W tym też okresie (ok. 250 r. p.n.e.–250 r. n.e.) rozpoczęła się pierwsza z ośmiu faz budowy tzw. Struktury 1. Z zewnątrz zdobiły ją stiukowe maski umieszczone po bokach schodów, a szczyt wieńczyła kopuła. W jej wnętrzu znalazły się jedyne w swoim rodzaju malowidła ścienne o wysokich walorach artystycznych. Przedstawiają one złożone sceny mitologiczne związane z bogiem kukurydzy i stworzeniem świata, a także intronizacją władców. Przy nich znajdują się krótkie napisy w formie glifów.
Około 300 r. p.n.e.–150 r. n.e. San Bartolo było już głównym ośrodkiem kulturowo-obrzędowym regionu rzeki Ixcan. Również w tym czasie powstały najbardziej złożone budowle. Jednak na początku okresu wczesnoklasycznego (250 r. n.e.) nastąpił nagły upadek miasta. Budynki użyteczności publicznej i miejsca obrzędowe przestały być wykorzystywane, a na znaczeniu zaczęło zyskiwać pobliskie miasto Xultun. Przyczyną tego było wyschnięcie terenów podmokłych, co spowodowało kryzys zasobów wodnych w mieście i okolicznych terenach.
Ponowne ożywienie nastąpiło ok. 600–900 r. n.e. gdy do miasta zaczęli napływać mieszkańcy. Badania archeologiczne wskazały, że ludność ta pochodziła z obszarów podmiejskich Xultun.