Niemal natychmiast po eksplozji torped japońscy strażnicy przystąpili do mordowania Amerykanów, ciskając granaty ręczne i strzelając z broni maszynowej w głąb ładowni. Clay Blair podaje, że niektórzy jeńcy przy użyciu improwizowanej broni podjęli walkę ze strażnikami. Ci Amerykanie, którzy zdołali wydostać się na pokład i wyskoczyć za burtę, byli ostrzeliwani nie tylko przez strażników z tonącego „Shin’yō Maru”, lecz także przez pozostałe japońskie jednostki oraz przez krążące nad miejscem katastrofy wodnosamoloty. Jeden ze świadków wspominał, że dowódca straży por. Hashimoto, który przeżył zatonięcie „Shin’yō Maru”, krążył tratwą po miejscu katastrofy i zabijał amerykańskich rozbitków swym mieczem. Pewna liczba jeńców – szacowana w zależności od źródeł na około piętnastu, dwudziestu lub trzydziestu, została wciągnięta na pokład uszkodzonego „Eiyo Maru”. Jeszcze tego samego wieczora japońscy marynarze skrępowali jednak rozbitków, po czym zaczęli ich kolejno rozstrzeliwać. Zginęli wszyscy poza jednym, który zdołał wyskoczyć za burtę i dopłynąć do brzegu.