Został po tym pierwszym dowódcą floty Chile, które to stanowisko następnie w listopadzie przekazał Thomasowi Cochrane. Jako dowódca okrętów „Galvarino” i „San Martín”, oblegał port Callao, jednakże musiał odstąpić z uwagi na wyczerpanie zapasów. Za to został oddany pod sąd wojskowy, który dopatrzył się w tym naruszenia obowiązków i zdymisjonował go z zajmowanych stanowisk. Blanco wówczas wyjechał do Peru i walczył następnie o niepodległość tego kraju, po czym został zrehabilitowany.
Ponownie w Chile, uczestniczył jako dowódca floty w walkach o Chiloé. W 1826 został wyznaczony przez Kongres Chile na ministra spraw zagranicznych, a następnie 9 kwietnia 1826 wybrany na prezydenta republiki, mimo że sam nie wykazywał ambicji politycznych. 9 września 1826 zrezygnował na korzyść wiceprezydenta Agustína Eyzaguirre.