Wkrótce po dostarczeniu pierwszych karabinów pojawiły się jednak problemy. Częstym uszkodzeniom ulegały zamki, podczas strzału pękały szyjki łusek, a podczas przeładowywania dochodziło do zacięć. Powszechnie zarzucano GPK, że przy konstruowaniu nowego karabinu nie wykorzystano doświadczenia konstruktorów firmy Mauser. Szczególnie agresywnie atakowana była firma Ludwig Loewe - producent zarówno części karabinów, jak i prochu bezdymnego, którym elaborowano amunicję. Zarzucano jej, że przekupiła rządowych kontrolerów i sprzedała niespełniającą norm broń. Wykorzystując fakt, że członkowie rodziny Loewe byli Żydami, antysemicka prasa określiła Gewehr 88 jako Judenflinte.
Prawdziwą przyczyną problemów był jednak pośpiech z jakim konstruowano nowy karabin i opracowywano technologię produkcji prochu bezdymnego. W rezultacie gwint lufy był źle dobrany, a produkowana amunicja nie miała powtarzalnych parametrów (różne było ciśnienie maksymalne gazów prochowych podczas wystrzału). Dzięki przekonstruowaniu i wzmocnieniu komory nabojowej wyeliminowano problemy z rozrywaniem łusek podczas wystrzału, zmiana konstrukcji zamka zapobiegła zacięciom podczas przeładowywania.