W porównaniu z XB-42, na którym bazował, miał większą prędkość przelotową i maksymalną, ale mniejszy zasięg, co było spowodowane małą wydajnością ówczesnych silników odrzutowych.
W czasie lotów próbnych z powodu zmian temperatur pękł pleksiglasowy nos samolotu, który został zastąpiony wykonanym ze sklejki. Dostawa drugiego egzemplarza, z oznaczeniem YB-35, także opóźniła się z powodu kłopotów z silnikami. Otrzymał on już pojedynczą owiewkę kabiny jaka były proponowana dla modelu seryjnego. Drugi egzemplarz został dostarczony do bazy Muroc w maju 1947 roku i używany był jako „latające laboratorium” do testowania silników – jeden z jego fabrycznych silników został zastąpiony przez Allison J47. Pierwszy egzemplarz XB-43 został uszkodzony 1 stycznia 1951 i służył jako źródło części zamiennych dla drugiego egzemplarza tej maszyny, który latał jeszcze pod koniec 1953 roku. Łącznie YB-43 spędził w powietrzu około 300 godzin, jego załoga nadała mu żartobliwą nazwę „Versatile II”.
Samolot (bez skrzydeł) został przekazany do kolekcji National Air and Space Museum ale nie znajduje się w muzeum w Waszyngtonie. Najprawdopodobniej został przekazany do odnowienia do Paul E.