Pospieszna ewakuacja doprowadziła do pewnej dezorganizacji pracy resortu. W czasie, kiedy większość jego urzędów znajdowała się w Rzeszowie, część pracowników Głównego Wydziału Sztabu Generalnego znajdowała się jeszcze przy sztabie polskiej 6 Armii w Tarnopolu, a pracownicy Wydziału Artylerii pozostali w Kamieńcu. W pierwszej połowie sierpnia z Rzeszowa do Stanisławowa przeniesiono Główny Wydział Zaopatrzenia, a część pracowników ministerstwa oddelegowano do dowództwa Atamana Głównego, gdzie sformowano Polową Kancelarię MSWojsk.
17 lipca Ataman Główny rozkazał zmniejszyć do (o dwie osoby?) dwóch osób liczbę pracowników etatowych we wszystkich komórkach Ministerstwa Spraw Wojskowych, a pozostałych skierowano do dyspozycji szefa sztabu Armii Czynnej. Redukcje te nie dotyczyły komórek zajmujących się zaopatrzeniem. Przeszły one do sztabu Armii Czynnej w pełnym składzie. Nastąpiły też pewne zmiany w strukturze organizacyjnej resortu. Z ministerstwa został wydzielony GWSzG, w miejsce Głównego Wydziału Składu Personalnego utworzono Główny Wydział Mobilizacyjno-Personalny, a zamiast Wydziału Głównego Prokuratora Wojskowego utworzono Główny Wydział Sądownictwa Wojskowego. 13 października wydano rozkaz powrotu personelu MSWojsk.