Protektorat charakteryzował się wysokim zagęszczeniem ludności i urbanizacją, co w praktyce wykluczyło możliwość organizacji oddziałów partyzanckich oraz szkolenia w lasach lub górach. Dodatkowo, wysoko rozwinięta infrastruktura komunikacyjna pozostawała wyłącznie w rękach nazistów. Liczna mniejszość niemiecka zamieszkująca Protektorat kolaborowała z okupantem, a nieznaczna część etnicznych Niemców zasilała nazistowski aparat bezpieczeństwa. Współpraca miejscowej ludności niemieckiego pochodzenia była pożądana ze względu na znajomość terenu języka czeskiego.
Polityka wewnętrzna Niemców w okupowanym kraju zmieniła się wraz z ustanowieniem Reinharda Heydricha zastępcą protektora Czech i Moraw w 1941. Skala brutalności i represji pod rządami Heydricha doprowadziła do tego, że Brytyjczycy zlecili udany zamachu w maju 1942. W odwecie (w Czechach funkcjonującym pod nazwą Heydrichiáda) naziści wymordowali ponad tysiąc Czechów, w tym wszystkich mieszkańców wsi Lidice. Część byłych członków partyzantki uciekła w góry w Morawach i zaczęła organizować oddziały. Pierwszym udokumentowanym oddziałem była Zielona Kadra (Zelený kádr), która rozpoczęła działania w 1942, w okolicach dawnej czesko-słowackiej linii granicznej w górach Hostyńsko-Wsetyńskich.