W związku z postępującym rozkładem zwłok, w styczniu 1942 roku groby zaczęto polewać chemikaliami (najprawdopodobniej chlorem), które miały niwelować zapach. Stężenie chemikaliów w ziemi doprowadziło do tego, że jeszcze w 2003 roku, podczas prac archeologicznych, rękawiczki gumowe używane przez archeologów pracujących na miejscu rozpuszczały się. Wczesną wiosną 1942 roku z rozkazu Heinricha Müllera rozpoczęto wykopywanie zwłok i palenie ich w specjalnych krematoriach. W celu zorganizowania specjalnej infrastruktury do Chełmna sprowadzono Paula Blobla, który wzniósł w lesie polowe krematoria opalane drewnem. Zwłoki palono także w otwartych paleniskach, gdzie zwłoki przekładano warstwami drewna. Stosy takie miały osiągać czasem aż 12 warstw. Temperatura w krematoriach i na paleniskach była jednak zbyt niska, by spopielić kości, dlatego członkowie komanda leśnego musieli miażdżyć kości za pomocą tłuczków i ubijaków. Następnie zakupiono z Hanoweru maszynę do mielenia kości, którą umieszczono w specjalnym baraku na terenie lasu. Początkowo zmiażdżone kości zakopywano w głębokich dołach i obsadzano roślinami (po likwidacji obozu kości wykopywano i rozsypywano po okolicy).