako nauczyciel został zdemobilizowany i wrócił do Ursusa, gdzie rozpoczął pracę w Przyzakładowej Zasadniczej Szkole Zawodowej ZM Ursus. W lutym 1946 roku, został komendantem Hufca im. hm.