W 1928 została członkinią serbskiego PEN Clubu.
W 1928, kiedy Rada Wydziału Filozoficznego rozpatrywała kwestię zatrudnienia Kseniji Atanasijević na stanowisku profesora, archeolog Miloje Vasić oskarżył ją o plagiat, zarzucając że Atanasijević w jednym ze swoich tekstów zacytowała opinię innego badacza, nie podając jego nazwiska. Rada Wydziału wstrzymała procedurę awansową, powołując komisję d.s. zbadania prawdziwości zarzutów przedstawionych przez Vasicia. Komisja nie potwierdziła w sposób jednoznaczny oskarżenia o plagiat, zalecając jedynie badaczce większą ostrożność w czasie pisania kolejnych tekstów. Decyzja komisji nie powstrzymała kampanii oszczerstw przeciwko Atanasijević. 24 października 1935 Rada Wydziału Filozoficznego zdecydowała o nie przedłużaniu z nią umowy o pracę, nie dając jej możliwości obrony i przedstawienia swojego stanowiska w sprawie. Jej usunięcie z uczelni w roku 1936 spotkało się z protestami środowiska belgradzkich intelektualistów (byli wśród nich Živojin M. Perić, a także poeci Rastko Petrović i Sima Pandurović). Protestujący wyrażali przekonanie, że prawdziwym powodem jej usunięcia były głoszone przez Atanasijević liberalne poglądy, nie akceptowane w środowisku uniwersyteckim. Po opuszczeniu uczelni pozostała bez środków do życia.