Stanowisko to zostało utworzone przez Radę Regencyjną dekretem z 19 września 1918 r. ( z 29 października 1918 r.), podanym także do wiadomości w Monitorze Polskim Nr 190 z 31 października 1918 r. oraz w Dzienniku Rozporządzeń Komisji Wojskowej Nr 1, poz. 5 z 28 października 1918 r. (z datą 25 października 1918 r.).. Natomiast awansowany na podpułkownika Zagórski pełnił funkcję zastępcy Szefa formującego się Sztabu GeneralnegoReskryptem rady Regencyjnej z 18 października 1918 r. (Dz. Rozp. K. Wojsk. Nr 1, poz. 7) został mianowany podpułkownikiem Sztabu Generalnego.. Szef Sztabu wraz ze swymi współpracownikami przystąpił do intensywnych prac nad organizacją centralnych instytucji wojskowych oraz nowych oddziałów Wojska Polskiego. Podstawą tych działań były projekty opracowane przez Włodzimierza Zagórskiego.
Po 10 listopada 1918 Zagórski, w związku z objęciem władzy nad wojskiem przez Piłsudskiego, został faktycznie zmuszony do opuszczenia służby. Wrócił po rozpoczęciu wojny polsko-bolszewickiej. Był m.in. dowódcą Dywizji Ochotniczej, a także szefem sztabu Frontu Północnego (dowódca gen. Józef Haller)Tadeusz Kryska-Karski i Stanisław Żurakowski podają, że od listopada 1918 r. do grudnia 1920 r. był dowódcą 1 Pułku Artylerii Najcięższej.